Les autorités allemandes interrogent Olivia dans l'espoir de retrouver Mr Jones. Pendant ce temps, Walter et Peter enquêtent sur une mort étrange: un homme a été asphyxié alors que les orifices de son visage se sont tous refermés...

Le fils d'un des chercheurs de Massive Dynamic a disparu. Il semble avoir été enlevé par deux vendeurs de voitures d'occasion. Les policiers que le trio rencontre connaissent tous une mort violente. Pourrait-il s'agir d'une forme extrême de suggestion hypnotique ? La situation se complique quand on découvre que l'adolescent contrôle les autres et lorsqu'il enlève Peter...

Lors d'un mariage, certains invités meurent mystérieusement asphyxiés. L'équipe d'Olivia mène l'enquête et Walter découvre que l'arme responsable de ces décès est une toxine programmée pour cibler certains individus dotés de certains caractères génétiques. Peter apprend avec stupeur que c'est son grand-père, le professeur Robert Bishof, qui a créé cette toxine en travaillant avec des scientifiques nazis.

Dans l'univers réel, des personnes souffrent d'amnésie après avoir entendu la même fréquence radio. La Fringe Division enquête sur cet étrange phénomène. De son côté, Peter veut continuer de travailler sur l'arme de destruction massive de l'univers alternatif et ce, malgré les réticences de Walter. Il poursuit également sa relation avec Olivia sans se douter de qui elle est vraiment. Walter, Peter et Olivia demandent de l'aide à Nina Sharp pour résoudre l'affaire des fréquences radio. La piste mène à un certain Joseph Feller...

Dans l'univers réel, Olivia, Peter et Walter se rendent au Rosencrantz Building, un immeuble de Brooklyn où des gens sont mystérieusement tombés du balcon, comme s'ils étaient passés au travers. Walter émet l'hypothèse que ce bâtiment est à l'endroit exact où les deux univers se rejoignent et que cette faille entre les deux mondes peut être dévastatrice, pouvant provoquer un vortex. Dans l'appartement 6B, une vieille dame, Alice Merchant, semble concernée par ces étranges événements. Alice a perdu son mari en même temps que dans le monde parallèle, le double de son mari a perdu sa femme. Ils s'accrochent l'un à l'autre, prenant le double de leur conjoint pour leur propre conjoint décédé...

Des curieux phénomènes temporels se produisent dans la banlieue de Boston. Le premier se déroule au cours d'un incendie : une petite fille se retrouve propulsée quatre ans plus tôt. Puis un train de marchandises fait irruption sur une voie ferrée à l'abandon depuis quatre ans également. Olivia et Broyles soupçonnent Peter d'être à l'origine de ces événements. Walter parvient à isoler un schéma récurrent et les recherches de la division s'orientent vers un pavillon habité par Kate et Raymond Green. Kate est atteinte d'un Alzheimer précoce...

Un homme est tué chez lui par trois inconnus qui semblent communiquer par télépathie, à la fois entre eux et avec un quatrième jeune homme, interné dans un hôpital psychiatrique pour schizophrénie. Ils ont tous les quatre été conçus par un scientifique qui, sous couvert d'aider des couples souffrant d'infertilité, essayait d'améliorer l’être humain par des manipulations génétiques. Ses «enfants», créés par centaines, font tout pour protéger leur vie et leur anonymat, supprimant quiconque s'intéresse de trop près à eux. Parallèlement, Olivia est de plus en plus troublée par les visions de l'autre Olivia, au point d'en parler à Peter et Walter...