Phineas en Ferb onderzoeken het mysterie van het legendarische Loch Neus Monster, een inwoner van Loch Neus. Ondertussen gebruikt Doofenshmirtz een machine om al het zink uit het water van het meer te halen, ook al vindt hij het moeilijk om een slecht plan te bedenken dat zink gebruikt.

Phineas en Ferb leren hoe het einde van een schoenveter heet, namelijk een nestel en proberen dit wereldwijd onder de aandacht te brengen. Ondertussen probeert Doofenshmirtz een beschamende video van zichzelf schaatsend in een toilet te wissen van het internet en uit de gedachten van iedereen die het filmpje heeft gezien.

Phineas en Ferb bouwen een gigantisch aquarium in hun achtertuin voor hun nieuwe goudvis. Ondertussen wacht Candace op een telefoontje van haar vriend Jeremy en Doofenshmirtz probeer met zijn Hotdog verkoop Wraak-inator de heetwaterbakken van hotdogverkopers te bevriezen zodat hij zijn braadworsten kan verkopen.

De Flynn-Fletcher familie en Stacy bezoeken de grootouders van Ferb in Londen, waar Candace en Stacy onderzoeken wat Phineas en Ferb van plan zijn net zoals Sherlock Holmes het zou doen. Ondertussen werkt Perry samen met een Britse spion, Agent Dubbel 0-0 of 00 0, om Doofenshmirtz' plan om de Big Ben naar zijn huis te brengen, omdat hij moeilijk op zijn horloge kan kijken, te stoppen.

Phineas en Ferb openen een restaurant in hun achtertuin met vogelbekdier als thema, dat al snel het meest trendy restaurant in de stad wordt. Ondertussen gaat Doofenshmirtz op een date in het restaurant met een vrouw die ook is geïnteresseerd in het kwaad.

Phineas en Ferb maken een spel genaamd 'Spring en duik' na om zelf in het spel in te gaan. Wanneer per ongeluk Candace in de game wordt gezogen, helpen Phineas en Ferb haar om uit het spel te komen en haar op tijd op haar debutantenbal te laten komen. Ondertussen creëert Doofenshmirtz een apparaat dat een straal stuurt naar mensen en ze dan omkleedt in een baljurk (waardoor hij mannelijker zou lijken).

De jongens hebben per ongeluk een ruimtevaartuig uit de lucht kapotgeschoten met een afstandsbedienbare honkbal, Candace vindt het wezen van het ruimteschip en ze denkt dat het een Japanse knuffelbeest is, maar later ontdekt ze dat het een buitenaards wezen is genaamd Meap. Maar als Phineas, Ferb en Isabella worden ontvoerd door Mitch, een alien stroper, probeert hij Meap te vangen. Candace en Meap proberen hen te redden. Ondertussen probeert Dr. Doofenshmirtz een oude ballon, die hij Ballonie noemt, die hij behandelde als een vriend in zijn jeugd, terug te krijgen met behulp van statische elektriciteit.

Als Candace Mandy ontmoet, de zus van 2 broers die ook graag werken aan projecten, dwingt Candace uiteindelijk haar broers te concurreren met de broers van Mandy met het bouwen van een fort. Ondertussen probeert Dr. Doofenshmirtz bij een familiereünie een voetbalspelletje te winnen met een robot schoppend been.

Wanneer Candace hoort dat Jeremy steeds populairder wordt door een tv-commercial, besluit ze om tegen Buford te concurreren in een spelshow van Phineas en Ferb. Ondertussen probeert Doofenshmirtz lokale televisiestationtorens te smelten door zijn verslaving aan het bestellen van producten uit homeshoppingprogramma's.

Wanneer Perry is toegewezen aan een nieuwe schurk, nadat Dr. Doofenshmirtz is gedegradeerd tot een lage dreiging, zien de jongens dat Perry echt verdwenen is en proberen hem terug te vinden. Ondertussen probeert Dr. Doofenshmirtz de nieuwe schurk te zoeken en samen met hem Perry te verslaan.

