I resti di un corpo vengono scoperti dentro un blocco di cemento e Booth ha la sensazione che la vittima fosse legata a un boss del crimine organizzato.

In un inceneritore vengono scoperti i resti di una ragazza interna dell'istituto. Si incomincia ad indagare e tutti vorrebbero affibbiare il delitto al serial killer ma Booth lo esclude a priori e lentamente emergerà una torbida storia di amore, prestigio e contrabbando. Bones è amareggiata nello scoprire che l'assassino è proprio uno degli scienziati del Jeffersonian.

Il team investiga sulla morte di un babbo natale.

Il figlio di Booth, Parker, scopre un dito umano nel nido di un uccellino. La squadra rintraccia il cadavere a cui appartiene il dito ritrovato e scoprono che la vittima è stata uccisa da un cane. Le indagini portano alla scoperta di un ring illegale di lotta canina.

Brennan e Booth indagano nel mondo della death metal music per scoprire chi ha ucciso un bassista di una band, il cui scheletro è stato usato come oggetto di scena da un'altra metal band. Nel frattempo Sweets sta lavorando al libro su Bones e Booth e chiede consiglio al Dottor Gordon Wyatt su qualche spunto narrativo.

Un agente immobiliare scopre dei resti umani mentre sta mostrando una casa a dei clienti. Il team indaga sul caso; nel frattemo il nonno di Booth si trasferisce da lui e lo segue durante le indagini...

La squadra di Booth e Brennan si occupa di un omicidio avvenuto in un durante un raduno fantasy-rock&roll.