少年韦小宝刁钻聪敏，为人口甜舌滑，乃市井之徒。自小随母居住扬州丽春院，韦春花出身青楼女子，与儿子韦小宝相依为命。 韦小宝从小听书听戏，更羡慕戏文中的英雄好汉，为了做英雄，他凭一时之勇杀了黑龙鞭史松，搭救了落难的江湖好汉茅十八。茅十八心里虽感激韦小宝援手，便嘴上却骂他用这种下三滥的手段，是江湖人最看不起的，韦小宝因杀史松不能在扬州呆下去，韦小宝向茅十八死缠不休，茅十八无奈，只好带他离开扬州，前往京城。 在京城酒店内韦小宝惹是生非，茅十八和几个布库打了起来，茅十八摆脱困境，正要带韦小宝离去时，却被一老太监击倒在地，布库把茅十八擒住交给老太监海大富，韦小宝和茅十八被带入宫中审训。 皇宫中，老太监海公公查问茅十八来京目的后，一掌将茅十八打飞出墙外落在杂役的草车上，韦小宝趁海老公公犯病之时，施展诡计，在海老公的药中加重分量，将他眼睛毒瞎，又将小太监名叫小桂子的杀死。

韦小宝从此便冒充小桂子在宫中做假太监来服侍海老公公。海老公公用摇骰子来试探韦小宝。海老公叮嘱韦小宝去赌博时要把银子借给打扫上书房的温家哥俩。 一日，韦小宝赌博归来，不小心走进了比形厅偷食吃，正遇到一个自称小玄子的小太监来练武，韦小宝便主动上前与他交量，这少年正是小康熙帝玄烨，二人不打不相识。 韦小宝和小康熙从此成了好朋友，小康熙从韦小宝的身上拥有了属于自己年龄的生活，二人互吐心声，给小康熙带来了一段崭新的快乐童年。海大富早已识破韦小宝，也乘机利用他和小玄子的比武来寻找害死荣亲王、董鄂妃、孝康皇后及贞妃的死因，不负老皇爷的重托。 顾命大臣鳌拜对太后的蛮横无礼，让年幼的康熙所忧虑。

海大富断定小玄子背后的师傅就是宫中高人，夜探慈宁宫探虚实，却看到皇太后在教小康熙练武。 小康熙一直在隐瞒自己身份的情况下和韦小宝玩起了泥巴仗，韦小宝陶醉在快乐之中，早已忘记了海老公公的重托，海老公公要韦小宝逼迫温家哥俩还银子，如还不上，就让他们哥俩带你到上书房见一见皇上，趁机偷一本叫《四十二章经》的书。 温家哥俩果然中了海老公公的计，就挑皇上不在的时候让小宝进上书房看了看。 大殿之上，鳌拜不满康熙维护苏克萨哈，为了显示自己的势力，以及给康熙一个下马威，私自假传圣旨把苏就地处决。企图谋夺帝位。小康熙深知也无可奈何。 小韦小宝等待小玄子来摔跤，不知不觉地也来到了大殿上，让众臣误认是刺客拉出斩首，韦小宝大声呼救，小玄子听到韦小宝的声音推开侍卫，拼命呼喊：小桂子。韦小宝这才发现和自己一起摔跤的小玄子就是当今皇帝康熙。小桂子跪地连叫小玄子：皇上。让小康熙伤心之极大哭起来，小桂子再也不会和小玄子了真打真摔了。 海老公告诉韦小宝他早已经知道和他摔跤的就是当今皇上，海老公要韦小宝继续学功夫，要不小玄子会对他没有兴趣。 书房内，小康熙与鳌拜在处理苏克萨哈的事情上有严重分歧，引起鳌拜的愤恼，幸得偷听的小宝冲出来，机智把鳖拜的气焰消除，才让康熙免了这一劫。 小康熙带韦小宝来到他安排的布库房看摔跤，小康熙是别有用心的。

小康熙看见鳌拜对自己戒心消除，认为是消灭鳌拜好时机，小康熙巧设计谋，不露声色地召集布库房的小太监们来到书房，让鳌拜以为他安于逸乐，不闻朝政，于是寄情摔跤，让这群小太监以戏耍角力为名擒杀鳌拜，韦小宝陪伴在侧，见机行事突袭鳌拜。在皇上受到鳌拜的威胁时，韦小宝一招撒香灰让武艺高强的鳌拜摸不着头脑，被众太监用金丝钩擒住。 小康熙召来康亲王和索额图，并讹称鳌拜带刀行刺皇上为由，将鳌拜欺君犯上的罪名监禁，并下令抄家，派索额图和韦小宝到鳌家寻找四十二章经。 索额图深知皇上用意，在鳌家这一老一小结拜为兄弟，假戏真做，收买心腹眼线。也将自己官场发财秘诀相授于年幼的韦小宝，韦小宝也意外地得到了锋利的宝刀及护甲衣两件宝物。 小康熙和小韦小宝将鳌家抄来的两本《四十二章经》送给皇太后，皇太后得知小宝擒拿鳌拜有功，升他为六品首领太监，但这时的小韦小宝正等待机会离开皇宫。

韦小宝得到太后赏赐，由宫女蕊初陪同小韦小宝吃蜜饯，小韦小宝乐在其中，对蕊初姐姐别有一番情义，约蕊初夜晚在后花院中一起吃蜜饯。 海大富准备动手杀了韦小宝之后，再去找皇太后讨说法。韦小宝见海公公入睡，悄悄起床要找宫蕊初约会，却被海公公拦下，逼问韦小宝说出是谁指使他潜伏在他身边的，是谁指使他毒瞎他的眼睛。海公公早就对韦小宝有疑心，每天在他喝的汤里下了毒，让他一天天的痛死过去，韦小宝抽出宝刀和海公公拼个死活，被海公公一掌打飞出门，海公公中刀发现小宝不见，没想到韦小宝有宝衣护身保住了性命，又来到慈宁宫找蕊初赴约。 海公公到慈宁宫告之太后有关顺治帝在五台山的消息，且查明瑞敬皇后及荣亲王是被太后所杀，于是双方大打出手，两败俱伤，小宝在一旁观战，得知了有关皇室的秘密，小宝乘机把海公公杀死，救下太后。皇太后为封韦小宝的嘴，封他做了尚膳司副总管，没上任太监就送来了第一笔银票。韦小宝决定在宫中多呆上几年。 韦小宝陪伴着康熙度过快乐的每一天。二人长大成年。韦小宝和康熙来到儿时比武的练武厅中，韦小宝这些年来都不敢与康熙真得摔跤，他那求饶的奴才样激怒了康熙，康熙痛骂韦小宝，韦小宝任由康熙摔打都不还手，康熙伤心地自己打起了皮人，韦小宝看着伤心的康熙，想起了儿时的他们，为了让小玄子开心，决定再做回小桂子。二人又回到了童年，开心地摔打着。

