En classe de biologie, Kane désigne pour chacun un partenaire de laboratoire. La présence de Todd sème la zizanie. Le doyen cherche à faire des économies.

Troy et Abed tentent de démasquer celui qui a volontairement détruit la pomme de terre de la classe de biologie, objet d'expériences inédites. Ils apprennent ainsi que l'un des élèves disposait de la clé du laboratoire la nuit du délit et mettent sur pieds une opération d'infiltration...

Le groupe se rend à un cours d'histoire européenne qu'il doit partager avec les élèves allemands que Jeff et Shirley ont affronté l'année précédente. Pendant ce temps, Chang souffrant d'amnésie fait son retour au campus.

Avec assez de crédits pour valider son diplôme, Jeff réfléchit à sa vie future et comment les choses pourraient tourner si la « continuité la plus sombre » avait pris place.

Une nouvelle année commence à Greendale, où le groupe d'aide composé de Jeff, Britta, Annie, Abed et Chang se retrouve. Avec le départ de Shirley, le doyen propose une nouvelle membre pour la remplacer : Francesca Dart. Rapidement, tout le groupe la trouve trop ancré dans la réalité pour en faire un bon personnage, sauf Abed.

Britta retrouve son ex-petit-ami, ancien visage de la marque Subway, qui s'est reconverti dans le marketing guérilla pour la marque Honda. Elroy semble avoir du mal à s'intégrer dans le groupe, jusqu'à ce qu'Abed et Annie comprennent qu'il pourrait avoir un problème avec Jeff.

Frankie découvre qu'un tournoi clandestin de paintball a lieu dans Greendale et elle compte sur Jeff pour dissuader les élèves de participer. Quand un mystérieux joueur tirant des balles de peinture argentée arrive, l'objectif du groupe est clair : le démasquer avant la soirée de gala organisée par Frankie pour lancer son plan d'un Greendale plus propre.

Le groupe est invité au mariage de Garrett et d'une de ses camarades de classe. Le groupe va mal commencer sa soirée en ruinant peu à peu l'ambiance mais le pire reste à venir quand les maries découvrent la vérité sur leurs familles.

Leur sixième année touchant à sa fin et leur mission de sauvetage de Greendale étant à présent terminée, les membres du groupe imaginent chacun leur tour ce que pourrait être le scénario de l'hypothétique septième saison.