Po odvráceném výbuchu na konci první řady se naši hrdinové, objevují ve scénkách 4 měsíce poté. Claire se svými rodiči žije v malém nenápadném městečku a na přání otce se snaží být co nejvíce nenápadná. Její otec mezitím chce zničit společnost za pomoci Mohindera Sureshe, který by měl proniknou do společnosti a zde se naoko zabývat svými výzkumi ohledně hrdinů. Pomáhat se jim snaží i Matt Parkman, který má u sebe Molly a nyní se díky svým schopnostem stal detektivem.

Hiro je mezitím v dávné minulosti a snaží se přesvědčit Takeza Kenseiho, že by se měl stát hrdinou, aby mu o něm mohl jeho otec vyprávět hrdinské historky.

Poznáváme i novou hrdinku Mayu, která má zatím neznámou schopnost, kterou pravděpodobně dokáže její bratr rušit a při které umírají lidé.

Členové irského gangu drží Petera Petrelliho. Viní ho z krádeže iPodů. Peter si znovu uvědomí svou schopnost odrážet útoky elektrickými výboji. Když mu Caitlin, sestra šéfa gangu Rickyho, omyje krev z obličeje, Peter nemá žádná zranění. Osvobodí se z pout a zachrání Caitlin před násilím ze strany gangu. Ricky chce, aby jim pomohl při další loupeži. Za to mu vrátí etuji, kterou u něho našel. Mrtvola muže, který srazil Kaita Nakamuru ze střechy, se nenajde. Mark Parkman se účastní vyšetřování a pozná na fotografii symbol, který znamená "dar z nebes". Tento symbol je znakem Takeza Kenseie. Na fotografii je otisk Angelina prstu. Když Parkman Angelu vyslýchá, vypoví, že symbol je logem právnické firmy jejího muže. Parker díky svým schopnostech uhodne, co si Angela myslí. Nathan přijde matku vyzvednout, když na ni někdo zaútočí v zavřené místnosti. Když tam policie vtrhne, Angela je naživu. Bob Bishop ze Společnosti vyšle doktora Mohindera Sureshe na Haiti, kde jeden muž nemocněl nebezpečným virem, který se šíří. Suresh zjistí, že pacient je známá tvář. Vstříkne mu lék vyrobený ze své krve a pacient se uzdraví...

Šéf irského gangu Ricky vydá Peterovi Petrellimu schránku s jeho totožností pouze v případě, že jim Peter pomůže ukrást peníze ze sázkových kanceláří. Peter díky svým schopnostem upozorní Rickyho, že člen jeho bratrstva Will ho chce okrást. Ricky to vehementně odmítne. Díky Peterovi, který paralyzuje stráže, se jim peníze podaří ukrást. Když chtějí loupež oslavit, Will ohrožuje Rickyho zbraní a chce všechny peníze. Peter prohlásí, že měl pravdu, a Will ho postřelí. Nic se mu však nestane a svou telekinetickou energií Willa zneškodní. Ricky Peterovi řekne, že je jeden z nich, a dá mu s schránku s jeho totožností. Peter se však bojí ji otevřít. Alejandro chce v Mexiku ukrást auto na cestu do USA, ale chytí ho policie. Skončí ve vězení. Maya, která ho zoufale potřebuje, jde na policejní stanici, povšimne si letáku s jejich jmény a užije své schopnosti. Osazenstvo stanice zabije. Osvobodí Alejandra a ten zase všechny policisty oživí. Na útěku se k nim přidá vězeň Derek, který má k dispozici auto. Je to auto Claire, které jí bylo ukradeno. Micah Sanders se s Niki loučí se svým otcem Danielem Lawrencem Hawkinsem u jeho hrobu. Niki ho odváží příbuzným do New Orlensu a řekne mu, že musí na nějakou dobu odjet. Sylar se probouzí na tropické pláži s ženou, která si říká Michelle. Jsou v chatrči v pralese a Sylar si léčí zranění, které mu samurajským mečem způsobil Hiro Nakamura. Sylar si uvědomí, že přišel o své schopnosti, Michelle ho však přesvědčuje, že se mu vrátí. Sylar ji zabije a prchá. Claire Bennetová, které otec Noah neustále klade na srdce, že nesmějí být prozrazeni, se snaží Westovi Rozenovi namluvit, že si pouze dělala pedikúru, když si ustřihla malíček. West jí nevěří. Claire má už dost předstírání a přizná se, že je prostě jiná. Westa to nepřekvapí a svěří jí svoje tajemství – vynese ji do oblak a letí spolu nad městem. Claire si povšimne symbolu na Westově krku. West jí řekne, že se to přihodilo v Saint Louis a že poslední, co si pamatuje, je, že ho zavolal z křoví muž s kostěnými brýlemi...

