La vigilia di Natale, Temperance deve identificare un cadavere ritrovato in un rifugio sotterraneo, la cui morte risale a una cinquantina di anni prima.

Il corpo di una bambina con una rara malattia che induce all'invecchiamento precoce, viene ritrovata in una zona abbandonata, una sorta di palude.

La squadra viene condotta in un conosciuto centro di ricerca scientifica dopo la scoperta di un pezzo di meteorite nell'orecchio di una vittima i cui resti polverizzati vengono rinvenuti tra la spazzatura. Nel frattempo, il padre di Angela ritorna alla ricerca di vendetta su Hodgins.

Mentre il team indaga su dei resti, Booth e Brennan ricevono un'occasione che capita solo una volta nella vita, inoltre Angela riceve una visita da suo padre.

Jacob Boradsky ritorna con un caso che lo metterà in competizione con Booth. Intanto al laboratorio il padre di Angela arriva con una delle sue solite strane richieste.

Il corpo di un appassionato di tornado viene ritrovato dopo che un twister ha sconquassato l'area e durante le ricerche viene rinvenuto un video che mostra un colpevole diverso dalla tempesta di Madre Natura. Angela e Hodgins si rivolgono al padre di lei per avere aiuto, mentre Brennan deve affrontare le ansie di Booth che si preoccupa per ogni suo spostamento.