Fringe-teamet åker till Pennsylvania för att undersöka en underjordisk tunnel som är full av mänskliga kvarlevor. Walter utför experiment som går ut på att skicka grodor mellan olika verkligheter.

En polis stoppar en misstänkt man med en portfölj på en tågstation i Philadelphia men då exploderar polisen. Olivia, Peter och Walter kämpar mot tiden för att utreda bombattentatet och Walter upptäcker något mystiskt med de mänskliga kvarlevorna.

En man attackerar sin chef efter en mardröm och Fringe-teamet åker till Seattle för att utreda händelsen. Broyles måste ha ett möte med Nina Sharp för att få veta mer om chippet som får folk att flippa ur.

En frisk kvinna dör av plötslig cancer på bara några minuter och Fringe-teamet kallas in för att utreda. Mördaren har kopplingar till Jacksonville och Olivia är ett potentiellt offer. Olivia försöker hantera sina kunskaper om Peters ursprung.

When a scientist falls dead after ingesting a lethal cloud of blue powder and his bones disintegrate in his body, the CDC suspects a biological attack. As the Fringe Team investigates further, a subject from Walter's past with ties to Olivia reluctantly agrees to assist with the intense case.

The beginning of the end is triggered when Walternate finds a way to wreak havoc “over here."

As devastation spreads on This Side, Walter, Olivia, and Sam Weiss struggle to find a way to stop the destruction and discover that one individual has the ability to allow Peter access to the Machine.