En examinant un crâne marqué par des dents humaines, l'équipe de l'Institut Jefferson met à jour une organisation secrète suspectée de cannibalisme. L'enquête nébuleuse mène Booth et Brennan sur les traces des illuminati. Pour épouser Hodgins, Angela engage un détective pour retrouver son premier mari...

Un mini-van explose à proximité d'une aire de repos, tuant la mère de famille qui était au volant. Booth et Brennan arrivent sur les lieux du drame et discutent de Caroline Julian, qui a eu beaucoup de mal à obtenir un droit de visite pour Brennan, à la prison où son père purge sa peine... Des résidus explosifs retrouvés sur le van et des fragments métalliques dans les buissons suggèrent qu'une bombe a causé l'explosion. Brennan examine les restes humains et trouve un pendentif avec la photo d'une petite fille dans son uniforme d'école. Booth et Brennan se demandent pourquoi quelqu'un voudrait tuer une mère de famille...

Dans les bois, un jeune campeur de 11 ans trouve le corps décomposé d'un homme, auquel il manque les pieds et dont les bras sont attachés ; l'équipe va mener son enquête. L'autopsie mène Brennan et Booth à diriger leur enquête vers un pavillon en Virginie, utilisé pour des pratiques sado-maso... C'est au cours de ces soirées que des femmes jouent au jockey avec des hommes qui se prennent pour leurs chevaux...

Le corps d'un fermier est retrouvé : les premiers soupçons se portent aussitôt sur les autres fermiers qu'il tentait d'expulser de leurs terres. Mais c'est sans prendre en compte la vie adultère qu'il menait parallèlement.

Une momie est découverte par un enfant dans un labyrinthe le jour d'Halloween. Booth et Brennan se rendent compte au fil de leurs recherches qu'il s'agit du cadavre d'un serial killer.

Des employés du Jefferson retrouvent un cadavre calciné dans l'incinérateur de l'institut. Booth et Brennan doivent découvrir l'identité du tueur au plus vite car il s'agit visiblement de l'un des leurs.

Une capsule "témoin", devant servir de document historique, enterrée par la promotion 1987 d'un lycée est déterrée par un groupe d'anciens élèves. Ceux-ci sont très choqués lorsqu'ils trouvent à l'intérieur le corps d'un ancien camarade ! Booth et Brennan découvrent que la victime était un élève isolé, aussi décident-ils de fouiller dans le passé de la victime pour tenter de trouver son assassin.

Le corps d'un archevêque est retrouvé sur un chantier par des ouvriers. Ses rotules ont été enlevées de façon chirurgicale, ce qui incite l'équipe à revenir à l'affaire du Fils de la Veuve.

C'est la période de Noël et deux "Elfes" découvrent le corps décomposé d'un homme dans les égouts. La victime s'appelait Kristopher Kringle, un homme estimé dans sa profession... Parallèlement, l'équipe s'apprête à fêter Noël et Temperance Brennan souhaiterait se retrouver en famille avec son père... Booth, quant à lui, est de très mauvaise humeur car pour la première fois, il ne passera pas les fêtes de fin d'année avec son fils.

Un jeune couple découvre les restes d'un squelette dans une mare de boue chaude située en pleine forêt. Après étude, il s'avère que la victime présente de nombreuses fractures... Tandis que leur enquête les mène à s'intéresser de près à un rallye de motos, Brennan et Booth sont invités par le docteur Sweets à passer une soirée dans un cours de sculpture, où il sera également présent en compagnie de sa petite amie April.

Un joueur de basketball universitaire est retrouvé mort sous les gradins du terrain. Le malheureux a été écrasé. Brennan et Booth procèdent à l'interrogatoire d'un grand nombre de suspects allant de sa sœur à son entraîneur, en passant par sa petite amie et un joueur moins talentueux, ayant tiré profit de sa disparition. C'est également l'occasion pour Booth de rencontrer un ancien joueur qu'il admire, reconverti en flic chargé de la sécurité du campus.

Une femme est retrouvée morte dans sa voiture, son corps partiellement brûlé. Bien que le véhicule ait quitté la route, le bébé de la victime est retrouvé miraculeusement vivant, non loin de là. Brennan et Booth, chargés de l'enquête, deviennent donc responsables du nourrisson temporairement, tout en recherchant l'assassin dans la petite ville, où vivait la mère.

Toute l'équipe du Jeffersonian est convoquée à la barre lors du procès de Max Keenan pour le meurtre de Kirby, un agent du FBI. Seule Angela refuse de s'y rendre, par amitié pour Brennan et risque de devoir faire face à de lourdes conséquences... Brennan est nommée conseillère scientifique à la défense et s'efforce de prouver l'innocence de son père, ou du moins semer suffisamment le doute dans l'esprit des jurés.

Le cadavre du jeune chanteur Tommy Sour est retrouvé : il a été décapité et tous ses os sont fracturés. Brennan et Booth enquêtent auprès de son voisin et dans le restaurant où il se produisait souvent. Le nombre des suspects est particulièrement important, vu le nombre de candidats à un concours de chant, où ils espéraient tous se faire remarquer par un agent. L'une des fans de Tommy, bouleversée par sa mort, reporte son affection sur l'agent Booth. Celui-ci y prête peu d'attention malgré les avertissements de Sweets.

Le serial killer Gormogon fait de nouveau parler de lui. Le squelette en argent disparaît du coffre du Jeffersonian Institute. Suite à une explosion, Zack se retrouve à l'hôpital. La possibilité que le tueur en série ait un complice commence à voir le jour, tous les employés du Jeffersonian deviennent des suspects potentiels...

Booth accompagne Brennan en Angleterre, où elle doit donner une conférence dans la prestigieuse université d'Oxford. Mais le meurtre d'une héritière américaine va les amener à collaborer avec les autorités locales...

Leurs conférences passées, et l'affaire de l'homicide de l'héritière américaine résolue, Booth et Brennan s'apprêtent à repartir. Mais, Cate Pritchard, l'une de leur homologue leur fait part de la disparition mystérieuse de son équipier, Ian Wexler...

Le corps du présentateur d'un reality-show est retrouvé dans les toilettes préfabriquées d'un chantier. Le premier suspect est un des maris infidèle...

Lorsque Parker découvre un doigt dans un nid, Booth et Brennan enquêtent sur la mort de la victime à laquelle il appartenait. Cela les conduit dans l'univers souterrain des combats de chien.

Des morceaux de corps sont découverts dans une bassin d'évaporation, seule la tête manque à l'appel. Booth et Brennan commencent leur enquête mais cet élément clé leur fait cruellement défaut.

Lorsque l'ascenseur d'un immeuble s'arrête brusquement, une jambe décomposée tombe par un panneau du plafond. Booth et Brennan doivent trouver le coupable d'autant plus que celui-ci semble fumer des joints...

Deux hippies trouvent une moitié de corps dans la mer. Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre mais l'affaire devient très étrange lorsqu'ils découvrent que la victime possède à la fois les caractéristiques d'un homme et d'une femme.

Booth et Brennan suspectent l'assistante d'un artiste dépressif d'être l'auteure du meurtre de son mentor, maquillé en suicide. Durant l'interrogatoire, celle-ci révèle être lesbienne et heureuse de revoir Angela, son premier amour...

Alors qu'un ranger fait une démonstration à des cadets leur apprenant pourquoi il ne faut pas lancement de grenade lacrymogène dans un laboratoire de meth, l'explosion qui en résulte propulse un corps qui n'aurait pas dû s'y trouver...

Booth et Brennan s'envolent pour la Chine aider le gouvernement à identifier des ossements anciens. Mais en cours de vol, un homicide a été commis. Une fois la liaison établie avec l'Institut Jefferson, les coéquipiers enquêtent avec les moyens du bord et doivent résoudre ce crime avant l'atterrissage de l'avion et la perte de leur juridiction...

Max, le père de Brenna, obtient un poste de professeur au Jeffersonian. Quand il se retrouve à aider à la résolution d'une enquête sur un meurtre, Brennan est gênée de la soudaine présence de son père dans sa vie professionnelle.

Booth et Brennan enquêtent dans le monde du cirque, sur la mort de deux sœurs siamoises. Pour les besoins de l'enquête, Seeley montre ses talents de lanceur de couteaux...

Quand un pompier bénévole est retrouvé mort, Booth fait partie des suspects car quelques jours auparavant, il s'est disputé avec lui à la patinoire lors d'un match de hockey sur glace. L'agent Payton Perotta est alors envoyée par le FBI pour superviser l'enquête.

