Flota kolonialna wciąż ucieka. Konieczność wykonywania skoków FTL dokładnie co 33 minuty doprowadza załogę na skraj wyczerpania. W wyniku błędu tracą z oczu transportowiec Oceanic.

Flocie zaczyna brakować paliwa. Admirał Adama decyduje się uzupełnić zapasy na pobliskiej asteroidzie. Okazuje się, że to baza Cylonów.

Podczas zwiadu odkryta zostaje planeta. Okazuje się być nią Kobol - kolebka ludzkości. Starbuck wyrusza z samotną misją na Caprikę. Cyloni zestrzeliwują jeden z Raptorów.

Konflikt pomiędzy Adamą a Roslin stawia Apollo przed wyborem jednej ze stron. Boomer umieszcza bombę na cylońskim statku krążącym nad Kobolem. Na mostku dochodzi do tragedii.

Stan komandora jest ciężki. Pułkownik Tigh przejmuje obowiązki dowódcy. Prezydent Roslin i Lee Adama trafiają do aresztu. Rozbitkowie przemierzają Kobol, szukając schronienia i drogi powrotu.

Na pokład Galactiki dostają się Cyloni. W systemie pojawia się wirus. Statek pogrąża się w ciemnościach. Tymczasem na Kobolu żołnierze wciąż walczą o życie.

Flota napotyka dawno uznany za zniszczony okręt Pegasus. Radość ze zjednoczenia rujnuje wyraźnie dająca się zauważyć różnica między rozważnym stylem dowodzenia Adamy a brutalnymi metodami admirał Heleny Cain.

Rozdźwięk między Adamą a Cain narasta, jednak chwilowo musi on zejść na dalszy plan. Załogi obu battlestarów łączą siły, próbując zniszczyć tajemniczy cyloński okręt. Stan prezydent Roslin się pogarsza.

Okręt Przebudzenie zostaje zniszczony, ale myśliwiec Apollo rozbija się, a on sam dryfuje w przestrzeni. Baltar uwalnia Szóstkę z aresztu Pegasusa. Admirał Cain ponosi konsekwencje swojego okrucieństwa.

Starbuck wraca na Capricę po członków ruchu oporu, po drodze odkrywając przypadkiem zdatną do zasiedlenia planetę. Trwają wybory prezydenckie. Zwolennicy Roslin próbują sfałszować wyniki, by zapewnić jej zwycięstwo.

Świeżo wybrany prezydent Baltar zarządza osiedlenie się na Nowej Caprice. Rosną animozje, zmieniają się układy. Ocaleni z Dwunastu Kolonii miesiącami budują na nowo społeczeństwo. Jednak i tu odnajdują ich Cyloni.

Po ucieczce z Nowej Capriki formuje się Trybunał, który oskarża, sądzi i skazuje na śmierć podejrzanych o działanie na rzecz Cylonów podczas okupacji.

Zbliżają się obchody 45-lecia służby Billa Adamy. Galactica ratuje pilota uciekającego z niewoli Cylonów. Okazuje się nim być dawny towarzysz broni Adamy i Tigha. Trudne decyzje przeszłości wychodzą na jaw.

Na planecie alg Tyrol odkrywa opuszczoną świątynię, a w niej starożytny artefakt - Oko Jowisza. Pojawiają się Cyloni, tym razem mając pokojowe zamiary. Chcą jednak przejąć znalezisko.

Helo i Atena dowiadują się, że Hera żyje. Między Cylonami a Adamą następuje próba sił. Po zestrzeloną przez Cylonów Starbuck rusza oddział ratunkowy. D’Anna w świątyni ma wizję Ostatecznej Piątki.

We flocie rozprzestrzenia się infekcja. Helo podejrzewa, że jeden z lekarzy zabija pacjentów objętych kwarantanną. Niespodziewanie zaczynają chorować też Hera i Dualla…

Proces Baltara rozpoczyna się. Choć zdawał się być tylko formalnością na drodze do egzekucji, w miarę przesłuchania kolejnych świadków rodzi coraz więcej wątpliwości. Lee Adama odchodzi ze służby.

Tory, Anders, Tigh i Tyrol raz po raz słyszą tę samą, dziwnie znajomą melodię. Zaczynają podejrzewać, że są Cylonami. Proces Baltara przybiera ostateczny, niespodziewany zwrot.

Nagłe pojawienie się żywej Starbuck i rewelacje o odnalezieniu Ziemi sieją zamęt i niepokój. Kult Baltara rozprzestrzenia się. Czworo domniemanych Cylonów obawia się tego, co mogą mimowolnie zrobić.

Demetrius napotyka uszkodzonego Raidera z Leobenem na pokładzie. Cylon proponuje pokój i pomoc w odnalezieniu Ziemi. Między Karą a załogą dochodzi do spięć. Tyrol zaczyna pojawiać się na nabożeństwach Baltara.

Po odnalezieniu floty D’Anna zatrzymuje Roslin jako zakładnika, żądając spotkania z nieujawnionymi jeszcze Cylonami. Tigh wydaje nazwiska pozostałych. Przymierze między ludźmi a Cylonami cementuje się, wspólnie odnajdują Ziemię.

Załoga wspomina życie na Caprice przed zagładą. Galactika, zbyt zniszczona jednak by ją naprawić, jest rozbierana na części. Formuje się ochotniczy oddział ratunkowy i wyrusza po Herę.

Walka między flotą kolonialną a basestarem wrogich Cylonów. Boomer oddaje Herę rodzicom. Ostateczna Piątka łączy wspomnienia. Tajemnicze nuty okazują się być współrzędnymi zielonej planety. Ocaleni z Kolonii nazywają ją Ziemią.