Un profesor de genética sigue la investigación secreta de su padre: hallar personas cuyos superpoderes pueden ser el próximo paso en la evolución humana.

Hiro viaja desde el 2 de octubre en un metro en Japón al 8 de noviembre en Nueva York. Nathan Petrelli intenta olvidar su vuelo reciente para salvar a su hermano, Peter Petrelli, y le miente. El agente de policía Matt Parkman puede oír los pensamientos de cada uno a su alrededor.

Hiro requiere la ayuda de su amigo Ando. Claire sufre una lesión que ella no puede curar inmediatamente. Mohinder descubre las conexiones de su padre con Sylar. Matt sufre un desvanecimiento en un bar después de ver al haitiano.

Matt es secuestrado por el Sr. Bennet y el haitiano. Hiro y Ando juegan en Las Vegas y consiguen, más adelante, ser atrapados por cuatro hombres. En el mismo casino Niki conoce a Nathan. Peter Petrelli se encuentra en el Metro con el Hiro Nakamura del futuro, quién le pide que cumpla una misión en concreto, finalizando con la frase "Salva a la animadora, salva al mundo".

Mohinder para de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece y es buscado por el policía.

Mohinder deja de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece, y es buscado por el policía.

El hermano de Claire descubre la cinta. Matt y Audrey Hanson investigan un asesinato. Peter le pide ayuda a Nathan para encontrar una pintura. Se revela casi al final que Micah Sanders tiene una habilidad.

Hiro conoce a Charlie Andrews, la cual tiene el poder de una supermemoria, en un restaurante. Sylar mata a Charlie cortándole el cerebro. Un muchacho misterioso visita a Mohinder en sus sueños, lo que hace que éste reconsidere el seguir la búsqueda de los superdotados que iniciara su padre.

La fiesta de bienvenida de la secundaria de Claire da signos de mortalidad. Peter intenta salvar a la animadora. Hiro intenta corregir lo que él cree que ha hecho mal. Sylar confunde a Jackie Wilcox con Claire y se da cuenta, demasiado tarde, de que Claire es a la que él quiere. Sylar y Peter luchan y caen de la azotea, quedando ambos heridos y tumbados en el suelo. Peter se cura de sus heridas al acercársele Claire, por la capacidad de absorber poderes que posee. Mientras, Sylar ha desaparecido. Sylar, más tarde, es capturado por Eden. Claire revela su secreto a su padre.

Hiro intenta cambiar la muerte de Charlie yendo atrás en el tiempo seis meses antes desde el comienzo de la serie. La tragedia pulsa a la familia Petrelli, Claire hace un descubrimiento sorprendente, y Chandra Suresh llega a Nueva York con la lista, y visita a un relojero que resulta ser Sylar.

Isaac intenta pintar el futuro sin usar las drogas. Matt y Audrey investigan el desastre de "Homecoming". Niki hace un movimiento peligroso para proteger a su familia. Peter teme lo impensable: él es responsable del desastre que viene.

Mientras está en coma, Peter tiene otra visión que esté inquietante también para que él haga frente solamente. Hiro comienza su búsqueda de la espada de Kensei. Claire comienza a reconstruir su vida.

Peter continúa siguiendo al hombre invisible mientras que su hermano Nathan búsca la ayuda de Mohinder. La esposa de Matt llega a un arreglo con la habilidad telepática de Matt. Hiro y Ando son secuestrados por los hombres que trabajan para su padre. Claire busca a sus padres biológicos. Micah utiliza sus energías para tomar grandes cantidades de dinero de un cajero automático.

Claude sirve como un mentor para Peter y lo fuerza reevaluar sus relaciones con sus seres amados. Claire se encuentra con su madre biológica, Meredith Gordon. Hiro intenta explicar su misión a su padre y hermana, quienes tienen otros planes para él. Sylar escapa y hace una visita a la señora Bennet. Niki sale de la prisión, pero ella se encuentra encarcelada por Jessica.

Mientras que baja la autoestima de Claire en el casa aparte, ella busca ayuda de sus padres biológicos, pero las cosas no van como ella desea. Una mujer se interpone entre Hiro y Ando, forzando a los dos amigos a separarse. Mohinder es inconsciente que él está resolviendo el asesino de su padre, Sylar. Matt y Jessica juegan un juego mortal del gato y del ratón.

