新たなる敵である魔界の王アンコクダーによって、ワタルの救世主としての記憶と「良き心」が奪われてしまった。そんな中で異変の起きた創界山へシバラクとヒミコに連れられたワタルだが、「良き心」がないせいで龍神丸を呼び出せない。だが、ひとかけらの「良き心」が残っていたため、救世主としての記憶が目覚めて…。

第一界層でワタルがたどり着いた町は、バンバンジーが支配しているバンジータウン。町は人から家までゴムを付けられ、常にバンジージャンプ状態だった。町を戻すためには、「バンジーロック」をバンジージャンプで取ってこなければならない。底の見えない深さに怯えるワタルだったが、人々のため、挑戦を決意して…。

次にワタルたちが訪れたのは、野球盤のような町ボールパークタウン。町の支配者サンカンオーに野球盤ゲームの巨大なボールの標的にされた家屋は、破壊されていた。その瓦礫に埋もれそうになっていた老人とその孫アタールを救出したワタルたちは、悪事を止めるべく、サンカンオーと野球盤ゲーム対決をすることになり…。

ドロンドタウンを支配するウラメシヤンは、怖いものが大好きで村人をお化けに変えていた。元に戻すためには、ウラメシヤンを怖がらせるしかない。ワタルたちは、ウラメシヤンを怖がらせようとするがことごとく失敗。逆にウラメシヤンが、ワタルたちに「この世で一番怖いもの」が見えてしまう術をかけようとするが…。

コギャルが喜びそうな店が建ち並ぶチープリタウンへやってきたワタルたち。町の人々はコギャルの格好をさせられていた。元に戻すためには、エーコのカバンに付いているマスコットにガクの学生服の第2ボタンを付けなければならない。ワタルたちは、女子高生の恰好で町に潜入。カバンが置いてある生徒会室へ向かうが…。

車輪付きの家々が、まったなしでレースさせられているサーキット村。元は、誰でもレースを楽しめる良い村だった。その村で、ナビと名乗る少女を救出したワタルたちは、彼女から町を変えたカメニックの話を聞く。その悪行を止め、彼を元に戻すためにワタルは、ナビとともにカメニックとレース勝負をすることになり…。

光の獅子の山の麓までやってきたワタル一行だったが、容易に近づくことはできなかった。そんな中、町が絶叫マシンに改造されているアニューズタウンにやってきたワタルたち。その町の中を探索するうちに、ワタルは逆バンジーで山までたどり着く方法を考える。その使用をかけてドードと絶叫マシン勝負をすることになり…。

光の獅子の山へと到着したワタル一行は、聖樹とスズメ、シバラク、ヒミコとワタルの三組に分かれて行動を開始することになった。その途中、ワタルとヒミコは、一人の老人と出会う。どうやら老人は、ここに住んでいたのだが、腰を痛めて動けないらしい。しかたなく、ワタルは老人を背負って頂上へ登ることになるが…。

第二界層は、樹木の上に町が栄えているような世界。この界層で六つの花を咲かせなければ、第三界層へ上がることはできない。ホタル一族の村に着いたワタルたちは、少女ルスクと出会い、村を支配するルーメンの話を聞く。そしてルスクはルーメンに作ってもらったオルゴールを見せ、元の姿を取り戻すよう説得するが…。

二つ目の花を探して、かつて香水の名産地だったカオリタウンにやってきたワタルたち。町はくさい臭いが大好きという支配者メッチャクッサーにより汚染され、人々もブリキに変えられていた。町の生き残りであるカレンは、バラからエキスを取り出し、良い香りが苦手なメッチャクッサーにそれを嗅がせて倒そうとするが…。

温泉地ユタカ村を支配している暑がりの雪女カンプーンは、魔神プロペランを使って村人を氷づけにして良き心を奪っていた。そのユカタ村でチルドという一人の少女に出会うワタルたち。伝説の花を見せるから、村を助けて欲しいとワタルたちに頼むチルド。氷を溶かすため、山の源泉へと向かったワタルたちだったが…。

次の花を求めて旅立った一行は、森の中にある小さな村に着く。そこには強欲な支配者タクロースが、トナカイのような角を持つ村人を使って、無数の星々を集めさせていた。もっと多くの星を手に入れるため、村一番の巨木マザーツリーを切り倒そうと企むタクロース。その計画を阻止しようとワタルは龍神丸で応戦するが…。

フルフル村は、果実しか食べない種族の村。しかし、主食であるフルーツは、すべてドナルカミ大王の配下のドリアンによって、果物型の爆弾に変えられていた。村の少女ライチから、ドリアンが主催する鉄人爆弾レースで優勝すれば、果物を元通りに戻すという話を聞きつけたワタルは、過酷な鉄人爆弾レースに参加するが…。

