Le corps d'un jeune garçon est retrouvé sur un terrain vague. Booth et Brennan enquêtent pour identifier l'assassin, mais l'âge de l'enfant et le fait qu'il ait été adopté rend les choses délicates et plus compliquées que d'habitude.

Au fond d’un trou de forage, des ouvriers découvrent le corps d’un homme tenant dans sa main un os vieux de 300 ans. Booth et Brennan doivent identifier la victime et élucider les motifs de ce crime qui semble avoir un lien avec le trésor et la malédiction de Barbe Noire.

Continuant d’identifier des inconnus, Bones tombe avec stupeur sur les restes de sa mère. Soudain, le voile se lève sur le mystère de la mort de ses parents mais de nombreuses incohérences contredisent les découvertes de son équipe. L’ouverture de l’enquête devenant officielle, Booth contacte le frère que Bones n’a pas revu depuis des années, Russ Brenann, pour découvrir la vérité.

Autre énigme : la cause de la mort semble être un traumatisme cranien, attribuable à un pistolet d'abattage ?

Le corps d'une femme et de son enfant sont retrouvés dans la baie du Delaware. Il s'agit de Carlie Richardson qui a disparu depuis plusieurs mois. Les soupçons se portent aussitôt sur son mari, un notoire coureur de jupons. A l'institut, la rivalité entre Bones et Cam s'accentue. Quant à Booth il peine à accepter la présence d'un autre homme dans la vie de son fils Parker.

Booth et Brennan doivent aller identifier un homme brûlé dans une cellule de prison. Il devrait s'agir de Howard Epps, le serial killer auquel ils ont déjà eu deux fois à faire. Mais à leur grande surprise, ce n'est pas lui. Ils apprennent très vite, à leurs dépens, que Epps s'est lancé dans une course à la vengeance dont l'équipe et leur entourage sont les premières victimes.