Booth est kidnappé par le Fossoyeur et l'équipe du Jeffersonian doit le trouver et le sauver avant qu'il ne soit trop tard. En attendant, quand une preuve vient à manquer dans l'affaire du Fossoyeur, Brennan et Hodgins sont suspectés de l'avoir prise.

Alors que Booth est hors course à cause de ses problèmes de dos, Brennan fait de nouveau équipe avec l'agent Perotta. L'enquête les mène à une convention de science fiction pour élucider le meurtre d'une jeune femme.

Lors de leur cérémonie de mariage en saut en élastique, un couple découvre un corps. L'enquête mène Brennan et Booth dans un magasin de voitures. Pendant ce temps, l'équipe du Dr Brennan doit se dépêcher de trouver les preuves car le corps se décompose très rapidement en mousse verte.

Une équipe d'entretien des routes a découvert le corps d'une lycéenne dans leur camion. Pendant l'enquête, Brennan et Booth découvre que plusieurs lycéennes enceintes ont créé un groupe pour élever leurs enfants ensemble. Pendant ce temps, l'équipe du Dr Brennan est surprise par l'arrivée d'un nouveau stagiaire et Roxie rompt avec Angela.

Le corps à moitié mangé de l'ex fiancé de Cam est trouvé dans la cage du tigre d'un zoo. Booth et Brennan déterminent que sa mort n'est pas accidentelle. L'équipe reconstitue la dernière soirée de la victime et interroge les suspects.

Booth et Brennan sont sur une affaire d'os humains pulvérisés retrouvés dans un sac poubelle sur les lieux d'une séance photos. Quand l'équipe découvre un morceau de météorite logé dans l'oreille de la victime, cela les mène au Collar Institute of Science, un prestigieux centre de recherche à Washington. Après avoir interrogé les scientifiques de l'institut, ils découvrent que les restes appartiennent au Dr. Diane Sidman, une grande scientifique aussi rédactrice en ched du Journal du Collar Institute, également fiancée au fondateur du Collar Institute. Quand ils découvrent que le Dr. Sidman travaillait sur un projet extrêmement controversé, Brennan et Booth enquêtent sur de multiples menaces de mort dirigées contre elle.

Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'une future mariée dont le corps a été retrouvé compacté dans une usine de recyclage. Au cours de l'investigation, ils croisent la fiancée du docteur Sweets, en plein essayage de robe de mariée et en compagnie d'un autre homme...

Un squelette humain est utilisé comme accessoire de scène par un groupe de death métal norvégien, que les autorités identifient comme un citoyen américain. L'équipe traque les restes jusqu'à un groupe de death métal underground américain et identifie la victime comme le bassiste nommé Mayhem d'un groupe appelé Spew.

Toute l'équipe se rend à l'enterrement d'un employé du Jeffersonian de la section Égyptologie. Mais en observant le corps, Brennan est persuadé que la mort n'est pas accidentelle et arrive à convaincre Booth de l'aider à voler le corps pour qu'elle et Cam puissent l'étudier.

Un ami détective de Booth, Ken Nakamura, l'appelle de Tokyo paniqué quand sa sœur Sachi disparaît à Washington. Booth et Brennan sont sur le coup, et leur enquête les mène à un canal où ils trouvent la tête de Sachi. Leur enquête va les conduire dans le milieux de la prostitution.

Quand le corps d'un jeune appartenant à une fraternité, surnommé Beaver, est trouvé à l'intérieur de l'uniforme de le mascotte d'une école rivale, Brennan et Booth découvrent qu'il préparait une tuerie.

Booth et toute l'équipe s'immergent dans le monde subtil de l’œnologie pour tenter de résoudre le meurtre d'un éminent critique. Parallèlement à cette enquête, Brennan prend la décision de concevoir un enfant ; elle ne cache pas à Booth qu'elle a pensé à lui pour en assurer la paternité biologique...

Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan.

La voyante d’Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l’enquête qui révèle les agissements d’une secte. Cependant, le coma a bouleversé l’agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones.

Le coursier d’un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l’affaire, ne confisque les preuves à l’Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.

Booth et Brennan cherchent la cause du décès d’un adolescent, membre de la communauté Amish. Parti à la découverte du monde moderne, le jeune homme avait un don pour le piano qui aurait pu causer sa perte. Pendant ce temps, Camilla veut aider Michelle, sous sa tutelle, à rester dans le droit chemin.

Le corps d’un voisin est retrouvé dans le four hawaïen autour duquel se réunissent tous les ans les familles d’un quartier chic de banlieue. Pendant que Booth et l’équipe de l’institut Jefferson cherchent le meurtrier, Parker Booth cherche une fiancée pour son père.

Brennan et Booth enquêtent sur un mystérieux cadavre qui se révèle être une momie égyptienne autrefois prêtée à l’Institut Jefferson. Le mystère redouble lorsque le conservateur de l’institut trouve la mort en préparant l’antique défunt pour une exposition. En parallèle, Daisy, l’ex petite amie de Sweets, revient à l’institut et Brennan sort avec un collègue de Booth.

Les restes d’un fermier, gérant d’un élevage de poulets élevés en batterie, sont retrouvés dans le lit d’une rivière. L’homme était sur le point d’hériter de l’entreprise et comptait de nombreux ennemis. Pendant ce temps, Angela fête ses six mois de célibat d’une façon étonnante.

Seeley doit repasser son examen quant à la maîtrise de son armes à feu. Mais à la salle, ses résultats sont calamiteux. Il pense pouvoir discuter avec Sweets mais celui-ci est avant tout le psy du FBI. Il est dont obligé de supplier Gordon Gordon Wyatt de l'aider à régler son problème. Ce dernier accepte et consulte Sweets pour avoir un peu plus de détails sur la situation. Du côté du Jeffersonian, l'équipe enquête sur le meurtre d'un nain qui a été découvert lorsqu'un pan d'une rue s'est effondré. Les os du nain sont tout vert et tout le monde pense à un Leprechaun. Ils découvrent rapidement que la victime était un catcheur professionnel.

Lors d'une visite pour une maison qu'elle veut vendre, l'agent immobilier et ses clients découvrent un corps en cendre dans le lit de la chambre principale. Seeley accueille son grand-père à la maison ; ce dernier ayant été expulsé de sa maison de repos. Il accompagne Temperance et Seeley dans leur enquête. Lorsqu'ils découvrent l'identité de la victime, ils se rendent compte qu'il y a trop de cendres pour un seul corps. Ils doivent alors identifier la seconde victime et le meurtrier.

Un corps est découvert dans une benne à huile par le personnel en charge de récupérer la vieille huile. La peau est encore sur les os et Temperance normalement ne s'en occupe pas mais dès que les agents de la police scientifique le déplace, toute la peau et les entrailles se détachent. C'est donc une affaire pour elle.

Sans identité, Temperance certifie que le corps appartient à un postier. Ils découvrent rapidement que le postier était le champion d'un jeu vidéo et que celui qu'il a détrôné a juré sa mort. Cependant, ils doivent aussi voir pourquoi un homme a porté plainte contre lui. Ils découvrent alors que le garçon, autiste, joue au même jeu. Quant à Hodgins, Fisher et Sweets, ils font la queue pour l'avant-première d'Avatar en 3D. Sweets rencontre une jeune femme qui semble plus intéressée par son corps que par faire la queue. Ils se relaient à tour de rôle tout en cachant à Camille qu'ils quittent leur poste.

Le père de Temperance l'implore de rester pour Noël et de faire un dîner avec sa cousine au deuxième degré. Une cousine qu'elle ne connaît pas. Elle ne promet rien mais accepte de rencontrer Margaret. La première rencontre se passe vraiment mal et Temperance refuse de faire le dîner. Alors que Seeley reprend le volant, il entend qu'un braquage armé est entrain d'avoir lieu dans une banque. Il est à à peine une minute de l'adresse et s'y rend. Il tient le braqueur en joue et lui demande de lâcher le butin mais le braqueur explose quelques secondes après, blessant deux passants et le souffle de l'explosion pousse Seeley contre sa voiture. Ce dernier a des fragments de chairs sur lui au même titre qu'une passante ; ils sont pris en charge par le Jeffersonian. Temperance s'occupe de prendre les preuves sur lui et doit le déshabiller. Hodgins découvre que la bombe a été déclenchée par la fréquence d'une émission de radio. Seeley et Temperance se rendent chez le suspect pour l'arrêter mais il est évident qu'il n'y est pour rien même c'est bien sa transmission qui a causé l'explosion.

