Kiedy Doktor zostaje aktywowany podczas czerwonego alarmu, dowiaduje się, że statek został porzucony, a na pokładzie pozostały tylko B'Elanna Torres i ranny kapitan Janeway. Niedługo potem pojawia się porucznik Barclay i mówi mu, że cały czas spędzony na Voyagerze jest skomplikowaną symulacją, a on naprawdę jest holo-inżynierem o nazwisku Zimmerman na stacji Jupiter w Kwadrancie Alfa, który został uwięziony na holoteku przez sześć godziny. Jeśli nie zniszczy rdzenia warp Voyager, a wkrótce zakończy program, umrze.

Obsesyjny Barclay próbuje znaleźć sposób na komunikację ze statkiem kosmicznym Voyager za pomocą sztucznie wygenerowanego mikro-wormhole. Staje się tak zaangażowany, że potrzebuje pomocy doradcy Troi, aby trzymać się rzeczywistości.

Wieści docierają do Voyagera poprzez upowszechniany projekt Pathfinder, którego twórca Doktora, Lewis Zimmerman, jest poważnie chory. Próbując uratować mu życie, program Doktora jest przekazywany do kwadrantu alfa, ale gdy już tam znajdzie, Zimmerman nie chce być badany przez "przestarzały" program EMH.

Hologram Reginald Barclay zostaje wysłany do Voyagera, który informuje, że statek może zostać odesłany do domu w ciągu kilku godzin za sprawą "złoża geodezyjnego". Jednak załoga staje się podejrzliwa co do holograficznych intencji Barclaya po tym, jak zobaczyła go dziwnie zachowującego się.

Ustanowiono sposób bezpośredniej komunikacji z Voyagerem, umożliwiając każdemu członkowi załogi rozmowę z rodziną i przyjaciółmi. Doktor wysyła holo-powieść do publikacji w oparciu o zaginiony statek kosmiczny z lekarzem, który traktowany jest jak niewolnik, co wywołuje kontrowersje wśród członków załogi.

Po dziesięcioleci podróży do kwadratu alfa, Admirał Kathryn Janeway odważnie podejmuje decyzję o zmianie przeszłości, próbując zniwelować poświęcenie poniesione przez załogę podczas ich żmudnej podróży do domu. To jest ostatni odcinek serii.