鳌拜在牢中经常胡言乱语，康熙恐怕鳌之馀党反抗，暗示小宝将鳌拜消灭，当小宝正在暗杀鳌拜之际，巧遇天地会也前来刺杀鳌拜。韦小宝在误打误撞之下，将鳌拜杀死，却被天地会众人捉走。韦小宝看到天地会的英雄好汉将鳌拜首级祭祀亡灵时，搞不清楚是怎么回事，和天地会众好汉说起了他被掳进宫的事情，说起了茅十八。韦小宝怎么也没想到在天地会青木堂内能又遇到茅十八，才得以保住性命。 康熙知道韦小宝被捉，非常震怒，逼康亲王及索额图尽快寻回。 天地会誓言，谁杀了鳌拜谁就来做香主，这一时为争青木堂香主之位天地会的英雄好汉们没了主意，准备带着这个杀了鳌拜的清廷太监去见总舵主陈近南。 韦小宝见到陈近南有一种特殊的感觉，很乖乖地把实情都说了出来，陈近南得知韦小宝是个冒牌太监，正和他意，以免天地会兄弟之争伤了和气，陈近南召集天地会兄弟在尹香主的灵位前宣布收韦小宝为徒，并封他为青木堂香主。 韦小宝按照陈近南的安排回到皇宫，骗取了皇上。躲过了这一劫。 小宝藉词出宫打听鳌拜余党，乘机来见陈近南。韦小宝毒发，陈近南为他施内功逼毒出来，小宝感激不尽。奉陈近南之命继续回到皇宫卧底。 杀了鳌拜之后，康熙长大了，敢于想，敢于做，韦小宝的一切行动就尽在康熙的掌握中了，二人慢慢有了转变，形成了“控制”的关系，“君臣”关系真正确定了。

皇上提到天地会让韦小宝心惊胆颤，捏着一把冷汗。 天地会徐天川神秘失踪，韦小宝被秘密召来拿主意，原来徐天川与沐王府双白因为谁是光复大业的正统而引起争执，导致徐天川伤重垂危，白寒松丧命。天地会认为沐王府为了寻仇而将徐天川捉走。 于是天地会钱老本将沐王府小郡主沐剑屏掳来送进宫中交给韦小宝看管，以免辱没了小郡主的身份。 小郡主“委婉的默许，特有的单纯”吸引了韦小宝，韦小宝和她玩起了少男少女的游戏。把小郡主摸成了一个大花猫的样子寻开心。 云南平西王吴三桂之子吴应熊作客于康亲王府，其手下皆武功非凡，王府中人挑衅亦忍让，小宝佩服并暗中笼络。听戏时，小宝无意中发现邓炳春鬼鬼祟祟地来到康亲王的佛堂，韦小宝好奇之心跟着邓炳春来到佛堂，原来他们在转移一本《四十二章经》，却被韦小宝轻而易举地盗去了这本经书。

沐王府带着“大明山海关总兵府字样”的兵器进宫行刺，来诬陷云南平西王吴三桂。 皇太后决杀韦小宝以免有后患，但反被小宝所伤。沐王府等人被侍卫围攻，追杀到了韦小宝的住处，方怡因抵不过让众兄弟暂时躲避，在韦小宝房中的沐剑屏闻听刺客用其沐王府的暗号，并求韦小宝出手相救，带方怡师姐回房内疗伤。韦小宝为方怡疗伤仍不忘调戏一番，可在紧急关头，韦小宝还出手援助，让沐剑屏对他另眼相看。 皇太后杀韦小宝未能得手，又派收卖的宫中侍卫瑞栋来杀小宝，韦小宝洞悉是太后所为，吓唬瑞栋，引他入室，武功高强的瑞栋反被韦小宝所杀，并取走他身上的四十二章经。太后接连又派太监冒充皇上的太监骗得韦小宝去其寝宫，欲杀韦小宝。

路上，这帮太监的动机却被韦小宝机灵悉破，利用银票逃脱，太后无奈又亲自下手拦截韦小宝，韦小宝利用瑞栋花言巧语讹称已得悉太后秘密逼太后放手。韦小宝中了太后一掌化骨绵掌，回房赶紧把瑞栋的消尸灭迹，以免不测。 沐王府众人被抓，方怡担心师哥刘一舟，小宝地帮她打听。康熙问起小宝杀刺客的经过，小宝顺势称赞康熙教导武功有方，康熙推测刺客的招数非平西王府中人。康熙教小宝拿着刺客证物去敲诈吴应熊，趁机探其虚实，回宫后小宝将所见告诉康熙，康熙从中猜测吴三桂已秘密上京且有意谋反。韦小宝用吴应熊所赠之银两收买人心。 沐剑声从吴应熊手上救出徐天川，却要天地会为徐天川误杀白寒松一事作出交代，小宝以香主身分答应救出沐王府刺客以抵徐天川之过。

韦小宝回宫后将反贼情况汇报给康熙，康熙心中早已有数，命韦小宝将刺客放走，以引出主谋。韦小宝牢中戏弄刘一舟，房中挑逗方怡，让方怡对他痛恨入骨，紧急时韦小宝却装出大丈夫的气魄帮助方怡，让方怡为之感动，写信给牢中的刘一舟师哥，让他们配合韦小宝救他们出去。刘一舟、吴立身见到韦小宝拿来方怡的字据和花押标记也都相信了韦小宝，配合韦小宝，假装要喝酒，韦小宝却不给喝，却让众侍卫喝，碰巧，皇太后派老太监董金魁来牢房找韦小宝，却被韦小宝也诬陷灌酒刺死，韦小宝便顺水推舟救出刘一舟、吴立身、敖彪三人。同时也取得方怡姑娘发誓嫁他为妻的誓言，一举两得。 在康熙的安排下，张康年配合韦小宝救人的行动天衣无缝。

