Tras el enfrentamiento contra Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli se verán combatiendo entre sí y Nathan hará algo que tendrá repercusiones a escala global. Mientras tanto, Sylar retiene a Claire, Noah, Meredith y Angela como rehenes en Primatech y todo acabará en una gran batalla. En otra parte, Ando, Matt y Daphne continúan con sus intentos de rescatar a Hiro y puede que el Dr. Suresh sea su única esperanza.

Tres meses después de las explosiones que hicieron desaparecer a Primatech y a Pinesheart todos regresan a sus vidas normales, en cambio, Nathan inicia una cacería de brujas contra los "superdotados" empezando con Tracy. Claire por un lado descubre dicha organización e intenta advertirles a sus amigos. Sylar inicia la búsqueda de su padre biológico. Durante la búsqueda da con una pista que no dejará ir tan fácilmente. Peter se ha convertido en paramédico mientras intenta olvidar a su hermano. Sin perder la esperanza Hiro intentará convencer a Ando que está destinado a ser un héroe con sus habilidades. Pronto todos los héroes son trasladados en un avión, pero Claire en un intento de impedirlo ocasionará un terrible accidente aéreo.