Octobre 61. John Loengard et sa petite amie Kimberly Sayers sont fous de joie. Kim a décroché un poste à la Maison-Blanche, tandis que John vient d'être nommé assistant d'un député au Congrès, Charles Pratt. Pour sa première mission, ce dernier lui demande d'enquêter sur une opération classée sous le nom de "Livre bleu", menée après un étrange événement qui s'est déroulé il y a quelques années : un pilote de chasse américain avait été abattu alors qu'il poursuivait un Ovni au-dessus de l'Union soviétique. Le député aimerait savoir si les dépenses engagées pour cette opération sont maintenant justifiées. John se rend dans une base aérienne de l'Ohio, où les responsables du "Livre bleu" lui donnent accès à certaines informations. Puis, il rencontre un couple prétextant avoir vu des extraterrestres. Le soir même, John est attaqué par des hommes qui lui conseillent d'arrêter de fouiner dans leurs affaires...

Après l'assassinat du président Kennedy, John se rend à Dallas. Il y rencontre Jerry Marcel, un responsable gouvernemental qui lui révèle qu'un vaisseau extraterrestre a été abattu au Nouveau-Mexique quelques années plus tôt...

Deux mois ont passé depuis l'assassinat de Kennedy. Kim veut à tout prix se rendre en Floride, où elle doit rencontrer un astronaute qu'elle a vu dans un cauchemar réccurent, un certain Ty Toung. Celui-ci explique à la jeune femme et à John qu'il a participé, en 1962, à une mission secrète avec un autre astronaute : ils avaient reçu l'ordre de détruire un satellite soviétique, en fait un immense et étrange vaisseau spatial...

Février 1964. Kimberly et John localisent l'origine géographique des transmissions radio extraterrestres : elles proviennent de New York. Leur enquête les conduit dans une salle de spectacle où répètent les Beatles...

John Loengard et Kimberly Sayers se rendent dans un casino de Las Vegas. Une jeune serveuse affirme que des extraterrestres se dissimulent parmi la clientèle. Ils se serviraient de leur don de télépathie pour remporter d'importantes sommes d'argent destinées à financer la destruction d'une installation militaire top secrète...

John et Kim se rendent dans le Wisconsin pour interroger un fermier, Kester Boehm, sur les lumières étranges qu'il a vues et sur les morts suspectes dans son cheptel. Certaines vaches portent la trace d'un implant. En effectuant une radiographie, John et Kim ont repéré dans l'estomac d'un des animaux la présence d'un corps étranger. Pour en savoir plus, ils font appel à un étudiant vétérinaire qui opère le bovin ; horrifiés, tous trois découvrent dans l'estomac le corps d'un garçon de 2 ans !

John et Kim vont dans une petite ville de l'Alaska où se produisent d'étranges phénomènes magnétiques. Ils y font la connaissance de Tug et de Barrow qui leur expliquent la signification d'une vieille légende indienne : il y a quelque 2 000 ans, une étoile se serait écrasée dans les environs. John est persuadé que les ancêtres de Barrow ont, en fait, vu un vaisseau extraterrestre...

Lorsqu'un policier déclare avoir vu un ovni au Nouveau-Mexique, John Loengard se rend immédiatement sur place pour enquêter. Mais Kim est bien décidée à aller assister au mariage de sa soeur à Denver. A l'insu de son compagnon, la jeune femme prend un bus pour le Colorado. Elle est suivie par Steele...

Alerté par Mark Simonson, un collègue qui a vu une soucoupe volante près d'une église, ce dernier et Kim vont dans une petite ville du Mississippi. Sitôt arrivée sur place, la jeune femme sent que les extraterrestres sont dans le coin. De son côté, Bach apprend la présence de John Loengard dans l'Etat...

Après le suicide douteux de Robert Dewey, un camarade de faculté, John et Kim arrivent à Los Angeles pour voir leurs amis Nat Heller et Gina Abbott. Kim va au funérarium pour enquêter. Elle y rencontre un étudiant caméraman, un certain Jim Morrison...

Après la mort du président Kennedy et de son meurtrier, Frank Bach comprend que les extraterrestres sont parvenus à infiltrer l'organisation Majestic. Tous les indices accusent son homme de confiance : Jim Steele...

Dans le cadre de l'enquête de la commision Warren sur l'assassinat du président Kennedy, le procureur général Robert F. Kennedy, qui fait tout son possible pour que la vérité soit enfin établie, demande à John de témoigner et d'expliquer comment il est rentré dans l'organisation Majestic...

Des militaires soviétiques abattent un vaisseau non identifié au-dessus du golfe du Tonkin, au nord du Vietnam. Affirmant que des navires étaient en fait la cible des Soviétiques, Bach entraîne les Etats-Unis dans la guerre du Vietnam. Il enlève John, pour qu'il efface toutes traces d'une éventuelle présence extraterrestre...

De mystérieux cercles sont tracés dans un champ. Pour John, Kim et Juliet, ce sont les indices incontestables de l'atterrissage récent d'un vaisseau extraterrestre. Ils préparent un piège pour attirer les envahisseurs sue le site...

Kim se sent étrangement poussée à accoucher en Californie. Bach l'envoie voir là-bas un médecin qui a l'habitude de soigner les femmes ayant été enlevées par des extarterrestres...

Pendant que Steele tente de convaincre Kim de rejoindre la Ruche de son plein gré, les extarterrestres commencent à infiltrer le mouvement contre la guerre du Vietnam de Berkeley. John et Juliet se rendent sur place pour retrouver Kim. A Washington, Bach découvre que le Majestic puise dans le budget du ministère de la Défense pour renflouer ses caisses...

Le film de la rencontre entre Truman et les extraterrestres a été dérobé. Bach envoie John Loengard rencontrer un ancien médecin de l'organisation Majestic, Carl Hertzog, qui nie savoir quoi que ce soit...

Bach capte un message de l'Aura-Z, l'équivalent du centre Majestic en Union Soviétique. Il met aussitôt sur pied une cellule d'urgence : John, Juliet et le major Colin Powell se rendent en Union soviétique. Au siège de l'Aura-Z, ils découvrent que la plupart des employés sont morts. Seuls deux chercheurs ont survécu...

John découvre le laboratoire où les extraterrestres fabriquent leur substance hallucinogène. Sous l'emprise de cette drogue, il imagine son fils à bord du vaisseau-mère. De nouveau maître de ses sens, John est persuadé que ses visions sont prémonitoires. Il demande à Bach d'embarquer à bord d'un astronef ennemi, afin de retrouver son enfant...