Když Noah Bennet získá poslední obraz, na němž leží v kaluži krve, je vystrašený a pátrá, s kým se přátelí Claire. Řekne mu, že žádného kluka nemá. Odmítne se s Westem Rozenem dál stýkat. Pozve ji na poslední schůzku. Doma se Claire vymluví, že jde do knihovny a odletí s Westem nad město. Netuší, že ji otec sleduje. Domů přijde pozdě večer. Otci zalže, že je v týmu roztleskávaček. Otec jí tuto činnost povolí, když nebude randit. Claire mu to slíbí. Za Bennetem přichází tajně Haiťan. Má prý stopu k obrazům, ale musejí se vydat do ukrajinské Oděsy. Alejandro s Mayou a Derekem narazí na silnici na ležící mužské tělo. Je to Sylar a prosí je o pomoc. Chce jet také do New Yorku. Když během cesty zastaví, Derek se Sylarem spatří noviny s policejními portréty Alejandra a Mayi. Derek řekne Sylarovi, že s nimi v autě jedou zabijáci. Sylar ho pošle zavolat policii. Zjistí, že jak Maya, tak Alejandro jsou nadáni nadpřirozenými schopnostmi...

Molly je nadále v kómatu. Matt prožívá ve snu svou minulost a Monica se dozví, že je také výjimečná...

Peter pokračuje v pátrání po své identitě a postupně objevuje své další schopnosti. Bennet chce najít obrazy ukazující budoucnost, aby jí mohl zabránit, a tak ochránit Claire...

Vyjde najevo skutečná totožnost Adama a všichni se musí postavit i Maurymu, který je nástrojem k vykonání Adamovy pomsty. Peter je jediný, kdo dokáže zachránit svět před smrtící pandemií...

Peter se setkává s Adamem a díky němu si nakonec na vše vzpomene. Děj se vrací o čtyři měsíce zpět a začíná v okamžiku, kdy Peter s Nathanem zachránili svět před výbuchem...

Bennet se dozvídá o Westovi a chce ho najít. Toho využijí Bob se Sureshem, kteří chtějí unést Claire a získat její krev...

Peter s Adamem vyhledají doktorku Prettovou, která před lety vytvořila virus. Peter chce, aby mu pomohla zabránit jeho rozšíření. Claire truchlí nad ztrátou otce a rozhodne se pro radikální krok...

Suresh se znovu setkává se Sylarem a Maye konečně dochází, že byla podvedena. Peter s Adamem mají virus na dosah, ale objevují se Hiro, Nathan a Matt, kteří se snaží Peterovi sdělit celou pravdu o Adamovi...

Peter se rozhodne změnit chod dějin. Jenže není zrovna ve své kůži, dokonce ani ve svém těle...

Konečně se podaří chytit Sylara. Jenže cena je příliš vysoká...

Pan Bennet dostane nového parťáka – samotného Sylara. Ando a Hiro se vydávají po stopě superrychlé Nemesis...

Peter potřebuje Sylarovu schopnost, a tak se ho vydá hledat. Ale čeká ho velké překvapení...

Hiro osvobodí Adama, protože potřebuje jeho pomoc. To se mu však nevyplatí...

Claire chce zachránit biologickou matku před děsivým Loutkářem. Ani ona ale neodolá jeho schopnosti manipulace. V Mohinderovi se mezitím probouzí něco velice temného...