方怡感谢韦小宝救出刘一舟。陈近南也抵京探望小宝，沐王府人等为答谢天地会相救与陈近南见面，惜双方各为其主，为太子正统问题再起争执，场面一触即发。陈近南提出先杀三桂的一方就可号令另一方手下恢复大明的协定，众和议。李西华出现和陈近南一战也要加入刺杀吴三桂之列。 韦小宝向康熙说出刺客之主谋及嫁祸太后所派的太监，康熙带小宝向太后请罪，太后借故留下小宝在身边。太后派柳燕跟小宝回房取四十二章经，方怡刺毙柳燕后与小宝、剑屏出宫，却遗下订情的珠钗，小宝回房取钗时发现柳燕的断脚并未化去，决用来吓太后，却意外偷听到太后与师兄邓炳春的对话。小宝意外发现皇太后榻下的暗阁，乘机偷走三本四十二章经，却见到了正前来盗经的宫女陶红英，陶红面刺伤皇太后和邓炳春打了起来，韦小宝暗中救下陶红英，二人逃出慈宁宫。

陶红英告诫韦小宝事事要小心，离去。韦小宝发现皇太后并没有死，知道以后很难躲过皇太后的毒手，决定向康熙讲出真相后便离去，于是将出身到入宫及至发现皇太后和海大富的对话一一告诉康熙，康熙得知韦小宝并不是太监之身并不气愤，而对太后的秘密不可相信，与小宝窥探皇太后，果然发现死去的宫女为男人所扮。康熙为怕打草惊蛇，只派小宝到五台山找顺治帝。 陶红英再次告诫韦小宝不能参和皇上和皇太后的事情，并告诉他四十二章经的秘密原由，和神龙教的势力，要他行事小心。韦小宝感激跪拜陶红英为姑姑。 方怡感激韦小宝冒险帮她找回头钗，又把她送出宫，并委托天地会徐天川护送方怡、沐剑屏回石家庄。

韦小宝将得来的四十二章经藏在天地会马棚的棺材里，和方怡、沐剑屏告别后，前往山西五台山找顺治帝。 回石家庄途中，方怡碰到了刘一舟和吴师叔、敖师哥，夜间住店时，刘一舟偷听到方怡和沐剑屏二人互吐心丝，发现方怡的心倾向韦小宝，决杀韦小宝以解心头之恨，却反着了韦小宝道儿，受尽皮肉之苦，更在吴师叔、敖师兄和方师妹面前出丑，让方怡更加看不起刘一舟。 天降大雨，众人入破庙避雨，刘一舟见方怡与韦小宝态度亲昵，怒气再起。碰巧破庙倒塌，韦小宝等人又来到庄家鬼屋避雨，遇到神龙教陆高轩。 鬼屋中的恐怖让刘一舟显出他的懦弱，出卖韦小宝。正让陆高轩从他嘴中得知韦小宝就是他们神龙教要找的桂公公。庄家鬼屋主人得知韦小宝是杀子鳌拜的桂公公，从陆高轩手中救下韦小宝，但方怡、沐剑屏却被陆高轩和胖头陀掳走送往神龙岛。

庄家鬼屋主人庄三少奶奶为报恩将双儿终生交托给韦小宝，双儿伤心告别庄家三少奶奶，跟随韦小宝前往五台山，做了韦小宝的护使。 双儿将自己的身世和庄家的事情都如实告诉了韦小宝，韦小宝发誓要帮双儿抓到吴之荣这个贼人，替她出气。 韦小宝乔装善信来到清凉寺见到方丈，要在这里做法事，遭到方丈的拒绝。韦小宝向方丈提出，他要亲手将母亲准备的礼物赠送给寺内众僧，方丈无奈只好应允，赠送礼物之时，却不见顺治踪影。正巧巴颜率众喇嘛借口要找被擒小喇嘛实捉顺治，却被小宝识破，韦小宝设计，再合力双儿武功高强制服巴颜，老方丈感激相救之恩带韦小宝去见顺治的师傅玉林，却遭到玉林大师的拒绝。双儿得知韦小宝为清廷做事，伤心之极，韦小定告诉双儿自己真正的身份，双儿破涕为笑。韦小宝担心顺治安危，决定半夜潜入“偷”走顺治。

韦小宝夜潜顺治的山洞内，说服顺治暂时躲避喇嘛，却被玉林赶来阻止。巴颜又率喇嘛折返清凉寺，幸少林寺四大金刚及十八罗汉赶至，将他们击退。顺治交给韦小宝一本四十二章经，着其转交康熙，并要他谨记“永不加赋”四字。小宝与双儿下山时遇到神龙岛胖头陀，韦小宝被擒及被迫交出经书，幸四大金刚及众罗汉相救，并沿途护送返京。 韦小宝将顺治的四十二章经收藏在京城一客栈内，又带双儿游市集，却误上了胖头陀安排的“贼车”被拉往郊外。韦小宝与方怡重遇，方怡态度异常变化，让韦小宝摸不清头脑，方怡谓称沐剑屏正在“神仙岛”等候韦小宝，韦小宝不虞有诈答允一同前去接沐剑屏。 韦小宝乘船和方怡来至“神仙岛”，却误被蛇咬，幸蒙陆高轩所救。

方怡把韦小宝骗上岛，洪夫人并不守约把解药给于方怡和沐剑屏，方怡才知自己中了圈套，暗骂自已骗小宝。 神龙大殿上，陆高轩、胖头陀带着韦小宝见过了教主夫人苏荃，韦小宝的花言巧语惹得洪夫人开心逃过了一劫。也得悉神龙教派人假扮太后潜服宫中十多年，企图盗取大清命脉藏宝图。教主夫人苏荃为四十二章经一事要赐死锺志灵，志灵反抗，正碰灵蛇吐雾，众人顷刻纷纷倒下。陆高轩指使韦小宝杀死洪安通与洪夫人苏荃，却被人群中的沐剑屏制止。小宝才得知沐剑屏中了洪教主的毒，只有教主才能解得开，韦小宝劝说神龙教合解，立此大功，洪教主封韦小宝为新的白龙使，并传授他六式武功防身，小宝答应设法带方怡、沐剑屏离开，遂自告奋勇为洪安通找经书，却未料苏荃只派陆高轩及胖头陀随行。 韦小宝神龙岛重遇双儿，带着洪教主交给他的任务离开神龙岛，前往京城。