Temperance et Seeley se rendent au Nouveau Mexique où un corps déshydraté a été découvert par un chasseur d'extra-terrestres. Temperance confirme qu'il s'agit du corps d'un être humain pour éviter une ruée de tous les fous dans la ville.

Le shérif de la ville insiste pour que le corps reste sur place, ce qui force Temperance à effectuer toute l'autopsie avec l'aide du reste de l'équipe resté à Washington. Du côté d'Angela et Wendell, ce dernier veut révéler à Hodgins qu'ils ont une relation après que Camille leur ait fait savoir qu'elle n'était pas dupe. Contre toute attente, Hodgins réagit vraiment bien jusqu'au point de le leur prouver en déjeunant tous les 3 ensemble. Angela ne semble vraiment pas chaude. Sweets pense que rien ne va mais les 3 disent le contraire.

Alors que Booth vient de quitter le Jeffersonian, des hommes en noir mettent en quarantaine l'équipe et les informent qu'ils ont 24 heures pour découvrir la cause de la mort du corps qu'ils ont amené. Ils sont aussi informés que l'identité du mort n'est pas primordiale et de ne pas la rechercher. Camille Soroyan veut que cet examen se fasse rapidement pour qu'elle puisse voir Michelle pour lui parler de sa grosses. Elle a découvert un test positif juste après que cette dernière lui ai rendu visite et Temperance et Angela nient être enceinte.

Booth et Brennan se rendent sur un site historique de la Guerre Civile où un squelette a été trouvé. Brennan indique que les os appartiennent à un dentiste de l’époque, reste la cause du décès à déterminer. De retour d’Inde, Jared présente sa fiancée, Padme, à Booth.

L’Institut Jefferson examine le corps d’un jeune homme ressemblant étrangement à celui du diable décrit dans les textes bibliques. Après identification de la victime, patient d’un hôpital psychiatrique, Booth découvre une longue liste de suspects.

Après un séisme, l’eau des canalisations envahit le métro et charrie le corps d’un homme décédé il y a une semaine. Pendant que Booth mène son enquête, Sweets, présent lors de la catastrophe, souffre d’un stress post-traumatique. De son côté, Brennan savoure le succès de son second livre.

À la demande du docteur Sweets, Booth et Brennan relatent leur rencontre. Ils évoquent également leur première enquête et leurs relations avec l’équipe de l’Institut Jefferson.

La légende du boucher de Burtonsville est ravivée lorsque la dépouille d’une camarade de lycée de Brennan est retrouvée dans la forêt. Pour mener leur enquête, Booth et Brennan se font passer pour un couple venu spécialement au rassemblement des anciens élèves de l’école.

Un squelette est repêché dans un aquarium peuplé de requins et ouvert au public. L’identification mène à un homme porté disparu, auteur d’un livre sur le pouvoir de l’océan et devenu une sorte de gourou depuis sa guérison miraculeuse en mer. Durant l’enquête, Booth et Brennan évoquent chacun leur rendez-vous galant.

Après avoir identifié le corps d’un homme retrouvé dans la machine à laver d’un grand hôtel, Booth et Brennan se rendent au dernier endroit fréquenté par la victime : un stage de rêve pour fans de rock, où les stars jouent sur scène avec leurs groupies amateurs. Durant l’enquête, Camilla est invitée à sortir par le médecin de Michelle.

Les corps de deux femmes sont exhumés parmi les débris d’une maison calcinée. L’une fut brûlée pour sorcellerie à Salem au XVIIe siècle tandis que l’autre, assassinée récemment, prétendait être une sorcière. Tandis que Booth et Brennan enquêtent dans l’univers magique de la Wicca, Angela et Hodgins se retrouvent en prison après un contrôle routier.

Le procès du fossoyeur - la kidnappeuse d’enfants qui avait aussi enlevé Hodgins, l’agent Booth et le docteur Brennan, s’engage mal. L’équipe de l’Institut Jefferson doit reprendre tout le dossier afin d’apporter une preuve tangible pour inculper la coupable. À l’issue de cette affaire éprouvante, Angela et Hodgins annoncent qu’ils se sont mariés.

L’équipe de l’Institut Jefferson doit élucider le décès d’un homme à son domicile, un agoraphobe devenu un collectionneur compulsif. Pendant ce temps, le père d’Angela demande un service très particulier à Hodgins. Enfin, avec les opportunités professionnelles qui s’offrent à eux, Booth et Brennan sont contraints de remettre en cause leur collaboration.

Sept mois après avoir quitté les États-Unis, le docteur Brennan et l’agent Booth se retrouvent à Washington à la demande de Caroline. La réputation et la carrière du docteur Camille Saroyan sont en jeu. L’équipe de l’Institut Jefferson, partie aux quatre coins du monde, se reconstitue alors pour identifier le corps d’un enfant dont la disparition fait polémique. Mais rien n’est plus vraiment comme avant : Angela et Hodgins attendent un enfant, Sweets et Daisy sont émus de se revoir et Booth avoue à Brennan avoir fait la rencontre d’une journaliste sur le front afghan.

Les restes d’un couple sont retrouvés dans une grotte située dans un parc national. Une fois les victimes identifiées par l’équipe du docteur Brennan, Booth dispose de très peu de suspects à interroger. Durant l’enquête, l’agent reçoit la visite surprise de sa petite amie Hannah, qui a demandé son affectation à Washington. L’arrivée de la journaliste laisse Brennan incertaine quant à ses relations avec Booth.

Le corps sans vie d’un jeune homme de 23 ans a été retrouvé sur une plage du New Jersey, près d’une boîte de nuit. Contrairement à l’agent Booth, Brennan est à l’aise dans l’univers très looké des guidos auquel appartenait la victime et au sein duquel ils mènent l’enquête. Pendant ce temps, Booth propose à Hannah d’emménager avec lui et Angela tente de garder secret l’heureux événement qu’elle attend.

Un crâne et deux mains sont retrouvés dans une poubelle. Pour cette enquête, Bones se voit contrainte de prendre comme assistant, un animateur télé d'émission scientifique pour la jeunesse, qui veut l'inviter dans son show.

Un morceau de crâne est retrouvé dans une dalle de béton, mais il semblerait que le reste du squelette ait disparu. L'équipe de l'institut Jefferson découvre qu'il s'agit d'un danseur classique reconverti dans le hip-hop de rue.

Le navire négrier Amalia rose a été retrouvé, et l'équipe du Jeffersionian est chargée d'identifier les restes. Mais parmi les corps, un squelette d'un jeune homme mort depuis seulement un mois est identifié, recouvert d'un duvet long et rose.

Lors de l'homologation de la plus grande tablette de chocolat du monde, un corps est retrouvé dedans. Pendant ce temps, Hodgins veut annoncer officiellement la grossesse d'Angela alors que tous sont au courant, et Camille s'inquiète de voir partir Michelle à l'université.

Une affaire s'annonce étrange pour Bones : un squelette est retrouvé dans un pick-up qui a explosé et les os auraient fondu, une impossibilité pour l'anthropologue. Il identifie néanmoins la victime, ce qui les mène vers un ferrailleur et un lycée où des jeunes rebelles se distinguent. Sweets se charge de leur interrogatoire.

Alors que Bones organise un dîner chez elle avec Booth, Hannah, Angela et Hodgins, ils sont appelés pour une affaire : une femme chirurgien dont le squelette est retrouvé entre les racines d'un arbre. Mais au fur et à mesure qu'elle se découvre des points communs avec la victime, Bones va de plus en plus s'identifier à elle.

Un corps est retrouvé en décomposition sous l'eau de la douche d'un appartement. La propriétaire est une jeune fille riche superficielle, qui a disparu depuis plusieurs jours. L'atmosphère devient un peu tendue depuis les confessions du Dr Brennan à Booth, mais l'enquête doit être menée.

Le procès de Heather Taffet, le Fossoyeur, va avoir lieu. Booth, Sweets et le procureur Caroline Julian sont présents quand la tueuse en série est abattue d'une balle qui lui explose la tête. Cette mort et ses circonstances vont toucher beaucoup de personnes.