Sylar viaja con Mohinder y obtiene una nueva habilidad. Después de juntarse con Ando, Hiro hace una opción difícil. El Sr. Bennet y el haitiano intentan sin éxito capturar a Claude y a Peter, y Claude decide abandonar a Peter. Ted Sprague, Matt, y un nuevo heroe, Hana Gitelman, buscan respuestas de una sobre las marcas en sus cuellos. Cuando llevan señora Bennet al hospital, Claire revela al Sr. Bennet que ella no confía en él. Peter abre sus habilidades para atacar a Isaac, lo que da lugar a una tragedia.

Matt y Ted toman de rehén a la familia de Bennet en busca de respuestas. Más se revela sobre Sr. Bennet, la agencia para quien él trabaja, y cómo él adoptó a Claire. Ted pierde el control de sus habilidades y quema la casa de los Bennet. El haitiano se escapa con Claire. Revelan a una nueva persona con energías, Candice Wilmer. Historia lateral sobre el Sr. Bennet.

Con la elección asomandose, Nathan tiene una reunión que inquieta a Linderman y hace frente a una decisión difícil. Niki intenta parar a Jessica. Hiro encuentra la espada con ayuda de Nathan y de Ando, pero después descubre un futuro oscuro. Claire encuentra respuestas mientras que su padre sustituto consigue en apuro con Primatech. Sylar se encuentra cara a cara Mohinder y Peter.

Linderman revela su visión del futuro a Nathan. Thompson y Candice tienen al Sr. Bennet como prisionero, mientras que Sylar captura a Isaac. Claire se encuentra con Peter nuevamente y ve a su padre por primera vez. Hiro conoce a alguien inesperado.

Hiro y Ando se encuentran cinco años después de la destrucción masiva de Nueva York. Etiquetan como terroristas y se está colocando, buscado, y se está matando a la gente con capacidades extraordinarias. Hiro y Ando se reúnen con versiones más oscuras de los otros héroes con objeto de un arreglo de cuentas con el presidente. Esto incluye un lado más oscuro de Matt, de una Jessica/Niki con un ganador claro en su batalla, de una Claire con cabello marrón, versión futura Hiro, y de un Sylar cambiante.

Hiro y Ando están determinados a parar la explosión. Nathan toma medidas que sorprenden para ganar la elección. Jessica y D.L. descubren cómo su familia fue ajustada en los planes de Linderman. Sylar visita a su madre. Thompson trae a alguien nuevo en la compañía. Historia lateral sobre Sylar.

Nathan se hace un miembro del congreso, pero debe considerar ésos que él ama o el consejo de su madre y Linderman. Hiro aprende del linaje de su padre, y se prepara para hacer frente a Sylar a la muerte. Peter y Ted procuran salir de Nueva York antes de la explosión. Matt y Sr. Bennet aprenden la verdad detrás del sistema que sigue de la compañía.

Las horribles predicciones de Isaac comienzan a revelarse, y las personas normales con capacidades extraordinarias hacen frente a momentos del dolor y del peligro en la Plaza Kirby con fuerza y heroísmo mientras que el primer volumen de “Héroes” termina y el siguiente comienza.

Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

Peter cae en manos de gansters irlandeses que saben acerca de su pasado. Hiro intenta contener el daño causado por su viaje en el pasado. Kensei su poder será revelado. Suresh localiza y cura al Haitiano. Matt investiga el asesinato del Sr Nakamura. West trata de saber de los poderes de Claire. Maya y Alejandro encuentran en Mexico que sus facultades son más un obstáculo que una ayuda.

Suresh encuentra una pintura sin descubrir de Isaac Mendez que muestra la muerte de una persona; Maya libera de una cárcel de México a Alejandro; en el pasado Hiro descubre algo nuevo acerca de Kensei, y Niki y Micah dejan Las Vegas para escapar de su pasado. Claire y West hacen una excursion.

