Wanneer ze zien dat het buiten regent, bedenken de jongens verstoppertje te spelen in huis. Om het wat spannender te maken krimpen ze zichzelf, hun vrienden en hun nieuwe extreme fan, Irving. Ondertussen hecht Dr. Doofenshmirtz een nanobot aan Perry in een poging om te ontdekken waar hij woont en zo belletje trek te doen.

Nadat Phineas en Ferb met een tijdmachine 20 jaar de toekomst in reizen, besluit een oudere versie van Candace om deze tijdmachine te stelen en terug in de tijd te gaan naar de dag wanneer zij de achtbaan bouwden, zodat ze de huidige Candace kan helpen hen op heterdaad te betrappen. Het plan slaagt, maar hierdoor zet ze een kettingreactie in gang die ertoe leidt dat in de toekomst Doofenshmirtz de macht heeft gegrepen. De oudere Candace moet nu haar daad ongedaan maken om deze slechte toekomst te voorkomen.

Buford houdt zich aan de pestkop wet, dus is Buford de slaaf van Baljeat nadat hij hem heeft gered van verstikking door een hot dog door het eten van vier tegelijk. Ondertussen probeert Candace te voorkomen dat Jeremy haar beschamende foto's zien die zij per ongeluk had gestuurd naar zijn telefoon en Dr. Doofenshmirtz probeert wraak te nemen op een vrachtwagenchauffeur die over zijn voet reed.

Wanneer Phineas en Ferb een teleporter maken die objecten overal vandaan kan halen door het scannen van foto's, probeert Candace haar moeder te teleporteren van een Mexicaans-Joods cultureel festival naar de tuin zodat ze het apparaat ziet. Ondertussen probeert Dr. Doofenshmirtz de wereld te verlossen van mimespelers door ze te vangen in echte onzichtbare dozen.

Op een uitstapje naar het strand, gaan Phineas en Ferb op zoek naar de verloren stad Atlantis. Candace doet mee aan een wedstrijd zandkastelen bouwen, en Dr. Doofenshmirtz probeert met een plantgroeimiddel planten slecht te maken.

Irvings broer Albert gelooft niet dat Phineas en Ferb bijzonder zijn. Juist nu de jongens er niet zijn heeft Irving hun hulp nodig om het te bewijzen. Irving vraagt Baljeet en Buford om Phineas en Ferb te spelen en naast een gigantisch hologram van de jongens hun Eiffeltorenconstructie te staan. Ondertussen wordt Dr. Doofenshmirtz het zat over de kwaliteit van accessoires voor zijn modeltrein en besluit hij nationale monumenten te krimpen en toe te voegen aan zijn collectie.

Phineas en Ferb houden een rodeo in hun achtertuin met robotstieren, Candace probeert gefocust te blijven, Dr. Doofenshmirtz neemt het op tegen leden van B.O.N.B.O.N.E.T.J.E. en anderen in een Inator Maker wedstrijd.

Het Flynn-Fletcher gezin gaat op vakantie naar Hawaï. Terwijl ze daar zijn maken Phineas en Ferb levende zeewezens. Ondertussen creëert Doofenshmirtz de De-Evolution-inator en Perry krijgt het zover en hem te laten stranden op een eiland.

De vader en moeder van Phineas en Ferb gaan een weekendje weg. Phineas en Ferb willen tijdens de zomerwende een wereldreis in 24 uur maken. Als ze dat lukt, geeft Buford hun fietsen terug die hij als klein kind heeft afgepakt. Candace wil echter niet dat ze weggaan. Totdat ze hoort dat Phineas en Ferb langs Parijs komen, waar Jeremy op vakantie is. Onderweg komen ze veel obstakels tegen. Zal het ze lukken om voor zonsondergang thuis te zijn?

Phineas en Ferb moeten van hun moeder het huis schoonmaken en ze vragen Candace om te helpen, maar die weigert en in plaats daarvan leest ze een boek dat haar moeder haar gaf: De tovenaar van Oz (The Wizard of Oz). Phineas en Ferb laten het huis draaien om het huis sneller schoon te spuiten, maar ze draaien het huis te snel waardoor Candace flauwvalt en in eens Wizard of Oz-achtige droomwereld komt. Nadat ze wakker wordt vindt ze Perry liggend op haar en ontdekt dat haar huis in een andere wereld staat. Ze reist naar Verklikistan, maar al snel ontdekt ze dat Doofenshmirtz (als tovenaar) probeert om de laarzen die ze opeens had te krijgen.

Als Candace ontdekt dat haar moeder Lindana is, wordt Linda uitgenodigd om deel te nemen aan een reünieconcert van de jaren tachtig. Lawrence voelt zich depressief omdat zijn vrouw hem gaat vergeten omdat ze zal voldoen aan spannende en leuke mensen, dus Phineas en Ferb besluiten hem te veranderen in Max Modem, een onbekende zanger uit de jaren tachtig. Ondertussen wil Dr. Doofenshmirtz Danville laten geloven dat hij de koning en leider is van een groep van aliens.