アッチチ村を支配するチワッキーは、熱血していない人間の良き心を抜き取っていた。そんなチワッキーに抗議に行ったワタルの前にドナルカミ・ファミリーの一人、ドランが現れる。ドランは村の外れにある伝説の花を咲かせるという鳳凰の木を燃やそうとしていたのだ。それを阻止するため、ワタルは鳳凰の木へと急ぐが…。

木も草も生えていない火山の麓を巨大なイモ虫バグローの案内により二人で行くことになったワタル。だが、実はドランと第二界層のボスのマグマ・ダイチがバクローを騙し、ワタルを罠にはめるよう指示していたのだ。鳳凰の実を虹の蕾にはめ込んだ途端、吹き出すマグマ。取り残されたワタルを救出したのはバグローだった…。

炎のフェニックスの力を手に入れ、第三界層へと上がってきたワタルたち。突如、ドナルカミ・ファミリーの第三の刺客ドルクが現れる。ワタルの命を狙い、剣を向けるドルク。その刃から身を挺して守ったのは、聖樹だった。さらにドルクの剣がワタルに迫ろうとした時、ワタルたちは流砂に呑み込まれ地中に沈んでしまい…。

「剣王の剣」を持つ大盗賊アラジンガーを探すため、闇のバザーが開かれるボーリングの町ストラークへやってきたワタルたち。町はポーラーボーラーというボーリング好きに支配され、住人はボーリングのピンにされて苦しめられていた。ワタルたちはそんな人々を解放させるため、ボーリング勝負をすることになり…。

「剣王の剣」を手に入れたワタルたち。第三界層へと進んだワタルたちは、とある町で相撲取りの恰好をした人がぐったりしている姿を目撃した。町を支配している力士のスナノウミが人々に無理やり相撲をとらせ、負けた者の良き心を奪っていたのだ。そんなスナノウミとワタルは相撲勝負をすることになってしまい…。

第三界層のボスであるリミッターによって異空間へと飛ばされたワタル、ヒミコ、シバラク。三人がたどり着いた先は、空に大きなシャンデリアがある町ケイコータウンだった。その町に住む人々は、皆シャンデリアの明るさで不眠症になっていた。ワットを倒すべく城に侵入したワタルたちだが、あっさりと捕まってしまい…。

ワタルに良く似た救世主の炎部ワタルたちと出会ったワタル一行は、一緒にビリビリタウンという町にたどり着いた。そこは異常なほど静電気が発生する町であった。ワタルたちの髪の毛も、静電気ですっかり逆立っている。町を支配しているサンダールに立ち向かったワタルだったが、静電気攻撃にやられて気を失ってしまい…。

聖なる森を探すワタル一行は、無数の洞窟がある場所にたどり着いた。そして、救世主を乗せる列車で再会するワタルたちと炎部ワタル一行。ワタルは聖なる森を探していることを彼らに打ち明け、何でも願いが叶うという天の龍馬を探していることを、サクヤから聞かされる。うちとけた雰囲気で一息つく一行だったが…。

トロッコに乗り、ビリビリマンのいる城を目指す二人のワタル一行。ビリビリマンの城へとたどり着くワタルたちを待ち構えていたビリビリマンの魔神エレクローンと、ダブル龍神丸との戦いが始まる。だが、エレクローンの放電攻撃は強烈なため、二人のワタルは電流をとめるべく、龍神丸から降りることを決意して…。

過去の創界山から帰還したワタルたち。再び聖なる森を目指していたが、途中でウンド村に寄り道したワタルたちは運動会を目撃する。この村を支配するハチマッキーが、卑怯な手段を使って優勝し、負けた人の良き心を奪っているのだ。運動会が休憩になっている隙に計画を練るワタルたち。そこでスズメと聖樹と再会して…。

聖なる森が現れるというサンドヒルの村にたどり着いたワタルたち。しかし、村を支配しているオカサーフは砂津波発生装置で砂津波を起こし、村を砂の中に埋めようとしていた。そこでサンドヒルの村人たちは、巨大砂津波を防ぐために堤防の建造を急ぐ。一方、ワタルは装置を破壊するため、オカサーフの城へと向かい…。

聖なる森へやってきたワタルたちは、分かれて剣王の剣を探し出すことになった。だが、森の中で迷子になったワタルは、ケンと名乗る少年と出会う。そしてケンに剣王の剣の所まで案内してもらい、ついに剣王の剣の所までたどり着いたワタル。しかし、良き心を持たないためにワタルには剣王の剣を抜くことができず…。