Le corps d'un fermier est retrouvé dans un champ de maïs. Bones et Booth découvrent qu'il avait épousé trois sœurs, soit autant de suspectes. Parallèlement à cette affaire, Camille a du mal à concilier vie professionnelle et vie privée, son petit ami étant lui aussi débordé.

Le corps d'un homme est retrouvé sur le toit d'un bâtiment de la Navy, recouvert d'une moisissure jaune. Un examen plus poussé montre qu'il a subi une multitude de fractures. Pendant ce temps, Sweets et Booth envisagent le mariage avec leurs compagnes.

Le corps d'une organisatrice de mariage est retrouvée dans sa cabine de bronzage. Quand le Dr Brennan montre qu'il s'agit d'un meurtre, Camille ordonne à son équipe de résoudre l'affaire dans la journée, afin qu'elle puisse célébrer la fête de la Saint-Valentin.

Le corps d'un homme est retrouvé dans une chaufferie et Booth reconnait vite le mode opératoire : c'est Jacob Broadsky qui l'a tué. Bones et lui comprennent rapidement qu'il y a plusieurs cibles potentielles. Booth en fait une affaire personnelle.

Le blizzard se lève sur Washington et une affaire urgente s'annonce pour l'équipe du Jeffersonian. Mais une panne d'électricité plonge la ville dans le noir, forçant Hodgins, Angela, Wendell et Camille à travailler dans le noir d'un côté, Bones et Booth coincé dans un ascenseur avec Sweets pour seule aide. Booth et Brennan vont en profiter pour faire le point sur leur relation.

Plusieurs pieds en décomposition sont retrouvés à la frontière entre les États-Unis et le Canada, ce qui force Bones à collaborer avec un podologue dont elle a récemment méprisé le travail, pour enquêter dans une ferme des corps. Camille voit que l'avenir qu'elle envisage pour Michelle prend une nouvelle tournure.

Le corps d'un présentateur de télévision connu pour détruire les mythes et légendes, est retrouvé dans une forêt. Quand les premières preuves mènent à penser que la bête qui a dévoré son cœur serait un chupacabra, l'incrédulité de Bones rencontre l'esprit ouvert de Booth et Hodgins.

Le corps d'un gardien de musée est retrouvé dévoré dans les Everglades. Lors de sa disparition, il avait dérobé une carte qui a disparu depuis. Booth ne voit qu'une seule personne pour la retrouver : Walter Sherman, un fantasque qui peut retrouver n'importe quoi.

Le corps d'un publicitaire qui s'est orienté vers l'honnêteté radicale est découvert ; sa philosophie amène certaines personnes de l'institut Jefferson à faire de même, comme Angela et Hodgins, qui ont un sujet qu'ils ont du mal à aborder.

Une jeune fille sourde et muette est retrouvée errante et couverte de sang. Totalement paniquée et incapable de communiquer, le procureur Julian demande à l'équipe du Dr Brennan de reconstituer l'histoire de la victime, qui s'avère sordide.

L'équipe de l'institut Jefferson est rappelée sur l'affaire Broadsky alors que tous vaquent à leurs études, mais quand le sniper tue l'un d'entre eux, ils sont résolus à le capturer.

Alors que le laboratoire est sur le qui-vive pour l'accouchement d'Angela, Bones et Booth doivent infiltrer un tournoi de bowling avec Max Keenan pour démasquer le tueur d'un joueur très peu apprécié. À la fin de cet épisode Bones informe Booth qu'elle est enceinte de lui…

Le corps d'une jeune femme qui s'avère amnésique est retrouvé enterré dans un terrain de paintball. Pendant ce temps, Booth et Brennan, apprennent à vivre ensemble.

L'équipe identifie les restes d'une "championne de mangeurs" qui devait participer à une compétition avec comme premier prix, 10,000 $ . Pendant ce temps, Camille essaye de s'habituer au passé de délinquant du nouvel interne, et Booth et Brennan essaye chacun de se mettre à la place de l'autre.

Les restes d'une femme travaillant dans une compagnie de jouets sont retrouvés. Pendant ce temps, Sweets passe, avec l'aide de Daisy et malgré l'opposition de Booth, son certificat pour pouvoir avoir une arme. Et Brennan se demande si pour être une bonne mère, elle devra jouer avec son futur enfant.

Un corps démembré est retrouvé dans plusieurs boîte aux lettres dans un entrepôt désafecté de la poste. Après avoir découvert l'identité de la victime, l'équipe se retrouve dans un trio amoureux compliqué. En parallèle, Hank, le grand-père de Booth des nouvelles inattendues.

L'équipe découvre les restes d'un homme qui semble avoir péri après une tornade. Pendant ce temps, Billy Gibbons, vient faire une visite à sa fille, Angela, et à son petit-fils, et Booth devient surprotecteur envers Brennan.

Une message crypté est découvert dans du sang humain dans un musée. L'équipe cherche à décoder ce message ce qui les emmène vers un suspect, génie d'informatique. Pendant ce temps, Booth et Brennan cherche la maison parfaite pour leur nouvelle famille.

Bones et Booth se disputent au sujet de l'accouchement de celle-ci, lui préférant qu'il ait lieu dans un hôpital alors qu'elle souhaite le faire chez elle.

En parallèle, les restes d'un prisonnier, présumé évadé depuis un mois, remontent dans les canalisations d'une maison. Bones souhaite s'impliquer dans l'affaire alors que tous lui rappellent qu'elle est presque à terme et peut accoucher à tout moment.

Le corps d'une femme est retrouvée sur une route en plusieurs morceaux par une famille qui part en camping. Il semble qu'elle ait été traînée sur plusieurs kilomètres. C'est la première affaire de Bones, après son congé maternité et doit donc s'accommoder de laisser son nouveau-né loin d'elle.

Un corps est retrouvé dans une décharge, rongé par les animaux des environs mais ceux-ci meurent intoxiqués par la substance bleue qui recouvrait le corps. La victime était un coiffeur en vogue qui avait de nombreuses aventures avec ses clientes. Bones et Booth ont quelques problèmes de communication, et Sweets a une idée pour régler le problème.

Booth et Brennan enquêtent sur l'assassinat d'un père de famille complexé depuis son enfance par sa petite taille. Après avoir interrogé le fils de la victime, Booth et Brennan vont enquêter du côté de son professeur de karaté.

Quand un cadavre est trouvé au milieu des bois, l'équipe relie la victime à deux familles qui ont été ennemies pendant presque un siècle. Brennan et Booth interrogent un membre de la famille avec une confession choquante qui les conduit à un motif pour assassiner la victime. Pendant ce temps, Brennan a du mal à accepter que son père offre ses services pour garder leur petite fille en raison de sa présence invisible dans sa propre enfance.

Bones et Booth partent pour Los Angeles assister au tournage du film adapté d'un des romans de l'anthropologue, qui se montre très déçue des libertés prises avec le réalisme et son ouvrage. La simple visite devient une nouvelle affaire quand un corps est retrouvé dans les accessoires.

Un ancien ami de Brennan, Dr Sawyer, mathématicien brillant devenu patient en psychiatrie est retrouvé mort en forêt, le corps dévoré par des loups. Booth suspecte Pelant, le spécialiste de l'informatique qui au même moment tente de négocier sa libération, et celui-ci fait en sorte que toutes les preuves de ce nouveaux meurtre accuse Bones. Booth, Brennan, Sweets et Caroline sont l'un après l'autre écartés de l'affaire.

Après trois mois de fuite, Bones se languit de sa famille. Booth cherche toujours à coincer Pelant, sans succès. Un jour, l'équipe de l'institut Jefferson, dirigée maintenant par Clark Edison, reçoit un tuyau anonyme vers un squelette déterré de façon professionnelle. Pour eux, seul Brennan pouvait agir ainsi, d'autant que le corps serait celui de la première victime de Pelant.

Bones et Booth ont leur première affaire en commun depuis la fin de la cavale de Bones : un avocat spécialisé dans les divorces de personnes riches a été retrouvé brûlé dans un tonneau. Le couple réuni a du mal à retrouver ses repères, et l'équipe de l'institut Jefferson la ressent.

L'institut Jefferson enquête sur un meurtre après une explosion dans un garage. Booth étant chargé de défendre le budget de son service, Sweets se voit confier une nouvelle partenaire avec qui au début les relations seront dures, d'autant que l'affaire est pleine de rebondissements : la victime identifiée est vivante.