京城内，韦小宝将陆高轩瘦头陀二人和双儿分别安顿，自行入宫，向康熙汇报一切，遇建宁闯入要康熙和她比武，康熙妄称韦小宝是自己的徒儿，建宁公主要韦小宝陪她一起玩。 建宁公主无理取闹，令到宫女及侍卫退避叁舍，对韦小宝一顿拳打脚踢，强迫韦小宝一起玩，且烧了韦小宝的辫子，小宝气愤之下痛打建宁，但建宁非但不怕反而欢喜，原来她有被虐狂。康熙看到韦小宝被建宁打得遍体鳞伤，有些内疚。 次日，韦小宝又来到建宁寝宫，享受建宁的服侍，做起了桂贝勒。正好让赶来的太后撞个正着，太后看到自己要追杀的人在自己女儿被窝中，气愤之极，要杀韦小宝出气，危急时刻，韦小宝的白龙令掉在地上，太后发现韦小宝正在神龙教的新任白龙使，立刻俯首听命。

康熙连升韦小宝品级，是要派韦小宝上少林寺当和尚，韦小宝烦恼也无济于事，只好乖乖地安排好陆高轩和胖头陀在京等待，带着双儿前往少林寺。途中，遇到王屋派偷袭军营，却被小宝用掷骰子制服，刺客中却有一位美貌姑娘柔让韦小宝顿生好感，特意放走各人，令曾柔对他生出爱慕之心，要求韦小宝把手中的掷子送她留作纪念。 韦小宝剃度为僧让双心伤心，韦小宝委托张康年把双儿安置在山下等他。韦小宝在少林寺度日如年，一日，韦小宝出寺闲逛，竟碰到天下美女阿珂和阿琪在水中嬉戏，韦小宝对阿珂的美貌迷惑，发誓要娶她为妻，韦小宝从阿珂和阿琪的谈话中得知她们是要找她们的师父，扮做小神仙给阿珂姐妹占起卦来，韦小宝说出她们的去向，阿珂阿琪信以为真来少林寺找师父，却和少林寺小和尚净济打了起来，韦小宝也加入战团，无意之间抓了阿珂胸部一把，阿珂受辱割颈自刎。

阿珂被老和尚澄观救起，带到少林寺中养伤，韦小宝却受到了方丈大师和师叔祖们的审训，韦小宝说自己是因为自卫才不小心抓了她的胸部，并不是有意。 韦小宝要澄观师侄帮他破解阿珂姑娘的招数，澄观的回答让韦小宝伤透了脑筋，夜间，阿珂不顾伤口离开寺庙，在少林寺附近等待韦小宝出寺找他算帐，韦小宝因阿珂走后，无聊之际来到山下一所妓院，他内行的口调让妓院老板对他百依百顺，配合韦小宝男扮女装逃过阿珂和阿琪的双剑。 韦小宝躲在寺中不敢再出来，去向澄观师侄求助，二人一起偷偷出寺门，正好让在此等候多时的阿珂和阿琪撞上，澄观被迫和阿珂、阿琪动起手了，阿琪败在澄观手下，舍弃师妹阿珂先行离去，韦小宝将被澄观点了穴的阿珂抬进庙中，这让澄观不知如何应对。 韦小宝挑逗阿珂遭到阿珂的反感，本想乘机轻薄阿珂，阿珂却冷面相待，痛骂韦小宝是淫僧。韦小宝一时不知如何应对，跪地面对佛祖发誓今生要娶阿珂为妻。韦小宝解开阿珂穴道却被阿珂刺伤。阿珂逃出寺庙，韦小宝伤心意绝。

阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅，要少林寺交出阿珂，吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公，替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智，令葛尔等人知难而退，只好离去。张康年传圣旨来到，原来康熙命令韦小宝上清凉寺当主持，实则是从少林寺绕个圈，再带些人去保护顺治，这样不容易引人注目。 韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺，五台山的清凉寺被数千名道士包围，目的是活捉行痴大师（顺治帝），小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮道士带行痴等人逃离清凉寺，半途碰到赶来微服出行的康熙。顺治经不起康熙的苦苦哀求，父子终于相认。

顺治亦将四十二章经的秘密告诉康熙，叮嘱他要做个好皇帝，便跟着玉林大师离去，康熙含泪目送父亲。 康熙在殿内参拜时，却遭来九难刺杀他，幸得小宝舍命相救，被九难劫走。小宝为了脱身，再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。适逢每年三月都是明崇祯的死忌，于是九难便带小宝去京城，上煤山拜祭崇祯。 康熙未能找到小宝下落，怒责多隆和张康年，要多隆留下继续寻找韦小宝下落。启驾回京。 韦小宝带九难来到皇宫，九难没想到竟碰上昔日的宫女陶红英，原来九难师太就是长平九公主。陶红英将四十二章经的事情告诉了九难。九难入慈宁宫探个虚实。

九难逼问太后说出四十二章经的秘密，二人更大打出手，九难将太后的化骨绵掌尽数转移到她身上，太后为了自救，说出她不是真皇后，她是明代后人毛东珠，真太后已被她软禁。 九难和小宝又得到了建宁公主从康熙那儿偷来给太后一本四十二章经，九难仔细揣摩，发现四十二章经的封面内藏有细小羊皮，必须集齐八本才能并出完整地图，才能破得大清龙脉。 九难带着小宝来到崇祯陵墓，韦小宝没想到竟和阿珂在这里又相见了，还是九难师太的徒弟，韦小宝故意装做无辜可怜让阿珂责骂，九难看阿珂得寸进尺，制止阿珂来维护小宝，令阿珂非常生气。 小宝重遇阿珂开心不已，还说要娶她，令阿珂对他非常痛恨。阿珂三番四次被小宝轻薄，转告九难又被她责骂。阿珂骗取小宝替她摘取河中荷花，韦小宝跳入水中为阿珂摘花，露头时却见阿珂一把剑指着他，韦小宝使坏将阿珂拉下水中。 九难却因经书遭来喇嘛的追杀，韦小宝和阿珂赶回客栈，看到众喇嘛围攻九难师太，九难不敌，幸得小宝略施小计刺死三名喇嘛，不过九难已身受重伤。韦小宝带阿珂、九难逃走，在途中巧遇阿珂的朋友郑克塽，郑克塽说自己是台湾郑家二公子，更邀请九难共同赴河间府出席“杀桂”大典。九难答应和他一路同行。

