無事2回生に進級し、平和な学院生活を望んでいたアルトだったが、ヴェルメイが上級生の使い魔を吹っ飛ばしたことで、その兄貴分である竜騎兵団のレクスに絡まれてしまう。レクスの使い魔である恐竜がアルト達を襲う！そんな折アルトとリリアは、成績優秀者から2回生の代表を選ぶ“特別試験”に参加することになる。