Le pneu d'une voiture embourbée déterre le corps d'un sans-abri aux blessures nombreuses et incohérentes, vu pour la dernière fois sur le site d'une exposition animalière. Bones a une nouvelle lubie : devenir Présidente des États-Unis. Daisy et Sweets envisagent d'emménager ensemble.

Le corps d'une vendeuse de compote artisanale est retrouvé éviscéré et lacéré dans les poubelles. Booth et Bones plongent donc dans la communauté de quartier. Sweets a du mal à accepter sa rupture, et Booth l'invite pour un temps chez lui.

Brennan et Booth regardent un match de Basketball, ce qui donne des idées de coaching à Brennan. Elle décide de faire travailler tous ses internes sur les ossements non identifiés, ceux-ci prennent cela comme une compétition avant de tous se pencher sur un cas particulier, un sans domicile fixe mort 10 jours après les attentats du 11 septembre. Cette affaire leur rappelle les mauvais souvenirs de cette journée.

Un corps est retrouvé sur la jetée enfermé dans une coque parfaitement scellée sans ouverture. Brennan identifie le corps comme étant celui d'un nettoyeur de scènes de crimes, ce qui rend la tâche de trouver des preuves très ardue. Au laboratoire, tous vont découvrir les différents talents cachés d'Arastoo.

Le corps d'un comédien de stand-up est retrouvé dans des circonstances particulières : un artiste de rue lui est tombé dessus et est resté collé. L'entourage de la victime croit d'abord à une mauvaise blague. Angela reconnait l'artiste de rue comme une légende vivante de l'art de rue qu'elle admire énormément.

Le corps d'un adolescent est retrouvé dans une serre, entourée de guêpes. La médium Avalon affirme que la victime a encore des choses à dire et à faire, et cette annonce remue les membres de l'institut Jefferson, qui parlent à la victime.

Le squelette d'une danseuse est retrouvée par un présentateur d'une émission sur le paranormal. Les os sont sertis de cristaux de différentes couleurs, ce qui rend l'étude difficile, mais des indices suggèrent une agression sexuelle. La victime devait participer à une émission de danse et Sweets suggère que Bones et Booth y participent. Pendant ce temps, Angela s'interroge sur son avenir d'artiste au sein de l'équipe.

Le corps d'un archéologue est découvert dans un cocon géant perché dans les arbres. Les indices montrent qu'il est mort poignardé et son meurtre maquillé en accident. Mais avant sa mort, il aurait une découverte d'importance historique en République tchétchène, à laquelle Bones s'intéresse grandement.

Hodgins et Angela se réveillent d'un sommeil lourd et découvrent un corps écorché au-dessus de leur lit et des pétales de fleurs autour du lit de leur enfant. Pour tous, il est évident que Pelant est revenu les harceler, et cette fois-ci, il utilise les ressources d'une agence de mercenaires.

Un corps est retrouvé enterré en forêt, et en creusant, l'équipe de l'Institut Jefferson découvre un second corps. Bones et Booth vont alors enquêter dans un groupe de soutien aux personnes mourantes et s'interroger sur leurs propres enterrements. Cette affaire marque également le retour de Daisy, ce qui perturbe Sweets.

Le corps d'une femme est retrouvé démembré dans un immeuble abandonné. Les blessures suggèrent une femme battue mais elle appartenait à une équipe de roller derby. Booth se montre très secret et Angela et Camille s'inquiètent de le voir passer autant de temps à l'hôpital.

Après une dispute sur leur vie de famille, Brennan retourne travailler sur un corps quand un inconnu surgit et lui tire dessus. Booth va tout faire pour retrouver le coupable alors que la scientifique va vivre une expérience forte : elle va revoir sa mère dans ses hallucinations.

Le corps d'un adolescent introverti et génie de l'informatique est retrouvé compressé dans une valise. L'enquête de Bones et Booth révèle que son sort s'est joué lors d'une grande fête. Sweets va prendre à cœur une autre victime de cette soirée, victime de viol.

Le corps d'un jeune hispanique féru de physique théorique est retrouvé dans un champ. Le docteur Brennan rencontre le nouvel assistant intérimaire pour cette affaire, un homme enthousiaste qui cumule les diplômes par ennui.

Un corps est retrouvé dans un baril, piégé dans du savon figé. La victime était un ancien enfant soldat de Sierra Leone, réfugié aux États-Unis et rattrapé par son passé lors d'une exposition photo.

Le corps d'une ancienne militaire est retrouvé carbonisée dans son appartement. Elle faisait partie d'un groupe de fatalistes préparée à l'apocalypse, d'où de nombreuses blessures que Hodgins va essayer de reproduire systématiquement. Pendant ce temps, Sweets prépare son déménagement.

Le corps d'un homme en décomposition est retrouvé avec une poche de diamants dans l'estomac. L'affaire sera suivie par un documentariste qui filmera l'équipe du Dr Brennan, ce qui la rend mal à l'aise.

Les restes d'une femme sont retrouvés dans un bâtiment abandonné sous un terreau qui commençait à donner des champignons. La victime travaillait pour une émission de télévision faisant des procès à sensation. Hodgins découvre grâce à Finn un moyen de regagner de l'argent.

L'équipe enquête sur la mort d'un strip-teaser retrouvé dans un bâtiment en démolition. De son côté, Booth retrouve sa mère après 24 ans d'absence, mais leurs retrouvailles ne sont pas aussi joyeuses qu'il l’espérait.

L'équipe de Bones reçoit le corps d'une blogueuse retrouvée dans des déchets toxiques. Ils sont secondés du CDC, qui enquêtent sur les dangers toxiques. Ils découvrent que la blogueuse a été tué par le virus mutant du chikungunya, toujours présent dans les os de la victime. Arastoo contracte la maladie et le Jefferson doit vite résoudre ce meurtre pour le sauver.

Le corps d'un agent du FBI est retrouvé abattu et dévoré par la faune d'une forêt. Sweets fait le lien avec un de ses papiers et comprend vite qu'il s'agit d'un nouveau plan de Christopher Pelant, qui vise des points beaucoup plus personnels.

Booth est tourmenté par le chantage de Pelant. Celui-ci lui a en effet imposé de renoncer à son mariage avec Bones, lui interdisant d'évoquer les raisons de cette annulation avec la jeune femme. Si le policier n'obéit pas, le tueur exécutera cinq personnes innocentes. Ne sachant que faire, Booth cherche conseil auprès d'un ami, un ancien prêtre. De son côté, Bones se sent malheureuse et blessée. Elle est soutenue par toute l'équipe de l'institut. Le couple doit faire abstraction de ses sentiments réciproques lorsqu'il est amené à enquêter sur le meurtre d'un comptable du département d’État. L'homme a été retrouvé broyé dans le système d'air conditionné d'un hôtel...

Un lynx est capturé alors qu'il était en train de dévorer un cadavre. L'enquête permet d'établir que le défunt a été tué dans une réserve indienne où sont régulièrement organisées des thérapies de couple. L'homme avait participé à une de ces séances, avec une femme qui n'était pas son épouse. Booth et Brennan intègrent une session sous couverture. De son côté, Camille est victime d'une usurpation d'identité. Sweets, qui a l'impression de perdre la main, décide de prendre quelques jours de repos...

Le corps d'un homme est trouvé dans une voiture brûlée. Tout porte à croire qu'il a d'abord été décapité. Grâce à la plaque d'immatriculation, Booth entre en contact avec le propriétaire du véhicule qui prétend qu'on lui a volé. Le meurtre pourrait être lié à une affaire de drogue qui aurait mal tourné. Devant la complexité de l'enquête, Booth décide de rappeler Sweets qui s'est mis en disponibilité.

Pelant est de retour. L'équipe de l'Institut Jefferson veut mettre un terme à ses agissements une bonne fois pour toutes. Avec l'aide de l'agent Hayes Flynn, le petit groupe de scientifiques élabore une scène de crime, d'après un tableau de Salvator Rosa, le supplice de Prométhée, dans le plus pur style de Pelant, pour faire croire à un nouvelle oeuvre du criminel. Elle espère ainsi débusquer le tueur en série en bafouant son honneur. Lorsque l'agent Flynn est découvert à la place du cadavre, l'équipe comprend que Pelant l'a de nouveau doublée. Sweets, de retour de vacances, soupçonne l'appât de trahison...

Un corps en état de décomposition est découvert suspendu à une corde, le long d'une paroi rocheuse. Ses organes ont été partiellement dévorés par des rapaces, ce qui complique son identification. Les scientifiques déduisent néanmoins que la victime était un cinquantenaire atteint d'un cancer en phase terminale. Alertée, son épouse révèle à Booth et à Sweets qu'il ne se soignait qu'avec l'homéopathie.

