Ein Regierungsmitarbeiter wird von einem vermeintlichen Polizisten erschossen. Die Spur führt zu Terroristen.

Moe, der im Gefängnis seine Strafe verbüsst, wird im Zuge eines Aufnahmeritus einer Gang schwer zusammengeschlagen. Sam wird vom Krankenhaus als seine Kontaktperson informiert. Sam besucht Moe im Krankenhaus und erfährt, dass Moe im Auftrag des NCIS als "Spitzel" arbeitet, um die Hintermänner einer terroristischen Vereinigung zu entlarven. Sam beschwert sich bei Hetty über den Einsatz von Moe und geht undercover ins Gefängnis, um Moe zu beschützen...

Im Stützpunkt Pendelton wird in ein Lagerhaus eingebrochen, in dem hochsensibles Material gelagert wird. Da die beiden Einbrecher überrascht wurden, bleibt unklar, was sie gesucht haben.

Stephanie Walters, eine ehemalige Angehörige des Navy-Nachrichtendienstes, wird auf offener Straße erschossen. Die Nachforschungen des Teams führen zu einer gemeinnützigen Organisation, die sich in der Dritten Welt um die Trinkwasserversorgung kümmert. Sie erfahren, dass Stephanie seit Längerem nicht mehr für die Organisation tätig war. Die Ermittler stoßen auf einen früheren NSA-Agenten und Hettys Bekannten Larry Basser. Stephanie war in seinem Auftrag in Afghanistan unterwegs.