Booth es en la cárcel después de haber sido enmarcado por el asesinato de tres agentes del FBI. Ahora le toca a Brennan, Sweets y el resto del equipo del Jeffersonian averiguar quién en el FBI está detrás de la conspiración.

Para averiguar quién inculpó a Booth por el crimen, el equipo del Jeffersonian, con ayuda del agente especial James Aubrey, continúa investigando quién está detrás de la conspiración que involucra al Gobierno y al FBI. Cuando averiguan que hay adn desconocido en una víctima relacionada con el escándalo, el equipo consigue acotar el número de sospechosos.