Booth et Brennan répètent leur mariage quand un corps est découvert sur le campus de l'université Adams. Afin de ne pas perturber les préparatifs, l'équipe du Jeffersonian se charge de résoudre l'affaire seule.

Brennan et Booth sont en lune de miel à Buenos Aires et le policier espère en profiter mais l'anthropologue parvient à s'imposer sur l'affaire d'un ancien nazi donc les restes ont été retrouvés calcinés. Booth a des doutes mais découvre que son personnage dans les romans de Brennan est très populaire.

Les os d'un homme sont retrouvés dans un barrage naturel construit par des castors. La victime était un mannequin qui gagnait sa vie en vendant son sperme. Brennan est éloignée de l'affaire par une rivalité avec une autre auteure de romans policiers, dont elle a critiqué les livres.

Alors que Brennan est jurée pour le procès d'une star du football accusée d'avoir tué sa femme, son équipe s'occupe d'un corps qu'elle identifie vite comme le témoin-clé de l'affaire que juge Brennan. Le respect des règles leur impose alors de taire l'information le temps du procès, quitte à libérer un potentiel coupable.

Le corps d'un scientifique spécialisé dans la conception de nourriture industrielle est retrouvé dans un ragoût servi dans une cantine, l'occasion pour l'équipe de découvrir les secrets de fabrication. Angela veut organiser un enterrement de vie de jeune fille pour Brennan mais craint de se faire mal voir de Booth, avec qui elle est toujours en froid.

Le corps d'une gymnaste de 16 ans est retrouvé dans un terrain vague foudroyé après une négligence des personnes qui l'ont retrouvé. Brennan prend la défense du père de la victime, premier suspect, un mathématicien tellement absorbé par ses recherches qu'il en négligeait sa fille. En parallèle, Booth prend en charge l'affaire d'usurpation d'identité de Camille.

Perturbée par les dernières paroles de Pelant et de sa théorie de la Tueuse Fantôme, Bones reçoit une affaire sur son perron : les restes d'une navigatrice ont été déterrés et laissés devant chez elle. Elle découvre vite que la victime a été assassinée et qu'on a couvert le crime, et pense aussitôt à la Tueuse Fantôme, une théorie qui laisse sceptique tout le laboratoire.

L'équipe du Jefferson enquête sur la mort de Colin Haynes, un chanteur de country dont le corps a été retrouvé dans un jardin, enterré sommairement. L'homme ne se produisait que dans un bar, mais cette médiocrité n'est qu'apparente. En remontant jusqu'à une maison de disques, Brennan et ses collègues découvrent que Haynes était une vedette aux Philippines. Wendell Bray, l'un des collaborateurs de Brennan, s'est blessé au bras pendant un match de hockey. Alors qu'elle examine cette blessure, elle fait une triste découverte...

Un corps a été retrouvé dans les auges d'une porcherie. Le Jeffersionian identifie les restes comme ceux d'un maître d'échecs égocentrique. Pendant ce temps, le Dr Saroyan apprend qu'elle va être récompensée par un magazine scientifique, ce qui la surprend mais surtout lui fait douter de la réaction de Brennan.

Le corps d'une jeune femme a été retrouvé enterré et il semble qu'elle ait été la victime d'un enlèvement qui a mal tourné. Hodgins n'arrive pas à se consacrer à l'affaire car il apprend un secret de famille vieux de 30 ans. Booth est mal à l'aise depuis qu'il a découvert un gros chèque de la maison d'édition de Brennan.

Le corps d'une afghane expatriée aux États-Unis pour avoir lutté contre le terrorisme est retrouvé dans un étang. Son contact était Danny Beck, l'ami de Booth qui en vient à suspecter que le terroriste qu'il croyait avoir tué aurait survécu. Brennan veut s'impliquer dans l'affaire et aller plus sur le terrain, mais elle trouve que les tarifs de son assurance-vie sont trop chers.

Un ex-détenu devenu agent de saisie est retrouvé dans une fosse septique en Virginie. Pour cette enquête, le Dr Brennan se voit assister d'un nouvel interne prestigieux : un docteur en anthropologie cubain très séducteur qui cherche à prospérer aux États-Unis. Booth et Brennan se posent la question d'élever leur fille dans la religion catholique.

Le corps d'un acteur de show télévisé pour enfants est retrouvé dans un plant de kudzu qui détruit les restes. En l'absence de stagiaires, c'est Clark qui assiste l'équipe, mais il est trop excité à l'idée que son premier roman va être édité. Booth veut offrir à Christine une fête d'anniversaire, chose que Brennan n'a jamais eue.

Lors des funérailles d'un milliardaire, Brennan et Booth ont la surprise de voir arriver le défunt à la cérémonie. L'équipe du Jeffersonian a donc la tâche d'identifier la victime à partir des quelques restes du corps incinéré et de trouver la cause de la mort.

Les restes d'une femme souffrant de lupus sont retrouvées coincées dans une souche d'arbre de Great Falls Park. La victime travaillait dans un magasin fournissant du cannabis à usage médical et pourrait avoir été victime d'un usager mécontent. Wendell revient au Jeffersionian et l'affaire le touche de près, malade d'un cancer et lui aussi usager de cannabis pour supporter son traitement.

Un corps est retrouvé dans un marais et l'équipe du Jeffersonian est perplexe car les preuves indiquent trois périodes possibles pour la mort. Il s'avère que la victime est une femme très impliquée dans les techniques de cryogénie. Booth a du mal à s'impliquer dans l'affaire, débordé par ses supérieurs qui lui demandent de revenir sur de vieux dossiers, indiquant selon Sweets qu'ils pourraient envisager une promotion.

Un corps est retrouvé en forêt et les premières preuves semblent accuser le Tueur Fantôme que Brennan traque depuis des mois. La résolution de l'affaire, qui implique à nouveau les McNamara, pourrait valoir à Booth la promotion qu'on lui promet.

Le corps d'un coach de natation est retrouvé au fond d'un puits. Booth étant trop occupé par ses entretiens à venir, il confie l'affaire à Sweets, qui se retrouve sur le terrain responsable de l'équipe alors qu'elle accueille une nouvelle interne.

Booth est amené à l'hôpital, blessé par balle grièvement. Deux jours plus tôt, il devait rencontrer un homme qui affirmait que l'affaire du Tueur fantôme cachait un vaste complot au sein du FBI touchant des hommes influents. Mais l'homme est retrouvé mort et l'équipe du Jeffersonian va devoir résoudre l'affaire, mais également retrouver les preuves.

Après trois mois que Booth a dû passer en prison, l'équipe de Brennan parvient à obtenir l'exhumation du corps d'un acteur clé de la conspiration au sein du FBI ; ils sont convaincus que l'homme a été assassiné parce qu'il prévoyait de tout révéler. À peine libéré, Booth reprend l'enquête, décidé à se venger.

Les restes de Sweets permettent de retrouver son assassin, qui est mort également. Grâce à lui, les dernières pièces du puzzle de la conspiration se mettent en place.

L'animateur d'une émission de radio, connu pour ses propos radicalement conservateurs, est retrouvé mort sous un pont, et les indices sont contradictoires. L'agent Aubrey se montre très insistant pour collaborer avec Booth mais celui-ci n'est pas encore prêt à remplacer Sweets...

Booth et Brennan enquêtent sur la mort d'un jeune créateur de jeux vidéo. Pour les aider, l'Institut Jefferson accueille Jessica Warren, une nouvelle interne issue d'une coopérative éducative, ce qui ne manque pas de troubler Brennan, à la recherche du meilleur système scolaire pour sa fille Christine. Pendant ce temps, Booth et l'agent Aubrey assistent à la création des scènes de combats d'un jeu vidéo pour tenter d'identifier le meurtrier...

