タイムマシン「タイムボカン」を発明した木江田博士は、その実験運転で行方不明となってしまった。助手の丹平と博士の孫娘の淳子は、入れ替わりに現れたオウムのペラ助の言葉を頼りに、博士を捜索するべくタイムスリップする。しかし、ペラ助のいた時代に、宇宙最高の宝石ダイナモンドがあることをかぎつけたマージョ一味が、彼らの後を追いかけてきた！[SF/ファンタジー]

自分の時代に帰りたくないペラ助は、適当なことばかり口にする。しかし、ほかに手がかりのない丹平たちはその言葉を頼りに紀元前３３０年頃の地中海にやって来た。ちょうどアレキサンダー大王のペルシャ遠征部隊と出くわした彼らは、ペルシャ軍側についたマージョたちと戦うことになった。

ペラ助をさらったマージョは、その言葉をヒントにして、行き先を１７世紀のアルビ地方に決定した。アルビ地方は、残酷な"魔女裁判"が発祥した土地であり、後を追ってきた丹平たちもクリステンという少女が火炙りにされようという場面に遭遇する。丹平たちは彼女を助けたが、そのために村人たちを敵に回してしまう。

丹平たちの会話を盗聴していたグロッキーは、西遊記の時代、今から１３５０年ほど昔の中国へ向かった。しかし、その中には泥棒、アル・カモネが隠れていたのだ。ダイナモンドを狙うカモネは、三蔵法師に変装して丹平たちに接触する。だまされた彼らは、カモネを守ってマージョたちと対決することに。

今回の行き先は先史時代。当時の人間たちにはまだ言葉も無く、丹平たちの博士捜しは難航したが、博士らしき人物が彼らの長老になっていることを突き止めた。そこへマージョたちのメカマンモスが現れる。ボカンとガイコッツの長老争奪戦が始まる。

バイキングの時代にやって来た丹平たちは、スプーン党とフォーク党という、２つの海賊の戦いに巻き込まれる。スプーン党に味方した丹平たちは、フォーク党に味方するマージョ一味と戦うことになる。

ペラ助の言葉を頼りに、丹平たちは１５世紀のバグダッドにやって来た。そこで彼らは、もと盗賊団の首領ハッサンと会う。彼はダイナモンドらしき宝物の情報を知っていた。丹平たちは、ハッサンが裏切り者のアリジジを倒すのを手伝うことにする。だが、アリジジにはマージョたちが味方していた。

ジンギスカンの映画がヒントになり、丹平たちは１２００年前のモンゴル高原にやって来た。丹平はそこでジンギスカンに会い、息子のさらわれた嫁を連れてこいと言われる。淳子を人質にとられ、丹平たちは出発したが、なんとその道案内はマージョの馬メカ。ボカンと馬メカは、嫁をさらったバッカン族の陣地で戦いを繰り広げる。

今回の舞台は１８６０年代のアメリカだ。ボカンの出現した町は、乱暴なゴロンボ兄弟に脅かされていた。丹平たちは町の護衛を決意したが、ゴロンボから情報を得たマージョが市長を誘拐し、市長の息子であるジムが旅から持ちかえった品をよこせと脅迫してきた。

戦国時代の日本に来た丹平たちは、真田幸村に秘密兵器の輸送を頼まれた。ダイナモンドの情報と引換えに、猿飛佐助と共に出発した丹平たちだったが、目ざといマージョたちがムササビメカで襲ってきた。

インカ帝国展でヒントをつかんだ丹平たちは、１５世紀のインカ帝国へと旅立った。突然出現したボカンを見たインカの人々は、丹平たちを神と思い込む。一方、マージョ一味はインカの宝を狙うワリンカ族と接触し、インカの船団を襲う。

１５世紀のベネチアを訪れた丹平たちは、レオナルド・ダビンチのアトリエでオタケさんそっくりのオウムの絵を見つけた。意気込んだ彼らは、マージョたちの妨害をくぐり抜けて絵を描いた場所、シャンパンの森へたどり着いた。

美人オウムのミミにのせられて、ペラ助は自分のいた時代を一万年前のアトランティスだと口走る。かくしてボカンとガイコッツがたどり着いたアトランティスは、沈没直前の危機に面していた。丹平たちは人々を脱出させようとするキエフ博士を助け、国を混乱させようとするマージョたちと対決する。

木江田博士の友人、友田博士の協力で、今回の行き先は１５世紀のドイツに決定した。丹平たちはそこで、人々に吸血鬼と誤解されている男、ドラキュラと出会う。彼の宝物がダイナモンドと誤解したマージョのメカコウモリと、ボカンの間で空中戦が始まる。

