Děj se odehrává pouze týden po událostech z finále minulé sezóny, kde Peter zachránil oba vesmíry, což mělo za následek jeho vymazání z existence. Příměří mezi oběma vesmíry přetrvává a obě strany jsou nuceny spolupracovat v zájmu řešení toho, co před nimi stojí. Lincoln Lee se připojuje k týmu Fringe divize při řešení případu, který je pro něj velmi osobní...

Zdá se, že v alternativním vesmíru řádí velmi inteligentní vrah a o pomoc je požádán Fringe tým z našeho světa. Aby vraha dostali, kontaktují jeho protějšek z naší reality, profesora forenzní psychologie, a pokusí se jej přenést na druhou stranu tak, aby nic nepoznal. Jeho úkolem je vypracovat profil jeho druhého já. Věci se ale krapet vymknou kontrole ve chvíli, kdy profesor zjistí, co se ve skutečnosti děje...

Několik školáků šikanuje svého spolužáka a jen o pár hodin později jsou nalezeni mrtví a ve značném stádiu rozkladu. Fringe tým se pouští do vyšetřování záhadného případu a brzy zjišťují, že ve hře je velmi zvláštní forma života. Walter mezitím začíná být ze svých halucinací velmi vyděšený...

Olivia odhaluje nebezpečnou sílu, která by mohla být spojena s Walterovou minulostí a experimenty s Cortexiphanem. Jejich vyšetřování donutí Waltera poprvé po letech opustil laboratoř a společně s Olivií se vydat do New Yorku. Konkrétně do laboratoří Massive Dynamic, kde chtějí prověřit staré záznamy. Walter má problémy se vypořádat s vnějším světem a to především proto, že čelí přízrakům z vlastní minulosti...

Po šokujících událostech z poslední doby se situace vyhrocuje ve chvíli, kdy se na scénu vracejí měniči. Hrozba pro tým Fringe roste a vypadá to, že všem je zamotaný vědec pracující pro Massive Dynamic, Malcolm Truss. Waltera čeká překvapivá návštěva v laboratoři - přijde se za ním podívat Nina Sharp...

Tým Fringe tentokrát vyšetřuje řadu událostí, které mají co dělat s časem jako takovým. Dokáží najít vzorec včas? Během vyšetřování vychází najevo, že se vším má něco společného inženýr Raymond a jeho žena Kate, profesorka teoretické fyziky. Touha po záchraně milovaného člověka ale může skončit opravdu velkou tragédií...

Dochází k řadě vražd a podle všeho se zdá, že oběti byli albíni. Tým brzy zjistí, že se změna zabarvení děje díky působení neznámé síly. Vypadá to, že jedna z obětí experimentů Masive Dynamics, muž, který je neviditelný, se rozhodl svůj problém vyřešit násilně. Z obětí určitým způsobem vysává jejich pigment a chce se tak stát znovu normálním...

Olivia s Lincolnem musí udělat vše pro eliminaci hrozby, kterou představují měňavci. Peter se mezitím snaží nají cestu domů. Cestuje do alternativního vesmíru, aby konfrontoval jejich Waltera a získal jeho pomoc...

Peterova návštěva v alternativním vesmíru se vyostřuje, když alternativní Oddělení okrajových věd čelí hrozivému novému nepříteli v trýznivém boji s časem.

Olivia se i nadále vypořádává s hrozivým varováním od Pozorovatele. Tým spolu s Peterem hledá dívku, která má záhadnou schopnost předpovídat smrt.

Astrid poctí nečekanou návštěvou její verze k alternativního vesmíru. Peter a Olivia pronásledují vraha, který používá zatím neznámý toxin.

Peter, Olivia a Walter čelí záhadné a děsivé události, když uvíznou ve městě, ze kterého není úniku.

Tým okrajových věd vyšetřuje mentálně nemocného pacienta, který se zdá být napojený na vraždy. Dojde k odhalení děsivých stop a napojení, které dovedou Olivii k šokujícímu odhalení.

Tým okrajových věd spolu s Peterem musí podniknout mimořádná opatření, aby zabránila smrtícím událostem. Pozorovatel se nabídne pomoci.

Pátrání po vrahovi, která se zaměřuje na zamilované páry přivede tým do neobvyklých situací. Pátrání související s holohlavých mužem pokračuje...

Vzpomínky Olivie začínají mizet, což trápí všechny, kteří dosud v jejím životě něco znamenali. Lincoln se navíc ocitá v ohrožení života, když je napaden nebezpečným virem...

Lincoln se dobrovolně přihlašuje na misi do druhého světa, kde následně pomáhá s vyšetřováním případu, který bude mít dalekosáhlé následky pro oba vesmíry...

Zdá se, že oba vesmíry jsou propojeny na nové úrovní více, než by se komu zdálo milé. Když dojde k několika nehodám, musí Dr. Bishop s ostatními udělat vše, aby zjistili, oč se jedná a pokusili se vše napravit...

Přišli z budoucnosti. Nejdříve nás jen pozorovali a objevovali se v rozhodujících momentech lidské historie. My je nazýváme pozorovateli. V roce 2015 však pozorovat přestali a chopili se vlády nad naším světem...

Plány Davida Roberta Jonese směřují k velkému finále a tým Fringe bude muset učinit rozhodnutí, která ovlivní osud obou světů...

Pátrání po Jonesovi pokračuje a členové týmu se ocitají ve smrtelném nebezpečí ve snaze zabránit zničení obou vesmírů...

Olivia s Peterem se pouštění do záchrany Waltera ve snaze narušit Bellovy plány. Podaří se jim zabránit kolapsu světů?