Major Monogram en Dr. Doofenshmirtz presenteren een kijkers top 10 van liedjes uit seizoen 1, terwijl Doofenshmirtz de hele wereld probeert over te nemen met een liedje dat wetenschappelijk is ontworpen om voor eeuwig in je gedachten te blijven zitten.

Nadat Phineas en Ferb met een tijdmachine 20 jaar de toekomst in reizen, besluit een oudere versie van Candace om deze tijdmachine te stelen en terug in de tijd te gaan naar de dag wanneer zij de achtbaan bouwden, zodat ze de huidige Candace kan helpen hen op heterdaad te betrappen. Het plan slaagt, maar hierdoor zet ze een kettingreactie in gang die ertoe leidt dat in de toekomst Doofenshmirtz de macht heeft gegrepen. De oudere Candace moet nu haar daad ongedaan maken om deze slechte toekomst te voorkomen.

Wanneer ze zien dat het buiten regent, bedenken de jongens verstoppertje te spelen in huis. Om het wat spannender te maken krimpen ze zichzelf, hun vrienden en hun nieuwe extreme fan, Irving. Ondertussen hecht Dr. Doofenshmirtz een nanobot aan Perry in een poging om te ontdekken waar hij woont en zo belletje trek te doen.

Baljeet roept de hulp van Phineas en Ferb om een lied te maken voor het zomerkamp waarvoor hij zich per ongeluk heeft aangemeld. Candace koppelt Stacy met Coltrane en Doofenshmirtz probeert om een babyleger te creëren door het uitzenden van zijn hartslag in de hele stad op een luidspreker.

Candace en Stacy hadden een afspraak naar de spa gepland maar door Candance helpen ze nu aan een vrijwilligers woningbouwproject enkel en alleen omdat Jeremy er ook is. Later mogen de twee gebruikmaken van een spa gebouwd door Phineas en Ferb. Ondertussen heeft Dr. Doofenshmirtz een zwerfkat op straat gevonden en houdt hem als een huisdier, maar de kat veroorzaakt chaos in zijn lab.

Wanneer Phineas en Ferb de grootste en meest ondoordringbare bubbel ooit hebben gecreëerd, gaan zij, de Kampvuur meisjes, Buford en Baljeet in de bel en vliegen boven de stad. Ondertussen rijd Candace praktijk en Dr. Doofenshmirtz maakt gebruik van een stem-veranderaar verborgen in een cowboyhoed om hem populair te maken door middel van country muziek.

Wanneer Candace zich depressief voelt omdat Jeremy zijn afspraakje afzegt, proberen Phineas en Ferb Candace op te vrolijken. Ondertussen gebruikt Dr. Doofenshmirtz klonen van Perry het Vogelbekdier voor een reeks van misdaden.

Buford houdt zich aan de pestkop wet, dus is Buford de slaaf van Baljeat nadat hij hem heeft gered van verstikking door een hot dog door het eten van vier tegelijk. Ondertussen probeert Candace te voorkomen dat Jeremy haar beschamende foto's zien die zij per ongeluk had gestuurd naar zijn telefoon en Dr. Doofenshmirtz probeert wraak te nemen op een vrachtwagenchauffeur die over zijn voet reed.

Wanneer een van de uitvindingen van Doofenshmirtz landt in hun voortuin, proberen Phineas en Ferb te achterhalen wat het doet. Ondertussen haalt Dr. Doofenshmirtz herinneringen op aan een afspraakje dat hij had met Linda Flynn.

Onzeker over zijn eigen dansbewegingen stemt Jeremy toch toe om met Candace op de populaire tv-show 'Dansen tot je niet meer kunt' te dansen en de jongens ontwikkelen voor hem een exoskelet waarmee Jeremy bewogen wordt door Ferb. Ondertussen proberen Dr. Doofenshmirtz en zijn organisatie van andere gekke wetenschappers om een kwade boodschap uit te zenden op tv.

