El regreso de Kara Thrace trae consigo multitud de dudas sobre su antigua aliada, ¿es realmente ella o una Cylon?. Mientras tanto, algo ha cambiado entre los Cylons, ¿podría estar relacionado con el despertar de los cuatro últimos?. En tanto, éstos mantienen su secreto entre ellos.

Kara sigue la búsqueda de la Tierra al frente de la Demetrius y debe enfrentarse al creciente escepticismo de su tripulación. Los Cylons humanoides afrontan una rebelión de los Centuriones. Para atajar el problema deciden recuperar el modelo Número Tres, que había sido archivado por Cavil (Número Uno).

La Demetrius encuentra a Lioven a bordo de un heavy raider cylon muy dañado, lo que provoca un motin en la nave entre Kara que quiere seguir buscando la Tierra y la tripulación que desea volver con la flota. Tyrol sigue afectado por la muerte de Cally.

Anders pone fin al motín en la Demetrius y Kara marca el rumbo hacia la nave base de los cylon. Mientras tanto, en Galactica, Roslin empieza a entender en qué consiste la atracción que sienten los simpatizantes de Baltar hacia el doctor. Por otro lado, Anders busca respuestas a su misión como miembro de los Cinco Últimos.

La Demetrius salta con la nave base rebelde a la flota colonial y Kara explica a Adama el plan que le han propuesto los cylon. Éstos pretenden reactivar a las D'Annas, que fueron almacenadas tras el incidente en el planeta de las algas porque descubrieron las identidades de los Cinco Últimos. Ellos creen que así podrán interrogar a los cylon elegidos y descubrir el camino a la Tierra. Mientras tanto, Athena empieza a creer que Natalie es la seis de sus visiones y que pretende secuestrar a Hera.

La nave base cylon vuelve junto a Galactica, pero con D´Anna al mando, amenaza con matar a los humanos que están en la nave base cylon, si Adama no accede a sus pretensiones. Ante esta situación, Tigh, para evitar esas muertes, confiesa a Adama que es cylon, le pide que lo utilice como moneda de cambio frente a los cylon, y revela la identidad de los otros tres que hay en la flota. Con ellos en poder del presidente en funciones, Apolo, se origina un tenso pulso entre cylon y humanos, que finalmente se desatasca gracias al descubrimiento de los últimos cuatro, revelado a Starbuck, relativo a que el beeper que la trajo de vuelta, les está indicando el cámino hacia la tierra. Cylon y humanos sellan la paz y se dirigen juntos a la tierra, pero al llegar allí, la encuentran devastada.

La flota está desilusionada por el descubrimiento, los últimos cuatro cylon descubren que vivieron allí hace dos mil años, y murieron en un ataque nuclear, pero no saben como llegaron después a las doce colonias y por qué no recuerdan nada. Dee se suicida por causas desconocidas, tras encontrar algo en la tierra. Adama, reacciona tratando de poner en orden la flota, ante el estado de abatimiento general por el fracaso que ha supuesto el hallazgo de la tierra. Tigh descubre que Ellen era el quinto cylon.

La posibilidad de una alianza entre cylons y humanos, genera desconfianza entre la flota, lo que produce un movimiento rebelde liderado por Zareck de la mano de una conspiración para hacerse con el control de la flota liderado por el Teniente Gaetta. Mientras la presidenta se desentiende de todo, lo que facilita la propagación de aquellas ideas.

El Teniente Gaetta pone en marcha la rebelión, utilizando la fuerza, los que le apoyan tratan de controlar Galactica, matando a quienes se oponen, deteniendo cylons y autoridades. En medio del caos, los fieles al Almirante, tratan de poner a salvo a los líderes de la flota, huyendo de Galactica. El Almirante y el Coronel renuncian a huir y se quedan en Galactica para cubrir la huida de la presidenta y de Baltar.

Roslin consigue escapar a la Nave Base Cylon mientras Adama y Tigh son capturados después de dispararles una granada aturdidora. La Presidenta consigue lanzar una transmisión para avisar a la Flota de la traición de Gaeta. Zarek siguiendo la máxima de que la historia la cuentan los que quedan mata al Quorum cuando este se niega a juzgar a Adama por traición. En Galactica únicamente mantienen la esperanza el Jefe Tyrol, que se encuentra solo, y Lee y Starbuck que están juntos. Tyrol consigue desactivar el FTL de Galactica, que pretendía huir para evitar las transmisiones de la Presidenta, mientras Lee y Starbuck consiguen, primero liberar a Tigh y luego a Adama (justo antes de que lo fusilaran), y luego retomar el mando de la nave. Entre medias Sam resulta herido de bala en la cabeza. El episodio termina con el fusilamiento de Zarek y Gaeta.