コンピューターがはじき出した、博士捜索のヒントは打ち出の小づち。丹平たちは、一寸法師の時代に出発した。一寸法師は、童話の通りに鬼を退治して小づちを手に入れたが、突然出現したマージョのメカ鬼にそれを奪われてしまう。

１９０３年のアメリカに到着した丹平たちは、飛行実験に励むライト兄弟と知り合った。なんと彼らは、木江田博士に会い、手紙をもらったという。しかし、兄弟は博士の行方を知らなかった。博士の情報を得るため、丹平たちは兄弟の手伝いをすることにした。

先祖のワルジョからダイナモンドの情報を得たマージョは、白雪姫の時代に旅立った。それを阻止するべく後を追った丹平たちは、ワルジョから白雪姫を救出する。しかし、ワルジョの依頼を受けたマージョがそこへ乱入してきた。

丹平たちは、木江田博士のダイナモンド探知機を使って１０００年後の未来にやってきた。そこはロボットが支配する時代。人間はロボットの敵として扱われていた。丹平たちは、人間との共存を望むヨカロボ博士と接触し、協力を申し出る。

１８世紀のロシアに着いた丹平たちは、悪魔に邪魔されながらも畑を耕すイワンと出会った。悪魔は、イワンの畑に埋まっている水晶玉を狙っていたのだ。その玉は何でも願いを叶えると聞き、マージョもイワンの土地にやって来た。

１６世紀のスペインで、丹平たちはドン・キホーテと遭遇した。悪の黒騎士を退治しようとしている彼に、丹平たちは協力することにした。その黒騎士は、マージョと組んで次々と村を襲っていた。噂を聞いた丹平たちは、ついにマージョたちと対峙する。

ピノキオに去られて、ゼペット爺さんは落ち込んでいた。ボカンでこの時代に来ていた丹平たちは、それを慰めるためにピノキオ探しを決意した。彼らは苦心してピノキオを見つけたが、再会したゼペット爺さんもろともマージョ一味のサメメカに飲み込まれてしまった。

ホームシックになったペラ助は、真面目に記憶を辿っていた。その言葉を信じて、丹平たちは水戸黄門の時代に向かう。彼らが会った黄門は、悪代官の下で苦しむ人々のために宝探しをしていた。それを手伝う丹平たちの前に、マージョのモグラメカが出現した。

チョロ坊が、博士捜索のヒントをつかんできた。その時代は１１６８年、牛若丸の時代である。早速出発した丹平たちは、修行に励む牛若丸に会い、彼の修行を手伝った。やがて伝説通り、牛若丸は五条大橋で弁慶と対決する。

グロッキーは、ダイナモンドを利用した新兵器、ダイナモンド光線銃を発明した。その悪用を阻止するべく、丹平たちは彼らを追って１１世紀のイギリス、シャーウッドの森へ行き、そこで英雄ロビン・フッドの手助けをすることに。しかし敵側のダンカンにはマージョ一味が味方していた。

ブリストルの町を訪れた丹平たちは、宝探しに誠意を燃やすジム少年に出会った。しかし、その宝を狙う海賊シルバーがジムから地図を奪ってしまう。事態を嗅ぎつけたマージョ一味も加わって、戦いは混戦となっていく。

木江田博士が、昆虫人に連れられて現代に戻ってきた。しかし、丹平たちはすれ違いで留守。博士は昆虫人のバッタ型タイムマシンと共に、マージョの手の落ちてしまう。機転をきかせた博士はマージョたちを地獄に誘い込むが、自分も危機に陥ってしまった。

ペラ助のいた時代を探す丹平たちは、２００年前のイギリスにやって来た。この時代に望みを叶える竪琴がある、と聞いて出発したマージョたちを追ってきたのだ。そこで知り合ったジャック少年は、天の城に忍び込んで大男の持つ竪琴を探し出そうとしていた。

ダイナモンドがあるのは花咲か爺さんの時代だと確信した丹平たちは、タイムボカン２号、ドタバッタンで安土桃山時代の日本に出発した。彼らはそこで、ふとしたことから織田信長に捕まり、枯木に花を咲かせるように命じられる。丹平たちはドタバッタンを使って事なきを得たが、同じく捕まったマージョ一味は狛犬メカで暴れだした。

丹平の言葉を誤解して、チョロ坊はドタバッタンで家出してしまう。その行く先は童話の森。赤頭巾と友達になったチョロ坊は、女神の湖の話を聞いた。それを知ったマージョは、湖にダイナモンドがあると考えて行動を開始する。

