Доктор Бреннан возвращается в США из Гватемалы и сразу приступает к расследованию очередного дела. На этот раз ей придется исследовать останки скелета, найденного в озере. В расследовании ей будет помогать её команда: эксперты Энджела Перли-Гейтс Монтенегро, Джек Стэнли Ходжинс и Зак Эдди. Выясняется, что скелет принадлежал беременной чернокожей девушке. Доктор Бреннан со своей командой и агентом ФБР Бутом начинает расследовать это дело, и вскоре всплывает неожиданный факт: все ниточки расследования ведут к сенатору и его помощнику. При этом у Бута и Бреннан возникают проблемы в общении и работе.

В частной школе на дереве находят гнилого висельника, подростка, который учился там же. Он был сыном посла Венесуэлы в США. Непонятно, что это было: попытка самоубийства, месть его богатым родителям или просто несчастный случай. Именно это предстоит выяснить агенту Буту и доктору Бреннан. При этом Бут пытается сблизиться с командой Бреннан, что у него не особо получается.

Семь лет назад агент Сили Бут арестовал и отправил в тюрьму Говарда Эпса — за убийство молодой девушки. Совсем скоро должен быть исполнен смертный приговор, однако к Буту обращается адвокат, нанятый Эпсом, чтобы доказать его невиновность в смерти девушки. Буту и его напарнице Бреннан придется вернуться в прошлое и узнать правду.

В институт Джефферсона к доктору Бреннан попадает холодильник в котором находят остатки молодой девушки, похищенной год назад. Пока доктор Бреннан и ее команда пытаются узнать, кто и почему убил 19-ю девушку, в институт приезжает бывший преподаватель Бреннан.

За несколько дней до Рождества в институт Джефферсона попадает старый скелет, в кармане пальто которого находят два билета в Париж. Во время выяснения обстоятельств смерти «тела» происходят непредвиденные события, которые могут помешать команде справить Рождество в кругу семьи.

Бреннан занимается опознанием останков, давно хранившихся в институте. Внезапно она понимает, что это кости её пропавшей без вести матери.

Машина, где сидел известный брокер, находящийся под следствием, врезается в поезд, убивая сенатора и других людей. У Бреннан новый начальник — доктор Сэроен. Однако в ходе следствия выясняется что не все в этом деле так просто, как кажется на первый взгляд.

На крыше найден сожженный и распятый труп бывшего сотрудника ФБР. Первое появление отца Бреннан.

Маленькая девочка, больная прогерией, в затопленном мусорном коллекторе. В ее руке — камешек со словами «я тебя люблю». Энджела планирует свадьбу, а отец Бреннан сдается Буту.

Бреннан исследует череп со следами укусов, который бросили на лобовое стекло машины подростки с моста.

Очередное дело Гормогона — Бреннан присылают нижнюю челюсть. Разгадка личности убийцы оказывается слишком тяжелой для команды.

Бреннан и Бут отправляются в Британию и помогают британским полицейским в расследовании смерти богатой блондинки-американки, которая встречалась с сыном герцога. Первое появление Грейсона Барасы

Все персонажи сериала изменились. Бут и Бреннан — супруги и владельцы бара, который находится на месте института. Но затем в баре случается убийство, и все работники являются подозреваемыми. Очнувшись, Бут понимает, что это был сон, и не узнает Кости, так как у него амнезия.

Гадалка сообщает, что под городским фонтаном — групповое захоронение. Бут признается в любви Бреннан, но потом говорит, что это только дружеская любовь, сомневаясь, что уже полностью восстановился после комы.

Свитс заканчивает книгу, в которой он описывает первую встречу Бута и Бреннан несколько лет назад. Однако герои преподносят ему сюрприз. Появление в серии Зака, бывшего интерна доктора Бреннан.

Очередное дело приводит Бута и Бреннан в квартиру барахольщика. Им предстоит разобраться с делом, попутно решив для себя важные вопросы.

Прошло семь месяцев после того, как и Бреннан и Бут покинули страну, а Энджела и Ходжинс улетели в Париж. Кэролайн перезванивает им по поводу проблем в Джефферсонском Университете. Доктор Сароян оказывается на грани увольнения. Чтобы помочь ей в опознании детских останков, Джулиан собирает команду Бреннан в Вашингтоне. Из Афганистана прилетает Бут, встретивший там любовь, а у Энджелы неожиданные новости для Ходжинса.

Стеклянный глаз помогает установить жертву убийства, которого убили, чтобы завладеть картой сокровищ. Чтобы отыскать ее, а также убийцу, Бут и Бреннан сотрудничают с Уолтером, человеком, который может отыскать все, что угодно.

Обвиненная в убийстве, Бреннан скрывается от ФБР с помощью своего отца, Макса. Бут и команда Джефферсона убеждены, что злой гений технологий Кристофер Пелант манипулирует ключевыми доказательствами по делу, чтобы точно представить Бреннан в качестве главного подозреваемого. Но анонимный источник приводит команду к останкам методиста средней школы, который может иметь ключевое значение для доказательства невиновности Бреннан.

Команда Джефферсона расследует смерть маленького мальчика, душа которого еще жива. Когда экстрасенс Авалон Хармония пытается помочь духу погибшего обрести покой, каждый член команды начинает сомневаться в своих собственных представлениях о жизни после смерти. А доктор Бреннан вдруг ощущает недостаток романтики...