Из-за всего произошедшего с Адамой место капитана занимает Сол Тай. Однако его первое решение в качестве командующего оказывается не самым удачным; теперь флот разбросан по космосу. Сумеет ли экипаж под командованием нового главы найти пропавшие гражданские суда? Тем временем Кара вступает в конфликт с Хило, но их перепалка приводит лишь к ухудшению ситуации. На Коболе группа выживших пытается укрыться от вражеского преследования, однако не всем членам разведывательного отряда удается спастись.

В результате проникновения сайлонов на борт крейсера, а их вируса — в компьютерную систему корабля, жизням членов экипажа угрожает опасность. Вслед за отключением электроэнергии лазутчики неприятеля учиняют кровавую резню по всему периметру «Галактики», преследуя ведомую лишь им одним цель. Пока Тай, Адама и оказавшаяся на корабле Рослин пытаются уничтожить неприятеля, на Каприке Хило с Карой навещают жилище Старбак, а Тиролю на Коболе приходится принять сложнейшее в жизни решение.

На Галактику наконец прибывает врач и немедленно начинает лечение Адамы. Полковнику Таю становится все сложней выполнять обязанности командира, что заставляет самонадеянного капитана принять шокирующее общественность решение. Тем временем на крейсер прибывают члены кворума, требующие встречи с президентом Рослин. Ей же без доступа к лекарствам становится все хуже. А на Коболе группа раскрывает замысел сайлонов и, чтобы предотвратить уничтожение отправленного за экипажем спасательного корабля, решает дать им бой.

Шесть очнулась в новом теле и обнаружила себя среди соплеменников. Несмотря на перемены, ее чувства к Гаю живы, и теперь он всюду невидимо сопровождает Шесть. Сайлоны ей не доверяют и просят поговорить с недавно возродившейся Восьмеркой. На Галактике тем временем врач экстренно делает Шэрон кесарево. Теперь Рослин должна срочно придумать план, как это умело скрыть. А вот у Андерсона с товарищами на Каприке план уже готов: они готовятся взорвать район сайлонов. Однако во время операции что-то идет не так.

Зная, что бывшие союзники уничтожат Балтара сразу же, как только он поделится с ними нужными сведениями, доктор проверяет подозрения насчет своего происхождения. Тем временем Адама пробует на ученом экспериментальный наркотик. Это вещество, как он полагает, мощное средство, чтобы выпытать правду о замыслах противника. Однако оказалось, адмирал и президент не единственные имеют планы на предателя. Между тем Кара с Ли пытаются выбраться из тупика, в который они себя загнали. Но как принять верное решение?

Чтобы повысить мощность двигателей, а вместе с ними и шанс найти пригодную для обитания планету, Адама соглашается с предложением Тироля и Тая об объединении человеческих и сайлонских технологий, однако члены четверки выдвигают адмиралу и Ли свои условия сделки - присоединение союзных сайлонов к флоту с обретением права голоса, а также обеспечение защиты от еще представляющих угрозу моделей Кэвила. Чтобы осуществить задуманное, Ли выдвигает этот вопрос на кворуме, однако стараниями Зарека предложение не находит одобрения остальных. Между тем Тироля ждет неприятное открытие, а Гейта находит человека, способного встать во главе планируемого им переворота.

После инцидента на Новой Каприке Эллен загружается в одном из кораблей воскрешения, где встречается с прототипом Кэвила - моделью, ненавидящей создателя за свое несовершенство. В настоящем времени Тироль демонстрирует адмиралу свою находку - множественные повреждения корабля, ставящие под вопрос успешную эксплуатацию крейсера в обозримом будущем. Между тем операция на мозге внезапно пробуждает в Андерсе глубинные воспоминания о прошлом, которыми мужчина торопится поделиться с остальными. Рослин же передает практически все полномочия Ли, а Адама идет против собственных убеждений ради сохранения Галактики.

Несмотря на старания техперсонала, Галактика начинает буквально разваливаться на части, что сопровождается многочисленными жертвами как среди людей, так и среди сайлонов. Последние предлагают Адама выход из сложившийся ситуации, который оказывается нелегко принять ни адмиралу, ни его экипажу, в то время как представители остальных кораблей начинают предъявлять права на запчасти еще работающего крейсера. Между тем попытка сайлонов восстановить здоровье Сэма приводит к неожиданному результату, а Кара подкидывает Балтару тему для размышлений, которую он использует в собственных целях.

Вдохновленный своим растущим влиянием, Балтар вновь пытается построить политическую карьеру, для чего просит аудиенции президента. Однако, тот указывает на огромный недостаток Гая, который невозможно проигнорировать. Между тем Адама просит Кару организовать разговор с Сэмом, и, с помощью полученной от него информации, во всеуслышание объявляет сбор добровольцев для новой спасательной операции. Вскоре один из разведывательных рапторов обнаруживает то, на что так надеялся Адама - расположенную в стратегически выгодном для противника месте колонию оставшихся сайлонов, однако остается лишь один вопрос - как незаметно подобраться к неприятелю?

Добровольцы во главе в Адамой модернизируют все, что осталось от крейсера, а также перемещают Сэма на мостик, в то время как остальные, во главе с новым адмиралом флота и президентом, окончательно переезжают на базовый корабль. Совершив прыжок к кораблю неприятеля. Адама с командой вступают в решающий бой, в ходе которого Бумер отдает долги, Балтар обретает то, о чем мечтал, а видения троих воплощаются в явь. Тем не менее пятерке вынуждена пойти на сделку ради безопасности Геры, что запускает цепочку событий, ведущих к неожиданной и долгожданной встрече с тем самым местом, куда все это время стремилось человечество.