Phineas en Ferb bouwen aan een alle terreinvoertuig. Doofenshmirtz is in het bezit van een kwade marathon. Ondertussen gaan Baljeet, Stacy en Candace naar een conventie om Candace haar 'betrappingstactiek' te verbeteren.

Phineas, Ferb, Isabella en Baljeet liggen ziek in bed, samen met Buford, die niet ziek is, en spelen samen computerspelletjes concurreren tegen een andere vriend. Doofenshmirtz creëert een helm die iedereen die hem draagt kan beheersen, en hij moet Vanessa halen op een feestje in een stortplaats.

Linda en Lawrence gaan naar de luchthaven en geven Candace de leiding. Voordat ze gaan, zegt Linda dat Candace op haar broers moet letten en dat ze geen feestje mag houden als ze weg zijn. Candace vraagt of Stacy en Jenny op bezoek mogen komen en Linda accepteert dat. Maar dit bezoek loopt uit in een groot feest, wat Candace eigenlijk niet wilde. Ondertussen creëert Doofenshmirtz een machine die dingen kan teleporteren door middel van een draairad.

Door het verloren rijmpje 'De kat en het fluitje' besluiten de jongens om een paar koeien naar de maan te sturen om te zien of de lage zwaartekracht ervoor zorgt dat ze het lekkerste ijs ooit kunnen maken. Thuis besluit Candace te profiteren van de afwezigheid van de jongens en maakt een chic diner voor Jeremy, maar door haar gebrek aan kookkunst gaat dat niet echt volgens plan. Ondertussen probeert Dr. Doofenshmirtz met zijn Vloeistof zuig-inator de bladeren van zijn buurman bruin te maken, waardoor zijn bladeren groener lijken.

Perry mist zijn 100ste strijd tegen Dr. Doofenshmirtz omdat Candace hem meeneemt naar de Huisdierwas. Perry's afwezigheid blijft onopgemerkt, omdat een vogelbekdier van de Danville Zoo Dr. Doofenshmirtz' Onwaarschijnlijk-inator stopt. Ondertussen bouwen de jongens een speelhuis in Phineas en Ferb-stijl.

Candace probeert haar haar te stylen, maar het mislukt. Phineas en Ferb proberen het op te lossen met een haarstylemachine, maar om sneller klaar te zijn zet Candace de machine op een hogere stand. Hierdoor krijgt ze heel veel haar en wordt ze gezien als een orang-oetan.

Linda wil de dag doorbrengen met Candace. Candace gaat met Linda in de achtertuin zitten om Phineas en Ferb te betrappen. Maar het enige plan van de jongens is het gras zien groeien en al hun creativiteit lijkt verdwenen. Het blijkt dat ze eerder die dag per ongeluk geraakt zijn door Doofenshmirtz' Saai-en-kleurloos-straal, toen Perry deze probeerde te vernielen. Perry beseft wat er gaande is en gaat terug naar Doofenshmirtz om de uitvinding te herbouwen in de hoop het effect op Phineas en Ferb terug te draaien.

Nadat Candace haar enkel heeft verwond en haar wordt verteld in bed te blijven, wordt ze helemaal gek van zichzelf als ze probeert haar moeders aandacht te krijgen om haar broers te verklikken. Gelukkig bieden Phineas en Ferb haar een doos aan met anti-vervelingsspullen. Maar het eindigt in nog meer belemmering, totdat ze - zonder het te weten - de jongens helpt om een astronautvriend te waarschuwen dat een gevaarlijk obstakel hem nadert. Ondertussen onderbreekt Perry Doofenshmirtz' Kippensoep-inator.

Op de laatste dag van de Flynn-Fletcher familie road trip, ontdekt Candace dat ze eindelijk een paar uurtjes heeft om te ontspannen en niet aan het verklikken van haar broers te denken. Echter, Phineas en Ferb besluiten om een vrachtwagen-restaurant op de top van de RV te bouwen. Ondertussen is Doofenshmirtz ook bezig met een road trip, maar hij vervoert met een grote vrachtwagen zijn boem sap door de stad.

Phineas en Ferb gaan reuzedarten. De nieuwe leider van LOVEMUFFIN wordt gekozen, maar pap wordt aangezien als deelnemer.

Phineas en Ferb maken verschillende uitvindingen op verzoek van hun vrienden, maar wanneer Candace deze spullen vindt, raakt ze er van overtuigd dat ze een vampier is.

Phineas en Ferb maken een nieuwe taal, die al snel populair wordt in heel Danville.

Om Candace te helpen herinneren hoe het verloren kadootje van Jeremy eruit zag, gaan Phineas, Ferb, Candace en de rest het onderbewustzijn van Candace binnen door middel van de Brein-machine.

Doofenshmirtz gebruikt zijn Verdubbel-inator om meerdere Doofenshmirtz-hoofden te maken, die Perry moet bestrijden. Ondertussen maken Phineas, Ferb en de club een robot die lijkt op Perry…

Perry wordt het nieuwe gezicht van Knap Gereedschap. Omdat overal posters van hem hangen mag hij niet meer werken als geheim agent.