Het geheugen van Phineas en Ferbs vader (Lawrence) wordt per ongeluk gewist door een apparaat in het hol van Perry. Daar hij die dag zou deelnemen aan een vader-dochterwedstrijd met Candace, moet Perry in een robotversie van Lawrence voor hem invallen. Ondertussen vindt Dr. Doofenshmirtz 'Mjil' uit, het tegenovergestelde van lijm het breekt spul af in plaats van elkaar vast te lijmen.

Phineas en Ferb helpen de stad te versieren voor de aankomst van de Kerstman, Dr. Doofenshmirtz zoekt een reden om Kerstmis te haten en zo gebruikt te maken van zijn Stout-inator. Als gevolg hiervan, gaan de jongens en hun vrienden proberen Kerstmis in Danville te redden.

De jongens bouwen aan een Anti-Zwaartekracht Pret Raket. Kees ontdekt per ongeluk hun plan op het internet en denkt dat zij voor Dr. Doofenshmirtz werken, dus wordt hij naar hen toegestuurd om erachter te komen wat ze doen. Ondertussen gebruikt Doofenshmirtz de bouwplannen van Phineas en Ferb zelf om ook een Anti-Zwaartekrachtraket te maken en uit te vinden waarvoor hij hem kan gebruiken. Perry is gestuurd om een verdwenen gans te vinden.

Wanneer Phineas en Ferb hun hulp aanbieden voor de bruiloft van tante Tiana en oom Bob in de achtertuin van het Flynn-Fletcher, probeert Candace te voorkomen dat de jongens het huwelijk verpesten en de aandacht afleiden van haar rol als bruidsmeisje. Ondertussen bouwt Dr. Doofenshmirtz een apparaat dat alle gezond voedsel in de stad verandert in junkfood.

De jongens hebben de 'kinder ritjes' van een winkel opgevoerd. Nadat Candace gaat zitten op de raket vliegt ze de hele stad door en dat is een goede manier om de jongens te betrappen. Ondertussen probeert Dr. Doofenshmirtz om zijn naam te branden in de atmosfeer, zodat men hem nooit zal vergeten.

Phineas en Ferb moeten van hun moeder het huis schoonmaken en ze vragen Candace om te helpen, maar die weigert en in plaats daarvan leest ze een boek dat haar moeder haar gaf: De tovenaar van Oz (The Wizard of Oz). Phineas en Ferb laten het huis draaien om het huis sneller schoon te spuiten, maar ze draaien het huis te snel waardoor Candace flauwvalt en in eens Wizard of Oz-achtige droomwereld komt. Nadat ze wakker wordt vindt ze Perry liggend op haar en ontdekt dat haar huis in een andere wereld staat. Ze reist naar Verklikistan, maar al snel ontdekt ze dat Doofenshmirtz (als tovenaar) probeert om de laarzen die ze opeens had te krijgen.

Phineas en Ferb besturen een heldhaftige alter-ego De Snuit. Maar als de schurk Khaka Poe Poe hen ontdekt, probeert hij de stad te terroriseren, en alleen De Snuit kan hem tegenhouden. Ondertussen moet Dr. Doofenshmirtz tijdelijk de burgemeesterswoning van zijn broer Roger bewaken.

Candace, Stacy en Jenny proberen samen om Phineas en Ferb te betrappen met een uitgebreide training die Candace geeft. Ondertussen heeft Dr. Doofenshmirtz een nieuwe robot die Norm vervangt, maar de robot werkt hem tegen.

Phineas en Ferb houden een rodeo in hun achtertuin met robotstieren, Candace probeert gefocust te blijven, Dr. Doofenshmirtz neemt het op tegen leden van B.O.N.B.O.N.E.T.J.E. en anderen in een Inator Maker wedstrijd.

Phineas en Ferb bouwen het hoogste gebouw ooit om de populariteit van Danville te verhogen, terwijl Candace hulp inroept van Irvings broer Albert om de jongens te betrappen. Ondertussen probeert Doofenshmirtz een poging te doen om de maan te draaien naar zijn donkere kant, zodat hij de slechtste man in de wereld zal worden.