巴颜追到酒馆发现九难伤势还未复原，要她交出四十二章经，郑克塽出面却被巴颜一掌打飞，韦小宝看到阿珂的心上人出丑，乐在其中，大展妙计，收卖酒保，将蒙汗药撒在酒中 乘机逃走。躲进了草垛之中，韦小宝捉弄郑克塽却被赶来的巴颜抓住，阿珂出面相救郑克塽，韦小宝无奈只好为了阿珂出面和这群喇嘛玩起了智斗，这群喇嘛败在小宝手下，小宝戏弄喇嘛，将空皮四十二章经撒上化尸粉扔给喇嘛，喇嘛中计被化尸，巴颜抱着空经书离去，九难感激小宝让她避过了这一劫，小宝为求接近阿珂，趁机请九难收他为徒，九难欣然答应。 郑克塽带着阿珂去参加“杀桂”大会，却让韦小宝不开心，九难师太看出韦小宝的心事，带他到树林中传授武功“神行百变”。

韦小宝跟踪郑克塽和阿珂，却被阿珂责骂，韦小宝痛狠郑克塽之极，但无能为力，碰巧遇见来找他的多隆和一群侍卫，韦小宝借多隆之手痛打郑克塽，又乘机卖弄英雄救美的本事。 让郑克塽受尽皮肉之苦，也在阿珂面前出尽丑像，可阿珂对郑克塽仍就不死心，这让韦小宝伤透脑汁。 韦小宝又碰上沐王府的吴立身，编取谎言诽谤郑克塽对天地会不利，要吴立身为他出气，吴立身召集附近村民拦截郑克塽的去路，诬陷郑克塽非礼农家女孩，要郑克塽讨个公道，娶这个农家丑女为妻，吴立身将郑克塽押回村中，演了一出“高老庄成亲”的戏中戏，让阿珂哭笑不得。

阿珂被迫在乡民的撮合下和韦小宝成了亲，郑克塽师傅冯锡范赶来救出郑克塽，一切真相大白，让韦小宝很难堪，阿珂知道是韦小宝所为，更憎恨韦小宝。九难得知怒嘱小宝、阿珂不得再与郑克塽来往，并与二人回京。 韦小宝受九难之托回宫打控虚实，多重身份的韦小宝也让自己很为难。韦小宝把死里逃生的经历讲给了康熙听，把罪责都推在吴三桂的身上，提议借他人之手铲除吴三桂。这也正和康熙之意，韦小宝带康熙借意搜太后寝宫，正好撞上来找假太后偷情的神龙教瘦头陀，瘦头陀带毛东珠落荒而逃，真太后获救。韦小宝也乘机取走了瘦头陀留下的一本四十二章经。 韦小宝来到天地会据点马棚取经书时，碰到了冯锡范和郑克塽为难师父陈近南。韦小宝躲在棺材中等待时机。

冯锡范污蔑陈近南背叛郑王并下手暗算，韦小宝见师父陈近南不敌，暗中撒出石灰粉吓退锡范，将郑克塽关在棺材之中，天地会人劝总舵主陈近南及早脱离郑家及两公子之斗争。陈近南不服，要去台湾和郑王说个理，打开棺材时却发现郑克塽不见了，天地会关安基死在棺材之中。韦小宝取出六本经书，将内藏的羊皮全部取出保存，又将经书皮缝好，把空经书交给陆高轩送往神龙岛交差。 建宁因被赐婚嫁与吴应熊而大吵大闹，康熙派小宝做随行赐婚使，实则要他找回三桂的四十二章经。其后，康亲王因经书被偷，来求韦小宝帮忙仿制经书，好向康熙交差，小宝便做了个顺水人情。事成后送小宝一座子爵府作谢礼，小宝大喜。 九难和阿珂决随小宝前往云南，护送途中，韦小宝被建宁用蒙汗药迷倒，醒后发觉赤身被公主困绑及施以酷刑，九难为救小宝掷阿珂入房，阿珂掩面救小宝后离去。小宝松绑后还击，建宁施媚功求饶，小宝终受不住引诱与建宁一夕风流。

快到云南之时，建宁威胁韦小宝杀掉吴应熊，韦小宝敷衍答应，却心事重重。 吴三桂隆重迎候公主，宴请韦小宝，韦小宝见到吴三桂却明知故问戏弄一番，并乘机敲诈一笔，让吴三桂摸不着头脑。 吴三桂带韦小宝见识了他书房中的三宝，让韦小宝大开眼界，韦小宝出言相讥，对府内各陈设加以批评，暗示三桂谋反之心，三桂再动杀机，让吴三桂很不乐意。吴三桂仍装做笑脸地一对火枪相赠于韦小宝。 韦小命暗中安排徐天川、玄贞道人去查探杨溢之下落，发现杨溢之已被吴三桂割去四肢、双眼及舌头，以免他泄露谋反一事，小宝大怒。 决定要查个水落石出为杨溢之报仇，徐天川等人掳来蒙古使者罕帖摩审个明白。

韦小宝从罕帖摩口中探出吴三桂要联合蒙古、西藏，罗刹国及神龙教，四路夹击谋反。 罕帖摩的失踪让吴三桂着了急，吴三桂安排吴应熊借救火之名闯入安阜院公主寝宫搜罕帖摩，却中了建宁公主的阴谋，小宝将计就计，说吴应熊冒犯建宁公主为由，公主自卫才将吴应熊阉割。吴三桂誓要报仇。 韦小宝得知阿珂行刺被吴三桂所擒，向九难求救，九难当面拒绝，而后悄悄去三圣庵找陈圆圆告知，陈圆圆来找吴三桂，去牢房中看自己失踪多年的女儿阿珂，母女相认，阿珂告诉陈圆圆只有韦小宝才可救她。 韦小宝藉词探望吴三桂，后又见到刺客。赫然发现被囚禁的竟是沐剑屏。