Invitée d'honneur à un congrès de sciences médico-légales, Bones est interrompue en plein discours lorsqu'un cadavre en feu est découvert dans un local. L'enquête est menée sur place par les membres de l'institut Jefferson, et tous les participants font figure de suspects, y compris Hodgins à qui la victime avait volé son invention à l'université…

L'enquête sur la découverte d'un corps conduit Booth et Temperance jusqu'à un trafic d'êtres humains. D'origine chinoise, la victime était venue retrouver l'homme qu'elle aimait et travaillait comme employée de maison aux côtés d'autres femmes maltraitées par l'homme possédant l'agence de placement…

Le corps d'un trader est retrouvé coincé sous le tourniquet d'une aire de jeu. Brillant élément, la victime venait pourtant de faire perdre quelques 8 millions de dollars à sa société et ses collaborateurs. Par ailleurs, Bones et Booth doivent s'entendre sur l'éducation de leur fille après qu'elle a prononcé son premier gros mot…

L'institut Jefferson et le FBI enquêtent sur la mort du « seigneur des mots croisés », dont les os ont été endommagés par de l'acide. Par ailleurs, Bones, Angela et Camille tentent de sortir Daisy de l'influence qu'exerce sur elle une doula à la veille de son accouchement…

Le corps d'un professeur de psychologie, disséminé dans plusieurs endroits de l'État, donne du fil à retordre à Bones. L'homme menait des recherches sur l'obéissance aveugle avec des expérimentations plutôt controversées. Pendant que Booth reste au FBI pour réviser le code de la route, Wendell engage une relation avec une infirmière après la fin de son traitement.

Dans les années 50, la sténographe Temperance Brennan travaille au sein de la police de Los Angeles. Malgré la mise à pied de son père, le chef de la police, pour avoir désobéi à ses ordres, l'inspectrice tenace va faire alliance avec un cambrioleur de haut-vol, Seeley Booth, pour le disculper du meurtre d'une femme riche dont les os ont été retrouvés dans son coffre-fort.

Le corps d'une jeune femme est retrouvé dans un tronc d'arbre. Fille de pasteur et homosexuelle, la victime était également médium. Avalon Harmonia vient apporter son expertise discrète, et affirme par ailleurs être en contact avec Sweet, qui aurait célébré ses 30 ans…

Une jeune assistante d'éducation est retrouvée morte dans une librairie abandonnée. Très impliquée dans son travail, la victime aidait des enfants défavorisés mais Caroline tient à ce que l'enquête ne ternisse pas davantage l'image de ces quartiers difficiles. Encouragée par Booth et son éditrice, Bones accepte de créer un compte twitter…

Un ex-détenu trouve la mort dans l'explosion d'une mine désaffectée. La victime, qui avait intégré un programme de réinsertion dans une boulangerie, avait semble-t-il réussi à s'échapper avant d'être poursuivie par son tortionnaire… Par ailleurs, Camille est bouleversée par le probable départ d'Arastoo pour l'Iran où il doit rendre visite à son frère atteint d'un cancer incurable.

Dans le cadre d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de mini-golf, Booth et Brennan interrogent ses possibles rivaux, qui s'affrontent lors d'un tournoi très compétitif. Par ailleurs, Temperance soupçonne son père de lui cacher quelque chose ; une crainte confirmée lorsque Max est arrêté pour avoir pillé la tombe d'un fugitif recherché par le FBI…

L'équipe enquête sur un corps trouvé dans une déchetterie industrielle. La victime, un homme d'une trentaine d'années, était employée sur le site et tout porte à croire quelle a été assassinée. Sa responsable révèle à James qu'il avait eu récemment une altercation avec un de ses collègues. Parallèlement, Booth et Bones apprennent une nouvelle qui les réjouissent.

Un présentateur d'une émission de cuisine extrême est retrouvé mort, le corps rongé au dissolvant. L'affaire mène l'équipe du Jeffersonian vers leur restaurant préféré, mal présenté lors du tournage. Hodgins a vendu son invention de revêtement anti-casse, ce qui annonce l'arrivée d'une petite fortune. Camille s'inquiète de savoir Arastoo en Iran. Brennan commence à soupçonner Booth d'avoir succombé à nouveau au jeu.

Une jeune et brillante élève d'une école privée est retrouvée morte après avoir disparu depuis plusieurs jours. Solitaire et harcelée par ses camarades, la jeune fille aurait été kidnappée et poignardée. Cette affaire touche personnellement Bones, qui reconnaît en la victime la jeune fille qu'elle était.

Avant l'exécution d'Alex Rockwell, condamné pour les meurtres de trois anciens détenus grâce aux preuves apportées par l'institut Jefferson, Bones reprend tous les indices et découvre qu'elle a commis une erreur. L'homme souffrait de lésions osseuses rendant impossibles ces crimes. L'équipe n'a que 48 heures pour l'innocenter à temps et identifier le vrai coupable…

Parti en Iran pour rendre visite à son frère, Arastoo se fait kidnapper par les hommes d'un membre très puissant du gouvernement. Ce dernier lui demande de déterminer la cause du décès de son fils, dont le meurtre a été maquillé en accident. Camille et Booth se rendent à Téhéran tandis que Bones, restée auprès de sa fille, reçoit la visite menaçante du bookmaker de son mari…

Mise en danger par les paris sportif de Booth, Brennan demande à son mari de quitter le domicile conjugal. Malgré cette séparation perturbante pour tout le monde, l'équipe doit résoudre le meurtre d'une collectionneuse de boîtes à cookies dont le corps a été retrouvé dans une rivière…

Le corps d'un ancien détenu, reconverti en professeur de yoga après avoir appartenu à un gang de motard, est retrouvé dans une forêt incendiée. Booth et Brennan sont sur la voie de la réconciliation alors que Seeley va fêter ses 30 jours d'abstinence au jeu. De leur côté, Angela et Hodgins décident de s'installer à Paris pour changer de vie…

À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…

Brennan et Booth ont changé de vie : Temperance se consacre à sa carrière d'écrivain et ses deux enfants tandis que Seeley est devenu instructeur pour les jeunes recrues du FBI. Mais un soir, le FBI retrouve un corps calciné dans une fourgonnette et tous les indices semblent indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan revient aussitôt à l'institut Jefferson pour inspecter elle-même les os, refusant de croire à la mort de son mari…

Brennan a prouvé que le corps carbonisé était celui du frère de Booth. Aubrey poursuit l'enquête avec l'agent Grace Miller des affaires internes, dont le co-équipier a disparu avec un document contenant les noms d'une centaine d'agents du FBI infiltrés. Gravement blessé, Booth s'efforce de rester en vie aux côtés des partenaires de crime de son frère…

Temperance est de retour à l'institut Jefferson, de même que Booth a repris son poste au FBI. Tous deux enquêtent sur le meurtre d'un inventeur dont les organes ont été revendus sur le dark web. Par ailleurs, Camille reçoit le soutien de ses collègues après sa rupture avec Arastoo et Hodgins organise une exposition photo pour Angela.

Le corps d'un agent immobilier est découvert dans les bois, rongés par des coyotes-loups et le crâne endommagé par le tir d'un jeune chasseur. Pour déterminer les causes de la mort de ce passionné de football virtuel, Bones se fait épauler par une experte en anthropologie médico-légale, le Dr Beth Mayer, dont elle jalouse le talent…

Le corps d'une jeune étudiante en médecine est retrouvé sous le plancher d'une église abandonnée, à côté d'un cercueil contenant le squelette, sans tête, d'un officier anglais du XIXe siècle. L'institut Jefferson voit alors débarquer l'agent Abbie Mills et Ichabod Crane, un duo d'enquêteurs venus relier cette affaire à une série de crimes inexpliqués à Sleepy Hollow et rapatrier la dépouille centenaire…

Le FBI et l'institut Jefferson sont mobilisés sur une enquête très sensible et médiatique : le meurtre du sénateur de Virginie. Ancien directeur de mine, l´homme était très proche de la sénatrice Hayley Winters qui l'avait convaincu de voter un amendement allant contre ses convictions…

Alors que Booth et Brennan s'opposent sur le rituel de la petite souris pour leur fille, tous deux enquêtent sur le meurtre d'une magicienne, experte en tours d'évasion. À l'institut Jefferson, Camille craint que le photographe et mentor d'Angela, Sebastian Kohl, n'ait pas que des motivations professionnelles envers la jeune femme mariée…

Une célèbre journaliste politique est retrouvée dans l'étang d'un parcours de golf. À l'origine de révélations explosives sur des opérations menées par la NSA, la femme avait obtenu ses éléments d'un informateur au sein de l'agence de sécurité nationale. Le FBI et l'institut mènent leur enquête avec la crainte d'être sur écoute…

L'enquête sur la mort d'un comptable, passionné de Far West, conduit Booth et Brennan à infiltrer « le jeu des pionniers », un concours de tirs en tenues d'époque. Par ailleurs, Angela et Hodgins s'interrogent sur leur vie familiale et Camille se laisse séduire par le photographe Sebastian Kohl.

