Lee et Adama n'arrivent pas à se remettre du décès soudain de Kara. Très fragilisé, Lee a ordre de protéger le nouvel avocat de Baltar, un homme étrange qui manipule le pilote et parvient presque à le rallier à la cause de Baltar. Des attentats ont lieu sur le Galactica à l'approche du procès. Le nouvel avocat demande à voir certains dossiers...

Laura Roslin est hantée par un rêve concernant Hera, Caprica et numero 6 alors que les Cylons suivent la flotte à distance. Et alors que certains membres de l'équipage semblent subrepticement percevoir une musique indéfinissable, s'entame le procès de Gaïus Baltar. Saul Tigh et la présidente Roslin sont amenés à témoigner.

La lancinante impression de percevoir une musique lointaine se fait de plus en plus présente chez certains membres de l'équipage alors que le procès de Gaïus Baltar touche à sa fin. Laura Roslin, à nouveau traitée pour son cancer à l'infirmerie, découvre que le rêve qui la hante est plus qu'un simple songe, alors se révèlent les derniers Cylons infiltrés dans l'équipage.

Suite à la disparition du vaisseau mère contenant Baltar et la présidente Roslin, la flotte, alors gouvernée par défaut par un Zarek dont l'amiral Adama ne reconnaîtra jamais l'autorité, tente de se trouver un nouveau dirigeant. L'amiral Adama semble quant à lui perdre la raison, prenant un grand nombre de risques inconsidérés afin de retrouver la présidente.

L'Amiral Adama et le colonel Tigh sont capturés par les hommes de Gaeta. Le Raptor, emmenant la Présidente Roslin en lieu sûr, échappe de peu à une attaque. Gaeta veut organiser un procès contre l'Amiral, et Zarek se charge du Quorum. Pendant ce temps, toujours à bord du Galactica, Starbuck et Apollo tentent de neutraliser l'ennemi...

Etant donné l'état du vaisseau, l'équipage du Galactica s'active à évacuer les lieux. Mais rattrapé par les événements, l'amiral Adama se décide à donner une dernière mission au navire : Aller arracher Héra des mains de la colonie cylon. Une partie du passé de certains personnages d'importance, prenant place avant l'attaque sur les colonies, est révélée.

La colonie Cylon ayant été découverte, l'Amiral Adama décide d'agir pour sauver Hera et mettre un terme à cette guerre avec les Cylons de Cavil. Pour cette mission suicide, il réuni les volontaires. Le temps est venu de passer à l'action... Athena craint qu'il ne soit trop tard pour venir en aide à sa fille...