韦小宝吓唬夏国相，遂使计谋将剑屏带走。沐剑屏将忆述离开神龙岛后，再遇剑声、大洪等人，正商量对付吴三桂之计时，却被三桂手下擒获。至此，小宝知已中了吴三桂的圈套。 这时，小宝又接到一道姑送来救阿珂的字条，韦小宝跟道姑前往，韦小宝在三圣庵的书架上意外发现四十二章经，乘机偷走。原来接见韦小宝的正是陈圆圆。陈圆圆道出自己的过去及阿珂的身世，韦小宝庆幸阿珂乃吴三桂女儿，应可保命，陈圆圆要阿珂认吴三桂为父亲，却遭到阿珂亲生父亲李自成的拒绝，这时的吴三桂已经布下重兵围捕三圣庵中的韦小宝等人，李自成和吴三桂展开一场生死决斗，九难出现解围。

韦小宝要九难师太将此事交他处理，韦小宝趁机要挟吴三桂交换阿珂等天地会的人质，再“请”吴应熊陪同返京，以防吴三桂出耳反耳。 阿珂一时感怀身世便要自寻短见，被赶来的亲生父亲相劝，阿珂痛责李自成没有权力管她，李自成为救阿珂二人一同掉入悬崖之下，幸好被郑克塽、冯锡范救下，并安慰她不要轻生，阿珂为之感动，也认了李自成为父亲。 双儿几经周折又回到韦小宝的身边，钱老本带天地会吴六奇、马超兴来见韦小宝，并告知李自成和阿珂的行踪。韦小宝赶到柳江却发现李西华和李自成打成一团，李西华为父报仇要李自成给个交待，李自成溺水而死让李西华也感到一丝悲伤，一直跟随陪伴陈圆圆的胡逸之赶来和冯锡范一比高低，击败冯锡范和韦小宝讲起了自已跟随陈圆圆的初衷，让韦小宝非常敬佩，吴六奇敬佩双儿要和她结为兄妹。

韦小宝和胡逸之结为兄弟。胡逸之向韦小宝要阿珂，只因为了陈圆圆一病不起，要把阿珂带回云南。韦小宝对郑克塽一顿毒打出了气才放他走，和吴六奇在大江风浪之中唱起来了沉江。 韦小宝回京将云南吴三桂所作所为向康熙一一汇报，又把从云南押来的蒙古特使汗帖摩交给皇上，这一切也早在康熙掌握之中了。 双儿成功帮韦小宝把八部四十二章经中的羊皮藏宝地图砌成，藏宝地点就在关外的鹿鼎山。双儿将满文分别印出，找笔帖式把满文译成汉字，韦小宝将这些秘密藏在心中，烧掉这些羊皮，以绝后患，害了康熙。 康熙借助外国人的科技，成功制造出大炮，并下令小宝歼灭神龙教。小宝知人善用，向康熙征用索额图向他推荐的施琅一起去攻打神龙岛。这一切都被跟随他的胖头陀和陆高轩发现，二人赶赴神龙岛汇报。

韦小宝从水中救起瘦头陀，知道神龙教发生内讧，于是小宝以通吃岛为军事基地作指挥，把神龙教打得落花流水。 苏荃以方怡做鱼饵，活捉韦小宝，幸好被双儿救出脱险，二人逃到关外，在雪地之中碰到了罗刹国的公主苏菲亚，二人玩起了赛雪橇，苏菲亚被摔下马车，韦小宝救下苏菲亚，以口甜舌滑，骗得罗刹公主信任。韦小宝带着被软禁的苏菲亚公主回国。 韦小宝误入罗刹人的城堡，偷听到神龙教教主与罗刹人密谋作乱，要从天津攻打大清，令韦小宝非常担心康熙的安危。 韦小宝略施小计，令苏菲亚做上了摄政女王，韦小宝也成了罗刹国与大清建立的邦交，从此两国互不侵犯。

韦小宝再此立下大功，被册封为一等忠勇伯。韦小宝和康熙讲起在牡丹江以北有罗刹人杀人的事情让康熙非常气愤。 三藩再次上书要求削藩，吴三桂目的是藉着削藩而起兵作乱，康熙知道便与小宝串谋，令朝中大臣因吴三桂密谋作反而赞成削藩。 康熙为了令老百姓心悦臣服，于是派小宝去扬州建忠烈祠；另外，为了削弱吴三桂旧部属重投怀抱，要小宝派兵围剿王屋派，韦小宝找来攻打神龙岛的赵良栋献策，欲七擒七纵王屋派。

吴应熊想骑云南飞马逃离京城，于是与韦小宝打赌赛马，韦小宝为了取胜给飞马吃了巴豆，令飞马肚泻不能奔驰，错有错着地把吴应熊活捉了回来，令吴三桂不敢轻举妄动，又结识了一个好哥哥王进宝。 韦小宝到王屋山，派天地会众兄弟上山劝服司徒伯雷答应假降满清。韦小宝再一次地遇到了曾柔，曾柔和韦小宝产生爱意，让韦小宝乐不思蜀。这时，神龙教洪教主等人也悄悄来到扬州，要活抓韦小宝。 韦小宝来到扬州就匆匆换了装束赶往丽春院看望多年不见的母亲，正巧阿珂也陪着郑克塽来和葛尔丹王子密约，商量造反之事。

韦小宝却看到母亲韦春花正陪着阿珂和郑克塽喝花酒，气愤之极，利用母亲倒酒之际把偷老鸨的迷春药倒入阿珂和郑克塽的酒壶之中。郑克塽和阿珂都双双被迷倒，韦小宝本想乘机对阿珂无礼，却被母亲当成小偷，罚他把全身所带银票都退还给了郑克塽，让韦小宝气不服，趁母亲韦春花睡着之际，偷偷遛回府上。 韦小宝命双儿给他换上官服，带着清兵、双儿和曾柔来到丽春院捉拿郑克塽，却被赶来的葛尔丹擒住，韦小宝争中生智，花言巧语骗取了蒙古葛尔丹王子和阿琪，又和葛尔丹结拜为兄弟。

