El Vuelo 627 aterriza en el Aeropuerto Internacional Logan; los pasajeros y la tripulación están todos muertos. El FBI y el Departamento de Seguridad Interior buscan respuestas con la ayuda de un científico que estuvo recluido por mucho tiempo.

Una mujer concibe y desarrolla hasta el parto, un embarazo que en total dura unos pocos minutos, muriendo en el proceso. El bebe muere a las tres horas de nacer, alcanzando el desarrollo de un hombre de 80 años. Esto lleva a los investigadores a rastrear la existencia de experimentos ilegales en manipulación genética con humanos.

Los cadáveres de todos los pasajeros de un autobús están atrapados como insectos en ámbar dentro del vehículo. La investigación lleva hacia un hombre que cree que el diablo le está hablando, aunque en realidad está recibiendo imágenes en su cabeza que son transmitidas ha causa de haber participado en experimentos conducidos años atrás por el Dr. Walter Bishop.

El FBI y un cada vez más desesperado Peter buscan a Olivia que ha sido secuestrada, a pesar de que el hombre que encabeza la investigación es el responsable de su secuestro. En tanto, un supervirus de la gripe mata a dos prestigiosos epidemiólogos.