Phineas en Ferb bouwen een anti-zwaartekracht machine voor trampolines. Candace bestraalt zichzelf er per ongeluk mee en probeert niet weg te zweven tijdens een brunch met Jeremy’s familie.

Mam wil dat iedereen zo stil mogelijk is, zodat ze haar online brei-examen af kan leggen, dus ontwerpen Phineas en Ferb speciale ninja-outfits, waarin je alleen zichtbaar bent wanneer je er zelf ook één draagt. Intussen wordt Doofenshmirtz knap en populair.

Phineas en Ferb bouwen hun versie van het perfecte amusementspark. Doofenshmirtz bouwt een Sap-inator om het Stadhuis te vernietigen, maar wordt gedwarsboomd door Paul, een ontevreden bezorger, die nadat hij Doofenshmirtz heeft verslagen, besluit dat hij tóch van z’n werk houdt.

Bufferd is verkleed als beer om een Franse padvindster te helpen een badge te verdienen. Problemen ontstaan wanneer het om een meisje blijkt te gaan waar Bufferd in Parijs ooit iets mee gehad heeft. Intussen probeert Perry Doofenshmirtz ervan te weerhouden het jaarlijkse Danville Pretzel festival te ruineren.

Doofenshmirtz ontdekt dat hij inators uitvindt in z’n slaap. Intussen probeert Candace, omdat Jeremy met Phineas en Ferb speelt, te voorkomen dat zij gepakt worden door mam…

Vanessa Doofenshmirtz en Monty Monogram, kinderen van gezworen vijanden, hebben hun eerste date in een koffie-bar.

De familie Flynn-Fletcher gaat, samen met Isabella, Buffer en Baljeet op reis naar Afrika, maar Perry blijft thuis om Doofenshmirtz in de gaten te houden. Dit keer blijkt echter Kees de ware vijand te zijn, omdat hij bestraald is door de Ultieme Kwaad-inator.

Dr. Doofenshmirtz en Perry storten neer in de woestijn en moeten samen de tocht terug naar de bewoonde wereld maken.

Doofenshmirtz zorgt voor kortsluiting zodat de hele stad zonder stroom zit. Je kunt alleen nog ogen zien. De Trieste oog-inator kan zo z’n werk doen. De mensen hebben medelijden met Doof en geven hem hun bezittingen. Maar voordat hij op deze manier de heerschappij over het Driestatengebied kan overnemen wordt de stroomuitval opgelost. Phineas en Ferb bouwen een Anti-Zwaartekracht machine.

Phineas en Ferb maken een gigantische bal die op de aarde zal neerdalen.

Wanneer de O.Z.C.A. ontdekt dat Doofenshmirtz in een trein zit langs de grens tussen de VS en Canada, beveelt Monogram Perry samen te werken met Lyla, een Canadese spion van de C.O.Z.C.A.

Doofenshmirtz besluit feromonen te gebruiken om een koning-bij te worden.

Phineas, Ferb en hun vrienden willen een Gordiaanse Knoop maken en weer losmaken.

Candace biedt aan om de hele audioversie van het Padvindsters Handboek op te nemen.

De kinderen organiseren een surprise-party voor Isabella, maar die wil eigenlijk alleen wat tijd met Phineas alleen doorbrengen.

Wanneer het lot van het driestatengebied – en van de wereld – gevaar loopt, slaan Agent P. en het meest dynamische duo van Danville de handen ineen met vier van Marvel’s meest geweldige Superhelden – Iron Man, Hulk, Thor en Spider-Man – in één fantastisch, lang avontuur.

Dr. Doofenshmirtz wordt zoals gewoonlijk weer gedwarsboomd, totdat een stoot van zijn “Kracht-Slurp-Inator” afkaatst op het ruimtestation van Phineas en Ferb, en Spider-Man, Iron Man, de Hulk en Thor raakt. Nu moeten de jongens de opgeslurpte superkrachten van de superhelden weer herstellen voordat een groep achterbakse superslechteriken de planeet vernietigt! Gelukkig werken Nick Fury en S.H.I.E.L.D. ook aan de zaak, samen met de topagent van O.Z.E.C.A.; Perry het vogelbekdier. Zijn Phineas en Ferb niet een beetje te jong om een mogelijke ramp te helpen voorkomen? Ja. Ja dat zijn ze!

Kees roept de hulp in van Monty om eindelijk een keer bedankt te worden door Majoor Monogram. Intussen denkt Candace eindelijk haar broers te kunnen pakken met behulp van Peggy McGee, een oudere buurvrouw, en genieten Phineas en Ferb van Pyramide Sporten.

Phineas en Ferb sluiten de zomer af met een grote finale. Candace heeft nog een kans om de jongens te betrappen. Ze activeert bij Vanessa thuis per ongeluk een van de Inators van Doofenshmirtz. Hierdoor komt iedereen langzaamaan vast te zitten in de ruimtetijd!

Als alle OZECA agenten uitgeschakeld worden door een aanval, kunnen alleen Agent P en zijn stagiairs hen nog redden. Kees en Monogram moeten zichzelf zien te redden.