Door een 'Burgemeester voor één dag' wedstrijd is Candace burgemeester voor één dag en zo probeert ze haar broertjes te pakken te krijgen. Terug thuis bouwen Phineas en Ferb een authentieke blokhut en een pioniers stad. Ondertussen wordt Dr. Doofenshmirtz verplicht om golf te spelen met zijn broer Roger maar is er niet blij mee.

Phineas en Ferb bouwen een labyrint (doolhof) om Candace te helpen beter te kunnen skaten samen met Isabella en een nieuw Padvinstermeisje, genaamd Melissa. Ondertussen probeert Dr. Doofenshmirtz om alle gebouwen in de omgeving te maken als de Toren van Pisa.

Phineas en Ferb gaan naar het jaarlijkse sci-fi/fantasy conventie om hun held, de special effects goeroe, Clive Addison te ontmoeten. Hun plan wordt op een zijspoor geveegd wanneer ze in een duel tussen fantasy fans (waar Ferb van houdt) en sci-fi geeks (waar Phineas van houdt) terechtkomen. Ondertussen probeert Candace geheim te houden dat ze een fan van Ducky Mo-Mo is. In de congreszaal heeft Dr. Doofenshmirtz televisie-uitvoerendproducent Jeff McGarland gegijzeld, zodat hij hem een pitch kan laten zien van zijn eigen show die hij heeft bedacht, Doof en Dier.

Het Flynn-Fletcher gezin gaat op vakantie naar Hawaï. Terwijl ze daar zijn maken Phineas en Ferb levende zeewezens. Ondertussen creëert Doofenshmirtz de De-Evolution-inator en Perry krijgt het zover en hem te laten stranden op een eiland.

Phineas, Ferb, Isabella en Baljeet liggen ziek in bed, samen met Buford, die niet ziek is, en spelen samen computerspelletjes concurreren tegen een andere vriend. Doofenshmirtz creëert een helm die iedereen die hem draagt kan beheersen, en hij moet Vanessa halen op een feestje in een stortplaats.

Linda en Lawrence gaan naar de luchthaven en geven Candace de leiding. Voordat ze gaan, zegt Linda dat Candace op haar broers moet letten en dat ze geen feestje mag houden als ze weg zijn. Candace vraagt of Stacy en Jenny op bezoek mogen komen en Linda accepteert dat. Maar dit bezoek loopt uit in een groot feest, wat Candace eigenlijk niet wilde. Ondertussen creëert Doofenshmirtz een machine die dingen kan teleporteren door middel van een draairad.

De vader en moeder van Phineas en Ferb gaan een weekendje weg. Phineas en Ferb willen tijdens de zomerwende een wereldreis in 24 uur maken. Als ze dat lukt, geeft Buford hun fietsen terug die hij als klein kind heeft afgepakt. Candace wil echter niet dat ze weggaan. Totdat ze hoort dat Phineas en Ferb langs Parijs komen, waar Jeremy op vakantie is. Onderweg komen ze veel obstakels tegen. Zal het ze lukken om voor zonsondergang thuis te zijn?

Het Flynn-Fletcher gezin gaat op vakantie naar Hawaï. Candace vindt een lavaketting van ongeluk. Ondertussen creëert Doofenshmirtz de De-Evolutie-inator en Perry krijgt het zover en hem te laten stranden op een eiland.

In deze musical gaan Phineas en Ferb opnieuw naar de dag waar ze een gigantische achtbaan bouwden. Met behulp van een combinatie van muziek, zang en dans bouwen Phineas en Ferb een achtbaan in hun achtertuin en Candace probeert hen te pakken te krijgen door hun moeder eerder te laten vertrekken van de supermarkt. Ondertussen moet Perry het Vogelbekdier Dr. Doofenshmirtz ervan weerhouden de rotatie van de aarde te beïnvloeden met een magneet en een grote rol aluminiumfolie.