第四界層は、第三界層と違って極寒の世界。そこの電話の町イエローページタウンを訪れるワタルたち。良き心を抜かれた町の人々はイタズラ電話や無言電話をかけまくってしまうらしい。町を支配するマッツ兄弟とワタルが対峙する場へ現われる邪虎丸。久しぶりの虎王との再会だが、虎王の様子はどこかいつもと違っていて…。

吹雪の中を進むワタルたちはコンビニを発見した。そして気がつくとワタルたちは、肉まんなどの姿に変えられてしまっていた。店長のテン・チョーは買いにきた人たちをバーコードビームで商品に変えているらしい。機転を利かせて元の姿に戻ったワタルだが、体は小さいまま。小さいながらもワタルは龍神丸を呼んで…。

マックラータウンに着いたワタル一行。村の中は赤い霧が立ち込めていて、人々が倒れていた。マックラータウンを支配するフトントは、町の人々に悪夢を見させて楽しんでいた。ワタルたちはフトントを倒すため、あえて悪夢を見る。仲間がそれぞれの悪夢を体験する中、ワタルは心細さと恐怖に駆られる孤独な夢を見るが…。

猛吹雪の中で、行き倒れになっていたモノクロという男を助けたワタルたちは、フォトタウンという町へやってきた。パッパラチッチは空間も写真に写し取ることができる魔法を持っているらしい。モノクロから話を聞いたワタルは、パッパラチッチが写真を撮ることを阻止しようとするが逆に写真に封じ込められてしまい…。

聖神を求めて旅を続けるワタルたちは、町も見つからないために野宿することになってしまった。そして翌朝、目を覚ましたワタルたちにとんでもない事態が起こった。ワタルとヒミコ、シバラクとスズメの人格が入れ替わってしまったのだ。それは、仲がいい人々を見るとイライラする氷の森のはぐれ魔人カーメーンの仕業で…。

人形の町トイズタウンにやってきたワタル一行。町には様々な人形があるだけで人影は全くなかった。分かれて情報収集するワタルたちだったが、その中でシバラクとスズメが、腹話術人形「マリ夫」により人形に変えられてしまう。そのマリ夫を追うワタルと聖樹は、町の支配者であるトーイの城「人形屋敷」にたどり着き…。

フリザベート城で目を覚ましたワタル。虎王を完全に魔界の者にさせようとフリザベートは、虎王の手でワタルたちに止めを刺させようとする。そんな虎王にワタルは、暗黒龍と戦った思い出を語りかける。その時、足場が崩れ落ちそうになった虎王を迷わず助けるワタル。そのために虎王はワタルが敵なのか分からなくなり…。

高層ビル群が建ち並ぶ第五界層に着いたワタルたち。だが、その住人は人ではなく恐竜だった。そこでオモチャメーカーの社長エコノミザウルスがオモチャではなく本物の武器を売っていることを知ったワタルたちは、安全なオモチャを作るトイノドンを手伝うことになる。その中、龍神丸似の人形「恐竜大将軍」が完成して…。

ビル群の中にひっそりとある「いこいの泉」は、そこに住む人々にとって心のオアシス。だが、魔神ダックシューターに搭乗するカモネギーは、泉の周りのビルをすべて自分の要塞とし、近づく人々を狙撃していた。公園の案内人であるフンゾーからカモネギーについての話を聞いたワタルは、早速カモネギー退治に乗り出すが…。

高層ビルの屋上にあるデンノータウン。支配者のイッパツヤーンは、格闘戦士ロボット「ドリーム」と住人を戦わせて、負けた者の良き心を奪っていた。着いた早々に離ればなれになってしまったワタル一行。そしてドリームと戦うことになったワタルとシバラクが、ドリームの予想以上の強さに絶体絶命のピンチを迎えた時…。

とある湖畔までやってきたワタルたち。そこへサメ型戦艦魔神トローリングシャークが姿を現した。この戦艦の持ち主であるタツとヒロは、巨大な釣り針を使って建物や車などを持ち上げ、その大きさを競っていた。ヒミコやシバラクたちが釣り上げられてしまったトローリングシャークにワタルは、聖樹と一緒に乗り込むが…。

工場が延々と続いているファクトリータウン。夜の闇に紛れて、少女ステラが工場からの脱出を試みていた。たまたま居合わせたスズメは、ダルマンたちに捕らえられてしまう。そして街の片隅で泣いているステラをワタルたちが保護することになる。そんなステラの代わりに牢屋に入れられたスズメは、心星人と出会い…。

氷牙の白虎を捜し求めるワタルたち。だが、その手がかりもないまま、第五界層のボスであるゼロワンがいる超高層ビル「デスタワー」の入り口前にたどり着いてしまった。中に入ったワタルたちは、そこで次から次へと二者択一の問題を投げかけられる。命からがら先へ進んでいくワタルの前に虎王とドードが立ちはだかり…。

