Agent Mitchell Loeb, ein Freund von Broyles, bricht nach einem Auftrag zusammen. Sein Herz wird von einem mysteriösen Parasiten umgeben, der sich langsam in seinem ganzen Körper ausbreitet.

Um eine Heilmethode zu finden, fliegt Olivia nach Frankfurt, um mit einem Gefangenen zu sprechen. Doch der Gefangene möchte mit seinem Kollegen sprechen, der kurz davor bei einer Razzia getötet wurde. Aber Walter hat eine Idee, wie sie trotzdem an die Information des Toten gelangen können...

Ein musikalisch begabter Junge wird entführt, während sein Vater von einer Kobination aus grün und rot Aufblitzenden Lichtern hypnotisiert wird. Bei früheren, ähnlichen Fällen wurden Genies entführt, welche an einer unvollendeten Gleichung arbeiteten.

Um herauszufinden, wo sich der Junge befindet, ermutigt Olivia Walter, dass er einen alten Kameraden besuchen soll, der unter ähnlichen Umständen entführt wurde.

Doch dieser befindet sich im St. Claire's Hospital, in welchem Walter viele Jahre gefangen war.

Obwohl Walter vom Leiter der Anstalt festgehalten wird, gelingt es ihm, ein paar Informationen von seinem Kameraden zu beschaffen.

Nachdem sie Walter wieder befreit haben, machen sich Olivia und Peter auf den Weg, um den Jungen zu retten. Der Junge kann gerettet werden, aber der Entführer entkommt mit der vollendeten Formel. Mit ihrer Hilfe kalibriert Mitchell Loeb einen Frequenzgenerator so, dass er durch feste Materie gelangen kann.

Das Team wird zu einem Bankraub gerufen, bei dem der Körper eines Diebes in der Mauer eingeklemmt ist. Er ist ein Mitglied von Mitchell Loebs Team, welches Bankschließfächer in verschiedenen Banken ausraubt. Sie verwenden dazu die in Episode 8 erlangte Technologie. In diesen Schließfächern hat Walter vor 23 Jahren ein Teleportations-Gerät versteckt.

Mitchell Loeb hat das Gerät erfolgreich beschafft und benutzt es, um David Robert Jones aus dem Gefängnis in Deutschland zu befreien.

Währenddessen wird Olivia von Mitchell Loebs Leuten gefangen genommen.

Nachdem Olivia einen seltsamen medizinischen Eingriff durchmachen musste, kann sie ihren Entführern entkommen.

Zusammen mit Walter und Peter ermittelt sie in dem mysteriösen Todesfall eines Epidemiologen, der von einem riesigen Virus in seinem Körper ermordet wurde. Schließlich findet Olivia eine Spur, die Mitchell Loeb mit ihrer Entführung und dem Mord in Verbindung bringt. Das Team kann ihn ergreifen und gefangen nehmen. Wird er etwas verraten?

In der Zwischenzeit führt Sanford Harris, ein Berater von Homeland Security, eine Überprüfung der Fringe-Abteilung durch. Zu allem Überfluss taucht auch noch Olivias Schwester Rachel auf.

Olivia erfährt, dass David Robert Jones vor zwei Wochen aus dem deutschen Gefängnis geflohen ist. Dabei wurde das von Walter entwickelte Teleportiergerät benutzt. Währenddessen leidet Jones an den Nebeneffekten der Teleportation.

In der Zwischenzeit erstickt ein Zeitungsverkäufer, nachdem alle seine Körperöffnungen zugewachsen sind.

Jones ergibt sich dem FBI und will nur mit Olivia reden. Sie soll einen Test bestehen, ansonsten geht in 16 Stunden eine Bombe hoch. Durch reine Willenskraft soll Olivia einige Lämpchen in einer Kiste ausschalten, doch sie kooperiert nicht.

Das Team entdeckt ein unveröffentlichtes Manuskript mit dem deutschen Titel "Zerstörung durch Fortschritt und Technologie", kurz ZFT. Es scheint eine Art Bibel für Jones zu sein.

Als die Bombe kurz vor der Explosion ist, muss Olivia sie entschärfen, indem sie - wie bei dem Test - Lämpchen nur durch ihre Gedanken ausschaltet. Diesesmal strengt sie sich an und schafft die Bombe zu entschärfen. Sie findet heraus, dass ihr als kleines Kind eine Substanz verabreicht wurde, die von Massive Dynamic stammt.

Unterdessen verschwindet Jones aus dem Krankenhaus, man findet nur ein riesiges Loch in der Wand.

Am Ende der Episode findet Walter heraus, dass das ZFT auf seiner Schreibmaschine geschrieben wurde.