Conan è un ragazzo di circa dodici anni che vive assieme al nonno su di un'isola sperduta nell'oceano. Siamo nel 2028 e dopo la guerra catastrofica che venti anni prima (nel 2008) ha sconvolto il mondo, i due credono ormai di essere gli unici sopravvissuti della razza umana, ma un giorno, dopo essere tornato da una caccia allo squalo, Conan trova svenuta sulla spiaggia una ragazzina della sua stessa età. Dopo essersi ripresa la ragazza fa appena in tempo a dire il suo nome, Lana, e a raccontare della sua isola, High Harbor e di suo nonno, il dottor Briac Rao che sta disperatamente cercando, quando un idrovolante proveniente dalla città-fortezza Indastria atterra sull'isola. Dal velivolo escono Monsley ed un suo aiutante, che si mettono a cercare la ragazza; mentre Conan cerca di nascondere Lana, il nonno nell'impedire la sua cattura rimane mortalmente ferito. Tutto comunque risulta inutile: alla fine la ragazza viene prelevata da Monsley e caricata a forza sull'idrovolante che riparte per Indastria inseguito da Conan.

Conan riesce a danneggiare l'idrovolante di Monsley, ma non riesce a salire a bordo e cade in mare. Al ritorno sull'isola assiste alla lenta agonia del nonno, che prima di morire gli racconta la storia degli ultimi sopravvissuti dell'isola. Il nonno muore e Conan è disperato: promette di vendicarlo e di ritrovare e salvare Lana.

Conan costruisce una zattera e lascia l'isola natia per andare ad Indastria e cercare Lana per liberarla; non si rende però conto delle enormi distanze tra le varie terre e proprio quando è allo stremo delle forze approda su un'isola dove può finalmente bere acqua dolce. Qui incontra Jimsey, uno strano ragazzo che diventa subito suo grande amico e gli promette di aiutarlo nella sua ricerca.

Il "Barracuda", la nave capitanata dal capitano Dyce e diretta ad Indastria fa scalo sull'isola per caricare la "plastip", la materia plastica che gli abitanti estraggono dalle montagne di rifiuti della passata civiltà. Conan e Jimsey salgono di nascosto a bordo, ma vengono scoperti: trattati da clandestini vengono crudelmente puniti con trenta violenti colpi sul sedere per ciascuno con una tavola di legno. Conan riceve la punizione anche al posto di Jimsey, svenuto dopo il primo colpo, ed è costretto a lavorare assieme all'amico per tutto il viaggio nello stivaggio del "Barracuda".

Ad Indastria Lana viene interrogata, ma non rivela nulla del nonno: sa che se il segreto della tecnologia dell'Energia Solare che il nonno custodisce cadesse nelle mani di Indastria, verrebbe utilizzata per soggiogare quello che resta dell'umanità. Intanto Conan è arrivato col "Barracuda" ad Indastria, scende a terra e raggiunge la torre dove la ragazza è tenuta prigioniera.

Conan riesce a liberare Lana, ma dopo una breve fuga i due ragazzi vengono di nuovo catturati. Il capitano Dyce, che da sempre dedica morbose attenzioni a Lana e che non è contento del trattamento che Monsley sta riservando alla ragazzina, riesce però a liberarla con uno stratagemma e la convince a fuggire con lui facendole credere che Conan la sta aspettando sulla sua nave.

Monsley si lancia coll'idrovolante all'inseguimento del "Barracuda" per riprendersi Lana, senza però sapere che nascosto a bordo c'è anche Conan, appena fuggito dalle prigioni di Indastria. Intanto sulla nave Lana è tenuta prigioniera nella sua cabina, dove incontra per la prima volta Gimsey, che le promette di darle una mano. Quando l'idrovolante di Monsley arriva in vista del "Barracuda", Conan apre un portello e si getta in mare. Monsley decide di ucciderlo attivando il magnete delle sue manette.

Conan riesce a raggiungere il "Barracuda" a nuoto e a salire a bordo. Intanto Lana si libera e con Conan riesce a fuggire con una lancia di salvataggio. Ma i due ragazzi sono inseguiti dalle forze di Indastria che colpiscono ed affondano la lancia. Conan che è bloccato dalle manette magnetiche che gli erano state applicate ad Indastria, rimane agganciato alla piccola imbarcazione ed affonda con lei e Lana gli pratica la respirazione bocca a bocca sott'acqua per farlo sopravvivere e per permettergli di liberarsi[1]. I due ragazzi, esausti ma salvi, riescono ad approdare sulla terraferma. Monsley intanto cattura tutto l'equipaggio del "Barracuda", reo di aver aiutato Lana a fuggire.