苏荃带神龙岛众人扮做戏子前来丽春院擒拿韦小宝，反被韦小宝识破，韦小宝利用下了迷春药的酒把他们全部迷倒。 苏荃、阿珂、方怡、剑屏、曾柔、双儿六女云集丽春院，小宝大喜，与她们大被同眠。 天地会兄弟发现韦小宝不见，来到丽春院寻找，却发现韦小宝从丽春院大床的被中钻出来，让天地会兄弟不知所措，韦小宝命天地会兄弟砸开丽春院大门，把大床抬回何园府上继续审问。 巨大的大床在扬州水路上摇曳滑行，引来了大家的各种议论，天地会兄弟守候韦小宝门外，以防不测，众女醒来在大床上大打了起来，逗乐了韦小宝。六女争执不休，终于打塌了大床，让天地会众兄弟目瞪口呆。

阿珂宁死不屈，曾柔怒骂韦小宝欺压百姓，韦小宝伤心地让阿珂与郑克塽回台湾。也放过了方怡和苏荃。只留下双儿和沐剑屏来安慰韦小宝。 吴之荣又想用“文字狱”陷害顾炎武和吴六奇，却被双儿正好撞上，双儿求相公杀了吴六奇替庄家报仇。 韦小宝利用吴之荣的一封反信，偷梁换柱反诬告吴之荣帮吴三桂谋反，替庄家报仇及保护了天地会。 韦小宝接到圣旨要回京复命，只好与母亲韦春花分别。 在押解吴之荣到庄家鬼屋途中。遇上归氏一家三口。天地会看不惯归钟替吴三桂说话，和归钟打了起来。

韦小宝欺骗归家一家，自称是吴三桂之侄，协助三桂反清复明，归氏一家上当，被韦小宝带到庄家迷晕，庄家大仇已报，吴之荣罪有应得。 陈近南得知韦小宝被归家一家擒住，前来庄家相救，却发现归家三口就是杀害吴六奇的凶手。归家三口解药醒来听陈近南一说才知杀错了好人，中了吴三桂的奸计，决定要行刺康熙。 瘦头陀跟踪韦小宝劫囚车救相好毛东珠，却中韦小宝的奸计，无功而惑。 回京后，韦小宝怕归氏三口行刺康熙，故意找岔和归钟掷骰子，却被归父识破输给归钟，只好守誓约将宫中地形说给归家三口，韦小宝偷偷画密函通知康熙小心，显些也被识破。

皇上让韦小宝把押回的毛东珠交给太后处理，没想到太后却受了瘦头陀的要胁护送他们出宫，归氏一家按照地图在皇宫找不到康熙，正好碰到进宫的韦小宝，于是归家三口，胁持韦小宝带他们去刺杀康熙，韦小宝被逼无奈，只好带着归家三口在宫中乱走，正好碰到太后的鸾驾，韦小宝为了救康熙只好对皇太后不衷了，却没想到误打误撞倒替太后杀了来威胁他的瘦头陀和毛东珠。 康熙收到天地会卧底风际中送来的密旨，终于揭穿韦小宝天地会韦香主的身份，康熙要对天地会斩草除根，要韦小宝做为最后的决定，韦小宝进退两难。

此时，归氏一家佯装被擒，突袭康熙，韦小宝挺身相救。康熙念及韦小宝与他深厚交情，放韦小宝一马，并且派多隆寸步不离地“保护”韦小宝。但已布下天罗地网炮轰伯爵府中的天地会及沐王府等人。 韦小宝的伯爵府里天地会兄弟心急如焚，派风际中和双儿出去打探消息，二人却碰上清兵被擒。 韦小宝被康熙软禁在宫中，不得离开半步。韦小宝为了拯救天地会兄弟，不惜违抗圣旨，杀害多隆，扮成小太监逃出皇宫，正好撞上来找他的建宁公主，并告诉韦小宝已经有了他的孩子，要马上和他成亲，韦小宝施计让建宁作掩护连夜逃出宫去。

韦小宝和建宁坐轿到宫门口时却被赵良栋和张康年拦下，韦小宝骗说奉皇上密旨岀宫捉拿吴三桂反贼，要张康年、赵良栋和御前侍卫一同前去立功。 韦小宝利用建宁公主带天地会和沐王府一众逃离伯爵府，因清兵追杀，只好四处分散逃离。韦小宝逃走期间却遇到神龙教教主追杀带回神龙岛。 风际中带双儿逃出找到总舵主陈近南，双儿不见相公，只好随陈近南前往台湾。 陆高轩不愿服洪教主所赐的毒死，激怒了洪教主，陆高轩无意说出了苏荃怀孕的秘密，让众人都很吃惊，让方怡、沐剑屏想起了丽春院那一夜，一定是韦小宝所为，洪教主逼问苏荃肚子里的孩子到底是谁的。

洪教主因苏荃背叛，大开杀戒，神龙教内讧群攻洪教主，陆高轩等人却被洪教主所杀。 洪教主要杀了苏荃以解心头之恨，韦小宝在眼见苏荃性命不保，搬起石头砸向洪安通，用洪安通曾教过他的招式杀死洪安通，洪安通在临死之前才知道苏荃是怀了韦小宝的骨肉。 建宁责骂韦小宝却遭到苏荃的教训，建宁只好忍气吞声。韦小宝带着苏荃、建宁、曾柔、方怡及沐剑屏，离开神龙岛，逃到通吃岛避难。 海上，郑克塽遭到施琅的追击，被赶往台湾的陈近南救下郑克塽，施琅仍不放开，舰队穷追不舍，炮火凶猛，陈近南等人被迫下船来到通吃岛躲避，正好与韦小宝等人相遇，小宝见到阿珂甚是欢喜。

施琅带清兵追上通吃岛，陈近南等人把清兵打得落荒而逃，陈近南劝施琅回台湾，引起郑克爽的不满，被郑克爽偷袭身亡。 韦小宝答应师傅陈近南不杀郑克爽，但要逼郑克爽写下巨额欠条。郑克爽为了保命只好以阿珂做抵押给韦小宝，并告知韦小宝，阿珂肚子里怀的是他的孩子，韦小宝只好放走郑克爽和冯锡范，却被风际中拦住。风际中向韦小宝说明身份，韦小宝万没有想到风际中竟是皇上派到天地会中的奸细，风际中威胁韦小宝却被双儿一枪打死。 韦小宝安葬了师傅陈近南，带着七个老婆来到通吃岛上的一个山洞居住。