Mónica comienza a mostrar nuevas habilidades mientras practica con Micah, Nana, y Damon. Nana es la abuela de Micah, Monica, y Damon. Todos ellos residen actualmente en Nueva Orleans. Matt pide a Molly que localice al hombre con el que sueña ella. Él puede ser la nueva amenaza de los Héroes. Maya y Alejandro siguen su marcha a los EE.UU. Tanto Claire como su padre sospechan el uno del otro. Angela revela mucho de sus secretos.

Una mujer llamada Elle, esta buscando a Peter. Ando busca a Hiro en el pasado. Matt busca al hombre de los sueños de Molly. HRG da otro paso en su esperanza por proteger a su familia y a el mismo.

Peter comienza su busqueda. West convence a Claire de que se defienda. Hiro lucha contra sus sentimientos hacia Yaeko. Suresh tiene más problemas con la Compañía. GHR intenta localizar más pinturas de Isaac. Alejandro no confía Sylar.

Peter y Caitlin conocen la ultima fase de los efectos del virus de los Héroes. Muchos de los Héroes trabajan juntos para luchar contra el "Hombre Pesadilla". West está conmocionado al conocer la identidad del padre de Claire. Hiro y Kensei, El viaje llega a su fin.

Los acontecimientos de la "de los cuatro meses que faltan" se exploran. Maya y Alejandro deben darse prisa, se explica cómo Peter acabó en Irlanda y lo que sucedió a Nathan, Nikki, y D.L.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Peter viaja a Primatech en Texas para destruir el virus, pero no todo es lo que parece. Hiro continúa la búsqueda del asesino de su padre, mientras que Matt persigue el último miembro de la Compañía en la foto. Nikki se reune con Micah, pero tiene malas noticias, mientras que Maya tiene que optar por permanecer con Alejandro, o ir con Sylar.

En Texas, Peter se enfrenta a sus examigos debido a la engañosa historia de Adam sobre el virus de Shanti. Micah recluta a su madre para rescatar a Monica. Maya está atónita cuando conoce la verdad acerca de su nuevo amigo Sylar. Elle intenta hacer que su padre este orgulloso.

Mientras Peter y Matt descubren la identidad de la persona que disparó a Nathan, Sylar hace una visita a Claire con el fin de conseguir su habilidad regenerativa. Por su parte, Hiro y Ando descubren un secreto sobre la familia Nakamura. Gracias a Maya, Mohinder realiza un gran descubrimiento que podría cambiar el mundo o destruirlo.

Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le ha cambiado. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.

HRG y su nuevo socio van a atracar un banco con cuatro villanos, incluyendo a Peter atrapado en uno de ellos. Hiro y Ando siguen a Daphne hasta Alemania, y se encuentran con el haitiano. Tracy Strauss va a New Orleans para encontrar más información sobre Niki. Meredith enseña a Claire a pelear. Usutu enseña a Matt varios cuadros sobre él.

Peter intenta evitar que un presagio de un futuro apocalíptico se materialice valiéndose de una nueva y peligrosa habilidad.

Claire se acerca a su primer objetivo, un fugitivo del nivel 5 llamado Stephen Canfield que escapó y es capaz de producir agujeros negros.

Claire se acerca a su primer objetivo, un fugitivo del nivel 5 llamado Stephen Canfield que escapó y es capaz de producir agujeros negros.

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy combatirán por su vida contra un muy cambiado y monstruoso Suresh, para poder liberarse y ya de paso liberar a Maya y otros sujetos de prueba del buen doctor. Elle volverá a electrizarnos, algo que supondrá un gran impacto para Claire y su familia. Mientras tanto, enterada de la derrota de Peter por parte de sus rivales de Pinehearst, Angela intentará convencer a Sylar para que salve a su hermano. Daphne se verá en la obligación de asesinar a Matt o será eliminada al no querer éste unirse a los villanos. Por otro lado, asombrado ante el poder del Africano precognitivo, Usutu, Hiro aprenderá por las malas su obligación de detener a los villanos de Pinehearts.