I due ragazzi attraversano una zona desertica fino a cadere esausti. Patch, un uomo dal volto sfigurato da un incidente e che è capo cantiere nella vicina piattaforma di recupero di una nave affondata, li trova ormai in fin di vita e li porta al cantiere. Invece di denunciarli ad Indastria come fuggiaschi, una volta che si sono ripresi li fa lavorare assieme agli altri operai nel recupero della nave, suscitando la disapprovazione di Telit, un suo sottoposto. Mosley intanto è alla ricerca di Lana con l'idrovolante: quando arriva nei pressi della piattaforma, Patch nasconde i due ragazzi, ma Telit sale di nascosto a bordo dell'idrovolante e rivela a Monsley la loro presenza al cantiere. Intanto Lana, che ha limitati poteri telepatici, percepisce la vicinanza del nonno e improvvisamente si rende conto che Patch non è altri che dottor Rao, suo nonno che col suo volto sfigurato era irriconoscibile.

Improvvisamente si assiste ad uno strano fenomeno: milioni di falene volano impazzite, poi si scatena una violenta tempesta. Sono le avvisaglie di un evento eccezionale: infatti di lì a poco un terribile terremoto seguito da uno tsunami cambia la geografia della zona semidistruggendo il cantiere. Il nonno di Lana, che ha protetto fino a quel momento la nipote e Conan senza farsi scoprire, sa che ormai Indastria è al corrente di dove si trovano i due ragazzi e forse della sua vera identità, quindi di nascosto fugge con i due ragazzi da ciò che resta della piattaforma.

Il dottor Rao ripara parzialmente la sua macchina volante che aveva nascosto nel deserto e assieme ai due ragazzi parte per Indastria dopo aver abbattuto l'idrovolante di Monsley lanciato al loro inseguimento. Lungo la strada recuperano il capitano Dyce che era stato abbandonato nel deserto da Repka per punirlo del rapimento e della fuga di Lana. Insieme raggiungeranno Indastria, Rao per recarsi nel Nucleo della città dove poter ritrovare i componenti per riparare definitivamente la macchina volante e potersi recare ad High Arbor, la loro meta finale; Dyce invece per poter liberare il suo equipaggio tenuto ancora prigioniero dalle forze di Indastria.

Il gruppo si divide: Conan e Dyce devono tentare di liberare l'equipaggio del "Barracuda" tenuto prigioniero dai soldati di Repka, Rao e Lana si dirigono nel Nucleo di Indastria per recuperare i pezzi di ricambio necessari alla riparazione della macchina volante. Una volta liberato l'equipaggio, Conan rimane ad Indastria mentre Dyce scappa col "Barracuda". Conan riesce a liberare dalle carceri pure gli oppositori di Repka che erano stati imprigionati, e col loro aiuto ritrova e salva Rao e Lana che nel frattempo erano stati individuati e catturati dai soldati di Indastria. Finalmente Rao, Lana, Conan e Gimsey che nel frattempo si era unito al gruppo, possono partire per High Arbor.

Rao scendendo nel Nucleo di Indastria ha avuto la certezza che i terremoti che si stanno susseguendo preludono ormai all'inevitabile affondamento della città. Lascia perciò i ragazzi sul "Barracuda" dopo averlo raggiunto con la macchina volante, in modo che Dyce li porti ad High Arbor. Rao ritorna invece ad Indastria per controllare le sue teorie e per avvertire gli abitanti del pericolo. All'arrivo sull'isola natale di Lana l'accoglienza per Dyce non è delle migliori: è infatti stato lui che all'inizio della storia aveva rapito Lana per consegnarla a Monsley e per questo il "Barracuda" all'ingresso nella baia di High Arbor è accolto dalle bombe del signor Gull che lo semiaffondano. Lana, Conan e Gimsey scendono a terra e si recano al villaggio, nella casa di zia Mesa, di zio Shan e di Lana.

Il giorno dopo Conan e Gimsey perlustrano l'isola. Conan inseguendo un pesce attraverso una grotta sottomarina arriva in una caverna dove è ancorato un sommergibile volante, nascosto tempo prima dal dottor Rao. Nella caverna c'è anche l'allevamento di pesci di Gull che fornisce il cibo a tutto il villaggio, e Conan a cui piace lavorare ed è affascinato dal mare comincia ad aiutarlo. Gimsey invece si dedica alla caccia e riesce ad uccidere un enorme maiale selvatico. Purtroppo non sa che l'animale proviene dall'allevamento privato di Orlo, un ragazzo prepotente che è il capo di una comunità alternativa dall'altra parte dell'isola. Orlo per il maiale pretende un enorme indennizzo dagli abitanti del villaggio, ma forse lo zio di Lana sa come risolvere la situazione.