大臣们在朝上对炮轰伯爵府之事议论纷纷，康熙心中不快，让阿济赤向大臣们说清楚炮轰伯爵府之事。 通吃岛山洞里，韦小宝和老婆们嬉戏，其乐融融。建宁公主仍不忘和其它人争风吃醋，施计骗取小宝，教双儿给韦小宝请安，让韦小宝想起当年“火烧藤甲兵”的事情，撒腿就跑，建宁挺着大肚子在后面追。阿珂总看不惯这些，远离他们，一人跑在山顶痛哭，韦小宝独爱阿珂，自己专为阿珂的孩子做了一双鞋送给阿珂，终于逗笑了她，也渐渐地夺回了阿珂的心。韦小宝对阿珂的宠爱让建宁心中不平，老是遭到韦小宝的冷眼讽刺。 康熙思念韦小宝派赵良栋和王进宝带密旨各岛寻找。到了通吃岛就大声喊：小玄子。韦小宝也想念康熙，以为是小玄子的鬼魂冲出洞外。

韦小宝冲出山洞才发现中了小玄子的鬼计，原来是皇上派人这样叫他，是为了引他出来。 康熙不忘韦小宝的功劳，圣旨里一件件都清清楚楚地，让韦小宝回忆起当年二人一起擒拿鳌拜的情景。康熙要让韦小宝消灭天地会，韦小宝宁愿留在通吃岛上做王八都不愿意回京，韦小宝拒绝了赵良栋和王进宝。 阿珂、苏荃及建宁公主为韦小宝生下两子一女，让韦小宝忙得不亦乐乎，掷色子给孩子取名字。康熙责骂赵良栋、王进宝，怕韦小宝再溜走，康熙仍给韦小宝加官进爵，连他的儿子韦虎头都封了云骑尉。 几年后，吴三桂被平定，郑克塽归降，康熙再次让王进宝上通吃岛给韦小宝送东西，劝说韦小宝。

韦小宝惋惜自已没有赶上平定吴三桂。在通吃岛的生活也慢慢厌倦，思念起康熙。 康熙也再次传召韦小宝回京，特意派施琅来通吃岛上请韦小宝，韦小宝也正顺着康熙给他的台阶利用施琅出岛，先去台湾绕了个弯才好回京面见皇上。 韦小宝的台湾之行，也相当顺利，不但为施琅解了燃眉之急，也得到了台湾民众的好评，更轻而易举地拿走了台湾人民的一百万两银子。在台湾也为师傅陈近南出了口气，推翻董太妃的塑像，塑上师傅陈近南的塑像陪伴国姓爷。

索额图奉皇上之命来台湾准韦小宝回京，小宝暗中大喜，小玄子还是让了他一步。原是因为韦小宝去过雅克萨，要派他去议和。 韦小宝回京时向施琅要了林兴珠和五百藤甲兵带回京城准备攻打雅克萨用。 韦小宝进京面见皇上心中有说不出的滋味，禁不住眼泪夺眶而出。康熙向小宝问了问他在台湾的所见所闻，并跟韦小宝商量如何到雅克萨议和。康熙告知韦小宝郑克爽已经投降大清，叫小宝不要为难郑克爽，韦小宝心有不甘。此时，韦小宝被封为三等鹿鼎公。韦小宝路遇已被自己杀害的多隆出现在面前，以为撞见鬼甚是害怕，听多隆讲述当天的事情才知多隆是因心长偏了没死，皇上又替他掩埋实情，韦小宝觉得过意不去，把郑克爽借自己银子的事儿委托给多隆，讨来得都是自己的。 次日，韦小宝带双儿去攻打雅克萨，凯旋而归并签下中俄尼不楚条约。康熙甚是高兴。

韦小宝向康熙讲述雅克萨之行，自制水炮攻破雅克萨城，打败罗刹鬼。 正当韦小宝封为一等鹿鼎公回府的路上，碰到茅十八当街辱骂皇上和韦小宝，被清兵擒住带回伯爵府，韦小宝良言相劝，茅十八痛骂韦小宝忘恩负义，杀害陈近南，韦小宝才得知康熙为绝后患，把杀死陈近南的罪命按在了韦小宝的头上，韦小宝要找皇上讨回公道，被康熙拒绝，康熙亲审茅十八，并下旨要韦小宝 亲自监斩茅十八，还要以韦小宝妻儿十口要胁。 韦小宝为了救茅十八，不惜逆旨，想法设计陷害冯锡范。

张康年配合韦小宝隐瞒多隆用偷龙转凤方法，以冯锡范替代茅十八受斩，救出茅十八，送往扬州边界。同时，韦小宝也被天地会兄弟误会是杀害陈近南和茅十八的凶手，要挟韦小宝给大家一个说法，双儿不忍看相公受冤向天地会讲述了通吃岛上陈近南被害的经过，天地会兄弟才知杀害陈总舵主的凶手是郑克爽，请求韦小宝谅解。还要请韦小宝为天地会立功，进宫刺杀康熙。韦小宝左右为难。 康熙急召韦小宝进宫，要他查明冯锡范的死因给台湾百姓一个答复。并暗示韦小宝不能再一只脚踏两只船。 韦小宝将冯锡范一案奏明皇上，又向康熙磕头作了最后的告别。

韦小宝以免左右做人难，决定连夜率妻儿离开京城。康熙突感韦小宝的种种异常，派人查看时，却发现韦小宝府上空无一人。康熙下令让多隆追缉韦小宝。正巧碰到天地会派顾炎武等人来劝说韦小宝做皇帝，被韦小宝拒绝。韦小宝见多隆有意放自己一条生路，也配合多隆演了一出诸葛亮火烧藤甲兵，让多隆好和皇上交差。 康熙和韦小宝想念，二人相互道出真心话。康熙又封多隆为江南水利稽查南下调剂，希望能找回韦小宝。 韦小宝带着七个老婆来到扬州丽春院，见过母亲韦春花。又带着母亲和老婆们告别扬州，离开了丽春院。