Para prepararse ante la confrontación, Hiro seguirá al respetado hombre de negocios, marido y padre, Arthur Petrelli, en los días antes de su muerte. El objetivo es descubrir lo que le motivó a crear la compañía rival Pinehearst y dejar en jaque a Angela. Más tarde descubriremos a un Sylar, horrorizado y arrepentido por su asesinato, y lo que hubiera significado un momento en el que tal vez hubiera parado su carrera por conseguir habilidades; pero en su camino se cruzan Noah Bennet y Elle. Bajo el amparo de Thompson, su agente en entrenamiento, Meredith, verá como su nueva vida se esfuma delante de ella, siguiendo la llegada de su impulsivo hermano.

Después de un preventivo ataque contra Hiro y Ando en África, Arthur Petrelli ordena a Knox y Flint que de caza a su hijo Peter y su nieta Claire. Nathan está conmocionado al descubrir que su padre aún sigue vivo y dirige un malvado grupo que llevará a cabo una destrucción a escala mundial. Mientras tanto, en las entrañas de Pinehearst, Sylar tendrá un enfrentamiento contra Elle. Suresh empezará a probar su nueva y combinada fórmula de superpoder. Más tarde, con otros muertos, herido e intentando huir, Matt intentará despertar a Angela.

Un poderoso eclipse cubrirá el mundo en una sombra que tendrá grandes consecuencias en los héroes y sus habilidades. Tras reunir a Sylar y Elle, Arthur los enviará en la búsqueda de Claire para que la traigan junto a él. Matt, Hiro y Ando tendrán que formar equipo para seguir a Daphne a su originario pueblo en Lawrence, Kansas, allí descubrirán lo qué la liga a Arthur. Mientras tanto, Nathan y Peter Petrelli viajarán juntos a Haití para buscar al único hombre capaz de detener a su padre en sus planes ante la imparable destrucción del mundo, El Haitiano.

El impacto del eclipse aún perdura en las habilidades de algunos héroes como Elle y Sylar quiénes tendrán que enfrentarse contra un vengativo H.R.G. mientras que Claire lucha por sobrevivir. En Haití, Peter y Nathan unirán sus fuerzas con el Haitiano para combatir contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan tomará una chocante decisión. Mientras tanto, Ando, Sam y Frack, trabajarán duro para conseguir devolverle la memoria a Hiro con la ayuda de los cómics de 9th. Wonders.

Los héroes se unirán para intentar detener por fin a Arthur Petrelli. Con la esperanza de detener a Arthur, Hiro y Claire viajaran juntos 16 años al pasado, cuando Kaito entregó a la pequeña Claire a Noah. Mientras tanto, Peter y el Haitiano harán equipo para acabar de una vez por todas con Arthur Petrelli, pero antes que nada tendrán que encontrarse cara a cara con Sylar. En otra parte, en el laboratorio, Suresh por fin lograra utilizar la fórmula verdadera.

Tras el enfrentamiento contra Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli se verán combatiendo entre sí y Nathan hará algo que tendrá repercusiones a escala global. Mientras tanto, Sylar retiene a Claire, Noah, Meredith y Angela como rehenes en Primatech y todo acabará en una gran batalla. En otra parte, Ando, Matt y Daphne continúan con sus intentos de rescatar a Hiro y puede que el Dr. Suresh sea su única esperanza.

Tres meses después de las explosiones que hicieron desaparecer a Primatech y a Pinesheart todos regresan a sus vidas normales, en cambio, Nathan inicia una cacería de brujas contra los "superdotados" empezando con Tracy. Claire por un lado descubre dicha organización e intenta advertirles a sus amigos. Sylar inicia la búsqueda de su padre biológico. Durante la búsqueda da con una pista que no dejará ir tan fácilmente. Peter se ha convertido en paramédico mientras intenta olvidar a su hermano. Sin perder la esperanza Hiro intentará convencer a Ando que está destinado a ser un héroe con sus habilidades. Pronto todos los héroes son trasladados en un avión, pero Claire en un intento de impedirlo ocasionará un terrible accidente aéreo.

Después del colapso del avión, la lucha por la libertad comienza. Matt se enterará a través de sus habilidades que alguien muy cercano a él peligra, mientras Peter y Tracy buscando vengarse intentarán tomar a Nathan como rehén, hecho que les costará la libertada de uno. Por otro lado Claire liberara una lucha con tal de ayudar a los demás aún teniendo el privilegio de no ser cazada. Sylar en un intento de hacer hablar al agente recurrirá a métodos enfermizos, que le terminarán otorgando a un nuevo mentor. Al final los héroes restantes forman una alianza, jurando combatir a Nathan por el derecho de sus vidas.