Gimsey e Conan si recano nottetempo da Orlo per convincerlo che i colpevoli dell'uccisione del maiale erano solamente loro e che non era giusto che tutto il villaggio ne pagasse le conseguenze. Orlo apparentemente sembra cedere, perché desidera che i due ragazzi vengano a far parte della sua comunità ed effettivamente all'inizio Conan e Gimsey sembrano molto interessati a rimanere nel villaggio di Orlo, ma si rendono ben presto conto che il governo nella comunità era fatto da soprusi e prevaricazioni. Alla fine Orlo si rimangia la parola data: avrebbe preteso un elevato indennizzo per il maiale ucciso, ma sopraggiunge Lana che gli dona il gioiello con la pietra azzurra, prezioso ricordo della madre, che Orlo aveva sempre desiderato. Conan non accetta lo scambio e vuole battersi con Orlo, ma Lana lo ferma con uno schiaffo: non avrebbe permesso che avesse fatto male a qualcuno o si fosse fatto male per un maiale. Come dirà in seguito, la pietra azzurra aveva un grande valore, ma per lei Conan e Gimsey valevano centomila volte di più.

Conan e Gull hanno avviato un piccolo commercio con un villaggio all'estremità opposta dell'isola. Lo fanno di nascosto via mare per non essere sorpresi da Orlo che si sarebbe fatto certamente pagare una commissione. Nel frattempo Gimsey, aiutato anche da Conan ha terminato la nuova casa sull'albero in riva al mare dove i due ragazzi pensano di andare ad abitare dalla sera stessa. Ma dal mare durante la notte arriva una nave di Indastria.

L'esercito di Indastria capitanato da Monsley, attacca e bombarda il villaggio. Intanto Orlo con un inganno, prende il potere al villaggio e lo consegna all'esercito di Indastria, in cambio di un posto di preminenza nel futuro assetto politico dell'isola. Durante i bombardamenti Lana viene investita da un'esplosione e rimane a terra svenuta.

Il villaggio è soggiogato e Lana è catturata. L'unica possibilità di vincere l'esercito di Monsley è di distruggere la loro cannoniera prima che faccia ritorno ad Indastria. La nave è già partita con Lana a bordo, ma Conan mette sul suo fondo una potente bomba fornitagli da Gull, che esplode affondando la nave. Lana che ha completa fiducia in Conan, lo aspetta con calma nella sua cabina nonostante l'irruzione dell'acqua, fino a che il ragazzo raggiunge la nave sul fondo del mare e la salva.

Perduta la cannoniera, Monsley vuole recuperare il "Barracuda" che è semiaffondato nella baia per fare ritorno ad Indastria. Per la prima volta si sente bloccata sull'isola e distante dalla sua città e si ferma a meditare sulle sue azioni, che potrebbero distruggere quello che, comincia a rendersene conto, è un paradiso naturale. Lana e Conan ritornano sull'isola, ma la ragazza ha come la sensazione di qualcosa di terribile che sta arrivando dal mare. Infatti è in arrivo un terribile tsunami, frutto degli sconvolgimenti tellurici che avvengono nella zona di Indastria. Tutte le persone fanno appena in tempo a salvarsi e alla fine gli uomini del villaggio prendono il sopravvento sul sempre più sparuto esercito di Indastria, catturando gli invasori ed Orlo.

Al villaggio la vita ricomincia regolare e tutti gli uomini di Indastria che lo desiderano sono invitati a far parte della comunità. È tempo della mietitura e tutti vi partecipano. Conan desidera tornare ad Indastria per ritrovare il dottor Rao e per vedere che fine ha fatto la città dopo lo tsunami, e sorprendentemente chiede aiuto a Monsley, l'unica in grado di pilotare il sommergibile volante nascosto dal dottor Rao. Il capo del villaggio e zio Shan sono contrari al piano di Conan, ma alla fine Conan, Gimsey, Lana e Dyce (che si era nascosto a bordo) partono per Indastria. Anche Monsley è sorpresa della fiducia che Conan ripone in lei, ma il ragazzo in cuor suo sa che la sua ex-nemica non lo tradirà.

All'arrivo ad Indastria, Gimsey Lana e Dyce sbarcano e si dirigono al quartiere sotterraneo della città alla ricerca di Rao, mentre Conan e Monsley fuggono col sommergibile volante inseguiti dall'esercito di Indastria. Il veicolo viene abbattuto e Conan e Monsley catturati. Il dottor Rao è stato da tempo arrestato e torturato perché rivelasse quello che sa sull'Energia Solare ed ora è ridotto quasi ad un vegetale. Ormai Monsley è in disaccordo con Repka sulla gestione della crisi e viene imprigionata assieme a Conan, che però riesce a fuggire con lei. Entrambi devono trovare Lana e gli altri, perché Repka per sedare la ribellione degli abitanti dei sotterranei della città che stanno aiutandoli, vuole allagare le parti basse di Indastria per uccidere tutti. Durante la fuga Monsley viene colpita da una pallottola alle spalle: Conan deve quindi scappare da solo, coperto da Monsley che a costo della sua vita tenta di fermare gli inseguitori.