第六界層にたどり着いたワタル一行。そこは見渡す限り海の世界。大ガメに乗った少女リップルに助けられたワタルたちは、彼女に導かれて銀狼の聖神がいる聖なる島へと向かう。聖なる島にたどり着いたワタルたちは、少女アクアと少年マリンに姿を変えて戦闘の傷を癒していた銀狼の聖神から聖なる力を授かろうとするが…。

海の上に浮かんだスフィアランドに着いたワタルたち。この町は何をするにもクレーンゲームをしなければ手に入らないシステムらしい。その中、支配者のゴン・タコスがクレーンゲームの達人で子供たちの良い心を集めていると、少年ホセに教えられるワタル。一方、聖樹はふと出会ったドルクから暗黒列車の話を聞き…。

小島に漂着したワタルは少女ミケルに出会った。島を支配するロッドマンに大親友の黄色い鯨マレスを捕らえられてから彼女は心を閉ざすようになってしまった。救世主がマレスを救出してくれるかもしれないと思っていたが、ワタルを救世主と認められないミケル。だが、聖樹の説得によりミケルはワタルへの協力を決意して…。

黄色い鯨マレスの導きで虹の祠を目指す一行は、光を発する海にたどり着いた。その光の中へ吸い込まれてしまったワタルが目を覚ますと、そこは深い闇に包まれた荒野だった。そこに響くマリンの声。青い星を頼りに何があっても決して振り向かず進まなければならないというマリンのアドバイスを受けてワタルは旅立つが…。

虹の祠にたどり着いたワタルたち。だが、聖神から預かった勾玉を清らかなる魂の雫に触れさせる方法が分からなかった。そんな中、海底宮殿で決死の覚悟を決めたドードと出会うワタル。ドードはワタルとの決着をつけるために細工を仕掛けシバラクたちを罠に陥れる。そして二人だけになったワタルとドードの対決が始まり…。

ワタルたちはドナルカミ城へ「良き心」を運ぶ暗黒列車に乗り込む計画を考える。そして、燃料補給ステーションに侵入したワタルたちを待ち受けていたのは、ドルクだった。ドルクは、今までの苦悩を打ち消すため、魔神ルクシオンでワタルに勝負を挑む。そんな中、ドルクの覚悟を悟った聖樹は戦いをやめさせようとするが…。

ドルクの処刑が執行された。落下していくドルクを追うかのように聖樹も身を投げ出す。そして、お互いの思いを確かめ合う二人。そんな覚悟を決めた二人を、すんでの所で鳥神丸が救出する。その頃、ドードと戦っていた虎王は、ドードに友情めいたものを感じつつも、もう一人のトモダチであるワタルの元へと急ぐ…。

ドナルカミ城内に潜入したワタル一行。先を急ぐ中、ワタルは闇の空間に引きずり込まれて、城の最下部にある巨大空間に行き着いた。そこにはドナルカミ大王が最後の決戦に向けて、ワタルを待ち構えていた。一方、良き心に目覚めて正気になったドナルカミ女王、ドルク、そして聖樹の前に、ドランが立ちはだかるが…。

ドランがシールド発生装置を解除したことによって、崩れ始めるドナルカミ城。重傷のドナルカミ大王も連れて、脱出をはかるワタルたち。そんな中で、良き心をアンコクダーにささげる目的のために、ドルクと女王をドランが連れ去ってしまう。そして突然、アンコクダーの住む第七界層が第六界層の海の底から浮上を始めて…。

アンコクダーの手には、ワタルの良き心が握られていた。アンコクダーは砂時計を用意し、その砂が落ちきる前に良き心の珠に触れることが出来れば、心を返すという。シバラクたちを砂時計の中に閉じ込めたアンコクダーは、巨大魔神の魔導剣王でワタルに襲いかかる。ワタルは龍神丸で最後の敵アンコクダーに立ち向かうが…。

ついにアンコクダーの悪の心が復活してしまった。聖龍妃は、ワタルを目覚めさせ第七界層の聖神の力がこもった勾玉を授ける。そして聖龍妃は最後の力を使い、翔龍子と虎王を分離させる。やるべきことを果たすため、虎王は戦いへ赴き、翔龍子は聖龍妃の元に留まる。ワタルは勾玉を使って龍神丸を超魔神に変身させるが…。

良き心がなければ、アンコクダーを倒せないため、聖樹たち三人は心だけになりアンコクダーの中へと入り込んだ。一方、龍神丸から放り出されたワタルは、かつて炎部ワタルがワルモンダーを倒した際に置いて行くと約束した登龍剣を聖龍殿から離れた祠で発見する。自分との約束を炎部ワタルが守ったこと知ったワタルは…。