タイムトンネルでマージョのクマメカと衝突したドタバッタンは、シンデレラの時代に不時着した。かわいそうなシンデレラに同情した丹平たちは、彼女がお城のパーティーに出られるように芝居をする。シンデレラは城で王子と会うが、王子を狙うマージョはそれを妬み、クマメカで攻撃してきた。

西暦２４００年の東京。そこには地球最後の象を守る少年、新一がいた。象を狙う宇宙人のオカーネギは、マージョを使って新一を攻撃させる。丹平たちは新一の味方についた。報酬目当てのマージョ率いるネズミメカと、ドタバッタンの死闘が始まる。

タイムボカン３号、クワガッタンで１０００年前の松原に来た丹平たちは、羽衣を盗まれた天女ルナメを見つける。お礼に宝物をくれると聞いて、マージョたちも羽衣探しに参加してくる。いち早く羽衣を手に入れたマージョは、宝と羽衣を両手に逃げ出した。

神話時代の日本に丹平たちは降り立つ。そこでは、乱暴な弟のスサノオに落胆した女神アマテラスが岩戸に隠れ、地上は闇となっていた。彼女をマージョの魔の手から救った丹平たちは、スサノオと共にヤマタノオロチ退治に挑む。

映画からヒントを得た丹平たちは、人造人間フランケンを作った科学者の城を訪れた。フランケンは、恐ろしい外見のせいで友達ができず、ひねくれ者になっていた。丹平たちは彼と友達になったが、その間にマージョたちがダイナモンドを盗み出した。

３０００年後の未来に送られたカエレーン博士を救うため、出動するドタバッタン。そこはヒヒが支配する世の中だった。そして博士は、ヒヒに対立する組織のリーダーになっていた。後を追ってきたマージョたちは、ヒヒの皇帝ピッドラの命を受けてドタバッタンを倒そうとしていた。

友田博士の情報で、タイムボカンは１５世紀のカッコマン王国へと出発した。この国の王がオシャレ好きだと聞いたマージョは、馬鹿に見えない服を作った、と言って王を騙そうとする。裸で歩く王を、見栄を張った人たちが褒め讃えたが、少年ヨハンの「王様は裸だ！」のひと言でマージョのウソがバレる。

木江田博士の霊感テストマシーンによると、ダイナモンドがあるのは鬼ケ島。丹平たちはドタバッタンで１２００年前の鬼ケ島に向かった。その頃、島に着いた桃太郎たちは、マージョの計略で鬼に捕まっていた。

グロッキーはダイナモンドを研究し、その在り処を１３世紀のハメルンだと予測した。早速出発したメカザルを追って、丹平たちもクワガッタンで出動する。ハメルンの町では、異常発生したネズミを笛吹き少年が撃退し、町の宝物を受け取っていた。

今から５００年前の佐渡島に着いた丹平たちは、鶴が恩返しに折った布とダイナモンドとの関連を調べることにした。しかし、弥吉という若者に助けられた鶴を、マージョもまた狙っていたのだ。

ダイナモンドを探して、タイムボカン一行は竜宮城にやって来た。宝物のことを知っている竜王は、海坊主に捕まっていると聞き、丹平たちは救出に乗り出した。ところが海坊主にはマージョたちのカニメカが味方していた。かくして竜宮は戦いの場となった。

１９世紀の西部アメリカで、丹平たちはアパッチ族に捕まってしまった。彼らは丹平たちがトーテムポールを盗んだと誤解したのだ。おまけに変装した悪玉トリオが、丹平たちを火あぶりにしようとけしかける。すんでの所で逃げ出した丹平たちは、ボカンでワニメカに応戦する。

マージョの悪巧みを阻止しようと、丹平たちはかぐや姫の時代にやって来た。かぐや姫が宇宙人では、と推理したマージョは、彼女からダイナモンドの情報を聞きだそうと考えたのだ。

クワガッタンでサルカニ合戦の時代に来た丹平たちの前に、一匹のカニが現れた。カニから意地悪なサルの話を聞いた丹平たちは、サル退治に協力することにした。一方、サルから宝の在り処を聞いたマージョは、たちまち現場に急行した。

友田博士の情報によると、１９世紀のイギリスにはダイナモンドという物質があったという。丹平たちはその謎を解くため、タイムボカンで出発した。ダイナモンダイを研究していたのは、二重人格者のジキル博士。悪逆なハイドに変身した彼は、マージョたちを脅して事態を混乱させる。