Mientras Sylar sigue en la búsqueda de su padre biológico acompañado por Luke, Noah Bennet sigue colaborando en la cacería de los demás héroes mientras trata de mantener a Claire fuera del radar del gobierno. Claire descubre el siguiente objetivo de su padre y decide ayudarlo a escapar. Hiro y Ando se van a la India siguiendo las pinturas de Matt como guía, mientras Nathan mantiene a Tracy y trata de conseguir el respaldo incondicional de la Casa Blanca lo que no será fácil. Claire cansada de las mentiras de su padre decide contarle todo a su madre ocasionando una separación temporal de sus padres. Al final Mohinder, Matt y Peter deciden hacerle una mala jugada al señor Bennet.

Cuando es tomado como rehén, Noah es sometido al estilo único de interrogación de Matt Parkman junto con Peter y Mohinder. Además se revela cómo se unió al plan gubernamental de Nathan para capturar a los que tienen poderes y su historia con la familia Petrelli. Mientras tanto, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a encontrarse cara a cara con el “Cazador”.

Después de un consejo de "Rebelde", Matt y Peter van al edificio 26 para rescatar a Daphne y encontrar pruebas que puedan exponer los planes del gobierno para capturar a aquellos con poder. Sylar descubre la verdad sobre su madre, recuerdos del pasado de su padre, mientras que el cazador prepara un explosivo plan para ellos.

Sylar encuentra a su padre al fin, entonces decide que es el momento de aclarar algunas cosas. Claire debe decidir si ayudar a un enemigo del pasado. Danko explora en los secretos de la familia Petrelli para encontrar detalles importantes. Matt debe encontrar una manera de salir de una situación explosiva.

La identidad de "Rebel" sera descubierta. Noah quiere que Danko deje libre a Tracy con la esperanza de que los conduzca con Rebel. Hiro y Ando continúan con la misión que Rebel les ha encomendado para mantener seguro el nuevo héroe pero después de esto uno de ellos volverá a ser el mismo de antes. Mientras tanto Rebel huye junto con Tracy pero al final ocurrirá un suceso inesperado.

Angela se vera en la obligación de esconderse con Peter en una iglesia hasta alcanzar el estado de paz que necesita para conseguir las respuestas demandantes, mientras tanto Claire y Nathan escondidos en México intentarán reconciliar su relación de padre e hija. Danko tendrá a un peculiar compañero con el cual terminara cooperando para un suceso que podría tener futuras catastróficas consecuencias.

Dispuesto a hacer pagar a Danko, Matt se verá envuelto en un embrollo que terminará golpeando a Danko en lo más profundo de su ser. Angela ya decidida a lo que debe de hacer comenzará a reunir a diversas personas y desenterrar los demonios de su pasado, por otra parte Sylar comienza un juego peligroso que pondrá en peligro el matrimonio de Noah.

Siguiendo el sueño de Angela como guía, Peter, Nathan, Claire y Noah se encuentran desenterrando toda la verdad oculta detrás de Angela y su pasado. Mientras, Angela, luego de tener uno de los peores recuerdos de su infancia, en los que aparece el Dr. Suresh (padre)y como sus estudios influirían en la creación de la compañía "Primatech"; Angela iniciará una búsqueda que tal vez no pueda llegar a ser tan agradable con una sorpresa impresionante, por último Sylar ha iniciado unos desconocidos objetivos utilizando su nueva habilidad de metamorfo.

Sylar se vera enfrentando las propias consecuencias de su habilidad de metamorfo, por otra parte Hiro pronto descubre que su habilidad tiene efectos secundarios letales, mientras tanto Nathan intentará descubrir quién es su amigo tan familiar.

Con todos los elementos a su favor Sylar comenzará a ejecutar su plan macabro. Nathan unirá fuerzas con Peter para de una vez derrocar a Sylar, por un lado todos nuestros héroes finalmente recurrirán a Parkman como la única esperanza de salvar a Nathan y frenar a Sylar.