Paní Petrelliová požádá Sylara, aby utekl a zachránil svého bratra Petera. Jenže brzy poté ho pan Petrelli přesvědčí, aby se přidal na jeho stranu a Petera naopak zabil...

Hiro se dostane do hlubokého spánku, při kterém se vydává na cestu poznání. Vidí střípky minulosti a začíná si události spojovat dohromady...

Arthur Petrelli se snaží najít katalyzátor, který usměrňuje mutace. Peter stále marně přesvědčuje Claire, aby zůstala doma a do ničeho se nepletla...

Dochází k zatmění a zdá se, že všichni hrdinové přicházejí o své schopnosti...

Hiro nechce dál pokračovat ve svém poslání, Bennet si vyřizuje své účty se Sylarem a bratři Petrelliovi se setkávají s Haiťanem. Zatmění však situaci stále komplikuje...

Všichni pátrají po katalyzátoru, Hiro i Claire se v minulosti setkávají se svými rodinami a Nathan se rozhodne převzít od otce celou společnost...

Sylar se rozhodne pomstít všem, kdo mu ublížili, zatímco Peter se snaží zničit v laboratořích sérum, které by dalo superschopnosti komukoli...

Nathanův plán na zadržení lidí se schopnostmi startuje. Claire ho však odhalí a snaží se všechny varovat. Navíc si je jistá, že Sylar při výbuchu laboratoří nezemřel...

Hrdinové jsou po pádu letadla na útěku. Sylar se snaží získat víc informací o svém otci a Claire dostane zprávu, že boj hrdinů ještě neskončil...

Sylarovi pomalu s Lukem dochází trpělivost. Zatímco on chce doopravdy najít svého otce, Luke si z hledání dělá výlet. Mezitím Mattovy prorocké obrázky vedou Hira a Anda do Indie...

Matt s přáteli unesli Noaha a snaží se pomocí čtení jeho myšlenek zjistit, kdo a proč dělá z lidí se schopnostmi štvanou zvěř. Podaří se jim přijít na způsob, jak útokům čelit?

Nathanův plán se vymkne kontrole. Když zajmou Parkmana, Peter předá médiím tajné soubory, a odhalí tak koncentráčnické praktiky vládní organizace namířené proti obyčejným lidem...

Sylar najde u otce odpovědi, které potřeboval. Claire pomůže Doylovi, vzápětí však sama musí čelit hrozbě zatčení. Hira čeká při zachraňování Matta velké překvapení...

Denko stále působí jako lovec lidí se schopnostmi a nyní jde i po rodině Petrelliových. Také se s Bennetem snaží odhalit totožnost Rebela a dopadnout jej. Hiro a Ando zachraňují malého Parkmana...

Denko přes počáteční nechuť a nedůvěru spolupracuje se Sylarem a zdá se, že je to velmi výhodné pro oba. Petrelliovi jsou nyní uprchlíci a hledají odpověď na otázku, co mají dělat dál...

Hiro a Ando seznamují Parkmana s malým synkem. Bennet se utvrdí v podezření, že Sylar stále žije, a Angela se rozhodne rodině odhalit minulost, aby byli skrze její pochopení připraveni na budoucnost...

Noah a Mohinder poznávají minulost, která tolik poznamenala jejich životy. Angela se setkává se sestrou, kterou považovala za dávno mrtvou. Nic ale nekončí tak, jak by si hrdinové přáli...

Sylar prochází krizí identity, kterou se snaží řešit. Matt Parkman se vrací k rodině, aby zjistil, že musí pomoci Hirovi v boji za svobodu lidí se schopnostmi. Nathan chce napravit své chyby a zabránit Sylarovi, aby se setkal s prezidentem. Snaha zvládnout vše sám se mu ale vymstí...

Nathan se rozhodne napravit své chyby. Chce zastavit Sylara, promluvit s prezidentem, a ukončit tak pronásledování a vraždění nevinných lidí se schopnostmi...