１７８１年から、お婆さんがタイムスリップしてきた。丹平たちはその孫娘のアンナを探しに出発する。アンナは雪降る街で、マッチ売りをさせられていた。丹平たちはやっとの思いで凍えるアンナを探し出した。

タイムボカンは謎のＳＯＳを受け、１４世紀のアラビアにやってきた。発信者は洞窟の閉じ込められたアラジンという少年だった。アラジンはそこで魔法のランプを手に入れたのだが、マッホーという魔法使いにそれを狙われていた。同じくランプを狙うマージョは、ラクダメカでボカンを襲う。

丹平たちは、金太郎の時代にやって来た。童話と違い、弱い金太郎を彼らはなんとか男らしくしようとする。そんな時、足柄山を狩場にしようとする貴族がマージョを使って金太郎をさらっていく。丹平たちはクワガッタンで出動し、騒ぎの中で父の形見のまさかりを見つけた金太郎を救い出した。

兄、海幸の釣針をなくし、豊玉姫の玉を持ってこい、と言われて途方にくれる山幸。丹平たちは彼を手助けすることにした。豊玉姫は事情を聞いて、釣針と玉を快く差し出した。しかし、マージョたちのロバメカが彼らに襲いかかる。

友田博士は、履くと自然に踊り出す赤い靴を時空の穴に落としてしまった。丹平たちは、それを探すために出発する。靴は、１８世紀のスエーデンに住む少女カーレンの手にあった。踊り出した彼女をクワガッタンが追跡する。

ダイナモンドは月にある！そう言い出したマージョは、グロッキーにウサギメカを作らせて月に向かう。その月では、ムーン王子率いる月面世界の人々がドタバッタンを捕らえていた。地球人嫌いの王子の誤解を解くため、丹平はマージョにさらわれた王子の妹、シャインの救出を買って出た。

マージョたちが、４００年前のヨーロッパに向かったと知り、丹平たちはその後を追った。マージョたちは海の老婆に捕まり、人魚姫を連れてくるように言われていた。捕まった人魚姫は、足と引換えに声を奪われてしまう。丹平たちは、人魚姫が以前助けた王子と結ばれるように行動を開始した。

マージョたちは１９世紀のロンドンに出現した。そこにはダイナモンドの研究家、グリフィンがいたのだが、彼は研究杜中で発見した薬で透明人間になっていた。そしてケンプ町長に脅迫されて、悪事を働かされていたのだ。

１６７４年の北極。オーロラとダイナモンドとの関連を調査するためにやって来た丹平たちは、地中の空洞に通じる大穴を発見した。彼らはそこに住むピンケリア人に捕まってしまう。ダイナモンドを見つけたマージョたちも、あまりの硬さにそれを切り出せないでいた。

ピラミッドの中にダイナモンドがあるのでは？と考えた丹平たちは、４５００年前のエジプトにやって来た。建造中のピラミッドを狙って、悪党ドレンゾとマージョも行動を開始する。

紀元３００年のイースター島には、宇宙から不時着した少女チヌチヌがいた。丹平は、故障した彼女の宇宙船の修理を引き受ける。しかし、修理が完了した時、チヌチヌはマージョにさらわれてしまった。チヌチヌの悲鳴を聞いたモアイは突然動き出し、彼女を助けだした。

紀元前６世紀のギリシャ。働き者のイソサーンは、怠け者の兄二人と違って、イソップ爺さんの残した畑を耕し続けていた。その心にうたれた丹平は、生前のイソップを連れてきて「畑には宝が埋まっている」と言わせる。兄たちのみならず村人たちが畑を掘り始めた。

気弱な健太は、お婆さんに追い出された雀のチュン吉を探していた。事情を知った丹平は彼と友達になろうとする。一方、雀のお宿を見つけたマージョはつづらをだまし取って逃げようとしていた。

小人ばかりの小人国を訪れた丹平たちは、ガリバーさながらに縛りあげられてしまった。なんとか誤解を解いた彼らの前に、巨人国からマージョたちの恐竜メカが出現する。ダイナモンドを狙う悪玉トリオは小人たちをけちらしていく。

ある港町で、丹平たちはシンドバットという少年と出会う。彼は母親のために宝を探していた。嵐の海に船を出したシンドバットは、黄金の島にたどり着いた。そこには見渡す限りの宝があったが、彼はマージョにそのことを知られてしまう。

タイム電池が切れたドタバッタンは、近くの時代に不時着。なんとその時代こそ、ペラ助のいた時代であった。無事オタケさんとの再会を果たすペラ助。そしてこの時代には、やはり大量のダイナモンドが存在した。そこへマージョ一味が現れるのだが…。果たしてダイナモンドは誰の手に！？