Miután bebörtönözték egy újabb rejtély megfejtéséért, a Mystery Inc. banda egy újabb rejtélybe botlik: egy hátborzongató szörnyeteg a város alatt lapul, és mindenkit, aki a közelébe kerül, zöld golyóvá gubózik.

Crystal Cove gyermekeit szörnyekké változtatja egy Que Horrifico nevű lény, ami megijeszti a város összes felnőttét. Ennek eredményeként elhagyják gyermekeiket, és az életükért futnak.

Fred egy középiskolai szerelmes célpontjává válik, amikor az új lány, Alice May beleszeret. Alice May azonban valójában egy szellem, aki arról híres, hogy fiúkat vitt magával, és örökre eltüntette őket.

A Fright Hound nevű szörnyeteg megtámadja a Crystal Cove-ot, és az emberek azt hiszik, Scooby-Doo áll mögötte. Lehet, hogy Scooby támadja meg a várost, vagy valaki beállítja?

A banda és az eredeti Mystery Incorporated a Gonosz Entitás előtt állnak. Az entitás megragadja Scooby-Doo-t, és megemlíti, hogy meg kell halnia, és újjászületnie kell, mint egy edény a sötétségbe. A banda felállít egy új Rejtélygépet, és új úti céljuk felé utazik, miután üzenetet kap Harlan Ellisontól, amelyben megfogadja, hogy megold minden rejtélyt, amivel találkoznak. Ahogy a banda elhajt, Nova figyeli őket, aki szerint Scooby a valaha élt legbátrabb kutya, és köszönetet mond neki és a bandának.