L'inondazione dei sotterranei ha inizio. Repka pretende che gli venga consegnata Lana per fermare l'acqua, ma quando la ragazza si consegna volontariamente per salvare la gente del sottosuolo, Repka si rimangia la promessa e continua a tenere bloccata la serranda blindata. Intanto Conan ritrova Gimsey e Dyce e col loro aiuto salva dalla fucilazione Monsley, ferita gravemente ma ancora viva. Lana viene portata da Repka dal nonno, che ormai cieco e sordo è immerso nel sonno. Repka vuole che la ragazza lo svegli e comunichi telepaticamente con lui e per costringerla la mette su una lunga passerella sospesa fuori dall'alta torre, minacciando di farla cadere. Lei è terrorizzata, ma non cede. Conan da terra le grida di non mollare e Lana vedendo dall'alto che Conan sta arrivando e che la serranda blindata si sta aprendo per mano di Dyce, Monsley e Gimsay che hanno preso il controllo della sala comando di Indastria, può finalmente svenire.

La gente dei quartieri sotterranei si riversa fuori dalla serranda blindata e travolge le difese di Repka, che tenta la fuga con la macchina volante trascinando Lana con sé. Conan riesce però a liberare la ragazza e a danneggiare la macchina, che esplode con Repka apparentemente ancora ai comandi. Il dottor Rao rivela finalmente il segreto dell'Energia Solare e proprio quella notte la Torre del Sole viene riattivata e il capitano Dyce approfitta del clima euforico per dare una specie di dichiarazione a Monsley, suscitando l'indignazione divertita di lei. Il dottor Rao accompagna i ragazzi in un'area di simulazione olografica, dove possono vedere il mondo com'era nel passato e fa capire a Lana e Conan gli errori della scienza passata, indicando loro di ricostruire il mondo su basi più rispettose della Natura. Ma la città è ormai condannata e prima o poi sarà sommersa dalle acque. Gli abitanti si devono procurare una nave per partire verso una nuova vita.

La nave che avrebbe salvato gli abitanti di Indastria viene recuperata con l'aiuto dell'immensa energia di cui adesso la città dispone. Repka però è ancora vivo e tenta di fuggire con il Giganto, un velivolo enorme col quale riesce a danneggiare la Torre del Sole con un colpo di cannone. Conan, Dyce e Gimsey, utilizzando l'idrovolante di Monsley riescono ad atterrare su di un'ala del Giganto e penetrano al suo interno.

L'idrovolante ritorna ad Indastria con a bordo Monsley e Lana, mentre Conan, Dyce e Gimsey riescono a danneggiare talmente il Giganto che a Repka non rimane che tentare di utilizzare un modulo di salvataggio, ma Conan gli impedisce di entrarvi e Repka e i suoi uomini muoiono nell'affondamento dell'aereo. Passa una settimana, ma di Conan e dei suoi amici non si sa più nulla. Indastria viene abbandonata dagli abitanti subito prima del suo affondamento. Solo il Consiglio degli Scienziati, che in fondo si ritiene responsabile delle devastazioni che l'uomo ha fatto del suo mondo, rimane in città ed affonda con lei. Quello che resta dell'umanità dovrà quindi abbandonare la scienza passata e rifondare il mondo su basi naturali.

La nave fa rotta verso High Arbor e durante il viaggio recupera Dyce e Gimsey che si erano salvati dopo essere saliti su un enorme alettone del Giganto. Di Conan non vi è traccia e Lana, che non riesce più a percepirlo telepaticamente, è ormai disperata, ma trasferendo la sua mente in quella del gabbiano Tekki su suggerimento del nonno morente, riesce a perlustrare l'oceano e a ritrovare finalmente l'amico. Dopo aver recuperato Conan la nave raggiunge High Arbor dove dopo alcuni mesi viene celebrato il matrimonio tra Dyce e Monsley. Con il "Barracuda" che nel frattempo è stato rimesso a nuovo, i sopravvissuti di Indastria e alcuni abitanti di High Harbor tra i quali Conan, Lana, Gimsey, Dyce e Monsley fanno rotta verso l'Isola Perduta di Conan per formare una nuova comunità. Dopo tante avventure Conan è ritornato a casa mantenendo la promessa fatta al nonno: ha ritrovato Lana e si è fatto degli amici. La puntata e la serie si chiude col Barracuda che arriva all'Isola Perduta che nel frattempo è riemersa e diventata una grande terra da colonizzare.