Après avoir été emprisonnée pour résoudre un autre mystère, la bande de Mystères Associés tombe sur un autre mystère: un monstre horrible se cache sous la ville et emprisonne qui s'en approche dans une bouillie verte.

Des choses étranges continuent de se produire dans Crystal Cove, alors que disparaissent soudainement les poignées de porte et qu'un diamant inestimable est caché quelque part. Pour couronner le tout, un mystérieux fantôme de camionneur sème la terreur dans la ville.

Quand une étudiante d'échange appelé Mai Le vient à Crystal Cove, elle attire l'affection de Shaggy. Un dîner organisé par la famille Blake est interrompu par l'avertissement du Magicien Rouge de rester loin de Cœur du Dragon qu'il a juré de protéger à tout prix.

Le gang suit enfin la piste pour trouver le trésor caché, mais ils ne pense pas que Le Freak allait s'en prendre à eux. D'autre part, beaucoup de vérités sont révélées, y compris le but du professeur Périclès et la véritable identité des parents de Fred. Et comme si cela ne suffisait pas, le gang est confronté à un gros problème lorsque les parents se mettent en colère à cause du comportement de leurs enfants. Et juste au moment où le mystère de la ville est à son plus haut niveau, est-ce la fin la fin de la bande ou le début d'un nouveau problème?

Après la dissolution de Mystères Associés, Crystal Cove est attaquée par un homme-bébé appelé Crybaby Clown. Le successeur du Maire Fred Jones Sr., Janet Nettles, est approchée par un mystérieux personnage qui lui donne des fichiers sur Mystères Associés tout en précisant qu' elle doit obtenir leur retour.

Un bandit sévit sur les routes de Crystal Cove : il vole les gens et charme les femmes, qui comme hypnotisées, le suive dans son repaire. De son côté, Scooby-Doo fait de plus en plus de rêves étranges concernant Nibiru. Mais il se joint à l'équipe pour enquêter sur le mystérieux criminel...