L'équipe enquête sur le meurtre d'un officier de police qui va choquer le Jeffersonian et le FBI. L'analyste comportementale, Leslie Green, est assigné pour travailler avec Booth sur cette enquête et donne ses évaluations personnelles sur qui pourrait être le meurtrier. Pendant ce temps, Cam doit prendre des décisions importantes dans sa vie personnelle et l'équipe entière doit faire le point pour comprendre ce qui est vraiment important pour eux.

Hodgins sort de huit semaines de rééducation et peut sortir de l'hôpital, mais il est encore en fauteuil roulant et son médecin est pessimiste. Il refuse cependant d'abandonner le travail et tient à participer à l’enquête sur la mort d'une avocate connue pour défendre les criminels pauvres.

Le corps d'un homme a été retrouvé carbonisé dans sa voiture et le Jeffersonian est chargé de l’identifier. Il s'agit d'un homme reconverti dans le masculinisme après un mariage houleux. La mauvaise humeur de Hodgins, dont l'état de santé ne s'améliore pas, devient vite un souci pour Camille et Angela.

Fatigués de leurs nuits où ils doivent s'occuper de Christine qui fait des cauchemars, Booth et Brennan se retrouvent en plus face à une affaire étrange : les restes d'une femme ont été retrouvés dans un parc, mais le corps a subi plusieurs transformations et a été conservé durant des mois avant d'être découvert.

L'équipe du Jeffersonian s'occupe du meurtre d'une ancienne délinquante, dont le corps a été retrouvé. Par ailleurs, Brennan va être auditionnée par le FBI pour avoir frappé un suspect lors d'un interrogatoire. Elle ne réalise pas qu'elle risque une suspension. Tandis que le couple Hodgins/Angela ne fonctionne plus, Aubrey entame maladroitement une relation avec Jessica. Il se confie à Booth.

Le corps d'un homme est retrouvé piégé dans une rivière gelée. Il s'agit d'un détective privé connu pour être un «nettoyeur» pour des clients haut placés. Parmi les dossiers étudiés, Aubrey trouve celui de son père, parti vivre à l'étranger depuis plusieurs mois. Sa réaction fascine la psychologue du FBI, Karen Delfs. De son côté, Hodgins essaie de se faire pardonner auprès de sa compagne Angela pour son attitude désagréable.

Un corps est retrouvé dévoré par des rats de laboratoire sur le campus de l'université de Lynwood. Booth et Aubrey découvrent que la victime était à la tête du groupe de chant a cappella et semblait préparer un coup majeur. Sammy Mills, la nouvelle interne engagée par le Jeffersonian, se montre pleine de bonne volonté mais elle est assez maladroite.

Le corps d'un agent des services secrets est retrouvé dans les bois, rongé par l'acide. Le seul témoin dans cet affaire est un homme passablement éméché qui prétend avoir été attaqué par des assaillants masqués. Malade, Bones doit rester alitée. Elle est remplacée par le Dr Colin Fisher, mandaté par les services secrets. Le coupable doit être identifié sans tarder car le Président des Etats-Unis projette une visite dans la région prochainement.

Le partenariat entre le FBI et le Jeffersonian fait l'objet d'un documentaire, se focalisant notamment sur le couple Booth-Brennan, autant professionnel qu'intime. Le tournage les suit sur l'enquête autour de la mort d'un livreur de pizzas dont le corps a été retrouvé 10 ans après sa disparition dans une déchetterie.

Le corps d'un hockeyeur star est retrouvé flottant dans une rivière, décapité par deux badauds avec leur hors-bord. Le Jeffersonian commence à rechercher la tête manquante pendant que Booth replonge dans le sport qu'il affectionne. Booth et Brennan essaient de faire du ménage dans leurs affaires mais ne parviennent pas à se détacher de tout.

Le corps d'un milliardaire disparu lors d'une expédition près du cercle polaire a été retrouvé 15 ans plus tard. L'équipe du Jeffersonian est chargée de l’identification et découvre qu'il est mort assassiné : les quatre survivants de l'équipe, dont Clark Edison, sont considérés comme suspects. Camille reçoit une visite de sa sœur Felicia, surexcitée à l’idée d'organiser le mariage de sa sœur.

Le Jeffersonian est chargé d'analyser le corps d'une femme retrouvé dans une benne à verre ; un inspecteur français l'identifie comme la femme d'un noble devenu cambrioleur international et il est persuadé qu'il est le tueur. Aubrey se charge de l'enquête, poussant Booth à s'occuper de sa vue qui baisse. Au laboratoire, des objets se mettent à bouger autour de Hodgins.

Une nouvelle victime du Marionnettiste a été retrouvée et les premiers indices montrent que le tueur a tout fait pour qu'elle ressemble au Dr Brennan. Obsédée par l’affaire, Brennan commence à avoir des cauchemars troublants qui selon un psychiatre seraient un indice vers le tueur.

Après des années d'internement dans un hôpital psychiatrique, Zack Addy est relâché et en profite pour kidnapper Bones. Mais Booth, qui connaît bien son mode opératoire, finit par les retrouver. Zack clame son innocence, et il pourrait dire vrai. En effet, le corps sectionné d'une nouvelle victime âgée de 20 ans est retrouvé. Quant au «Marionnettiste», il est apparemment toujours dans la nature...

Un spécialiste en intelligence artificielle est retrouvé mort dans des bois. Au cours de l'enquête, l'altruisme du scientifique est remis en question.

Les restes d'une personne âgée sont retrouvés dans une décharge sauvage de barils d'acide. L'enquête parmi les résidents de la maison de repos de la victime amène l'équipe du Jeffersonian à réfléchir à leur avenir personnel...

Un corps rongé par les rats est retrouvé dans un parc. Brennan l'identifie vite comme celui d'Aldo Clemens, un ancien sniper de l'unité de Booth devenu prêtre et qui semble avoir sombré dans la drogue. Aubrey a du mal à se concentrer sur l'affaire car son père, criminel en col blanc en fuite depuis des années, est de retour aux Etats-Unis...

Un corps est retrouvé dans un terrain vague, défiguré par cinq coups de fusil. L'équipe du Jeffersonian identifie la victime comme un tuteur particulier pour de futurs élèves d'universités prestigieuses...

Le corps démembré d'une femme a été retrouvé dans une cuve de déchets animaux. La victime était une golfeuse reconvertie dans les compétitions de bûcherons, un milieu que Booth et Brennan décident d'infiltrer...

Le corps d'une femme âgée sans histoire est retrouvé en forêt. En commençant à enquêter sur la vie de la victime, le FBI découvre qu'elle a été torturée par celui qui traque Booth pour avoir tué un tyran serbe en 1995. La famille de Booth est également visée, notamment Max Brennan et les enfants du couple...

Depuis la mort de son père, Brennan s'enferme dans le travail. Booth essaie de la soutenir mais une affaire l'oblige à partir pour le Canada, où une Américaine a été retrouvée morte échouée sur la côte. L'équipe du Jeffersonian s'inquiète de voir qu'au moment où Booth part, Tim Sullivan réapparaît dans la vie de Brennan...

Hodgins s'est replongé dans l'affaire Gormogon mais il est dans l'impasse et demande l'aide de la seule personne de confiance pour cette affaire, l'ex-psychiatre Gordon Wyatt. Le Jeffersonian travaille sur les restes d'un pilote de derby retrouvé déchiqueté par une moissonneuse...

Un réalisateur de films de seconde zone est retrouvé mort. L'équipe du Jefferson va enquêter sur ce meurtre avec l'aide en grande partie du docteur James Aubrey, auquel Booth a confié les rênes de l'enquête. Pendant ce temps, Brennan va se remettre en question sur son métier et cela va pousser Wendell, un de ses internes, à faire de même...

L'équipe célèbre le mariage de Camille et Arastoo, mais chacun a ses projets pour l'avenir : Aubrey pense à partir pour Los Angeles et Angela attend un 2e enfant. Le lendemain, l'équipe du Jeffersonian est appelée sur une affaire urgente : un corps a été retrouvé et tout indique que Mark Kovac, l'homme qui a tué Max Keenan, s'est évadé grâce à la victime et a une bombe...

Brennan, Booth, Angela et Hodgins ont survécu à l'explosion du laboratoire mais sont coincés dans les décombres...