Un profesor de genética sigue la investigación secreta de su padre: hallar personas cuyos superpoderes pueden ser el próximo paso en la evolución humana.

Hiro viaja desde el 2 de octubre en un metro en Japón al 8 de noviembre en Nueva York. Nathan Petrelli intenta olvidar su vuelo reciente para salvar a su hermano, Peter Petrelli, y le miente. El agente de policía Matt Parkman puede oír los pensamientos de cada uno a su alrededor.

Hiro requiere la ayuda de su amigo Ando. Claire sufre una lesión que ella no puede curar inmediatamente. Mohinder descubre las conexiones de su padre con Sylar. Matt sufre un desvanecimiento en un bar después de ver al haitiano.

Matt es secuestrado por el Sr. Bennet y el haitiano. Hiro y Ando juegan en Las Vegas y consiguen, más adelante, ser atrapados por cuatro hombres. En el mismo casino Niki conoce a Nathan. Peter Petrelli se encuentra en el Metro con el Hiro Nakamura del futuro, quién le pide que cumpla una misión en concreto, finalizando con la frase "Salva a la animadora, salva al mundo".

Mohinder para de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece y es buscado por el policía.

Mohinder deja de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece, y es buscado por el policía.

El hermano de Claire descubre la cinta. Matt y Audrey Hanson investigan un asesinato. Peter le pide ayuda a Nathan para encontrar una pintura. Se revela casi al final que Micah Sanders tiene una habilidad.

Hiro conoce a Charlie Andrews, la cual tiene el poder de una supermemoria, en un restaurante. Sylar mata a Charlie cortándole el cerebro. Un muchacho misterioso visita a Mohinder en sus sueños, lo que hace que éste reconsidere el seguir la búsqueda de los superdotados que iniciara su padre.

La fiesta de bienvenida de la secundaria de Claire da signos de mortalidad. Peter intenta salvar a la animadora. Hiro intenta corregir lo que él cree que ha hecho mal. Sylar confunde a Jackie Wilcox con Claire y se da cuenta, demasiado tarde, de que Claire es a la que él quiere. Sylar y Peter luchan y caen de la azotea, quedando ambos heridos y tumbados en el suelo. Peter se cura de sus heridas al acercársele Claire, por la capacidad de absorber poderes que posee. Mientras, Sylar ha desaparecido. Sylar, más tarde, es capturado por Eden. Claire revela su secreto a su padre.

Hiro intenta cambiar la muerte de Charlie yendo atrás en el tiempo seis meses antes desde el comienzo de la serie. La tragedia pulsa a la familia Petrelli, Claire hace un descubrimiento sorprendente, y Chandra Suresh llega a Nueva York con la lista, y visita a un relojero que resulta ser Sylar.

Isaac intenta pintar el futuro sin usar las drogas. Matt y Audrey investigan el desastre de "Homecoming". Niki hace un movimiento peligroso para proteger a su familia. Peter teme lo impensable: él es responsable del desastre que viene.

Mientras está en coma, Peter tiene otra visión que esté inquietante también para que él haga frente solamente. Hiro comienza su búsqueda de la espada de Kensei. Claire comienza a reconstruir su vida.

Peter continúa siguiendo al hombre invisible mientras que su hermano Nathan búsca la ayuda de Mohinder. La esposa de Matt llega a un arreglo con la habilidad telepática de Matt. Hiro y Ando son secuestrados por los hombres que trabajan para su padre. Claire busca a sus padres biológicos. Micah utiliza sus energías para tomar grandes cantidades de dinero de un cajero automático.

Claude sirve como un mentor para Peter y lo fuerza reevaluar sus relaciones con sus seres amados. Claire se encuentra con su madre biológica, Meredith Gordon. Hiro intenta explicar su misión a su padre y hermana, quienes tienen otros planes para él. Sylar escapa y hace una visita a la señora Bennet. Niki sale de la prisión, pero ella se encuentra encarcelada por Jessica.

Mientras que baja la autoestima de Claire en el casa aparte, ella busca ayuda de sus padres biológicos, pero las cosas no van como ella desea. Una mujer se interpone entre Hiro y Ando, forzando a los dos amigos a separarse. Mohinder es inconsciente que él está resolviendo el asesino de su padre, Sylar. Matt y Jessica juegan un juego mortal del gato y del ratón.

Sylar viaja con Mohinder y obtiene una nueva habilidad. Después de juntarse con Ando, Hiro hace una opción difícil. El Sr. Bennet y el haitiano intentan sin éxito capturar a Claude y a Peter, y Claude decide abandonar a Peter. Ted Sprague, Matt, y un nuevo heroe, Hana Gitelman, buscan respuestas de una sobre las marcas en sus cuellos. Cuando llevan señora Bennet al hospital, Claire revela al Sr. Bennet que ella no confía en él. Peter abre sus habilidades para atacar a Isaac, lo que da lugar a una tragedia.

Matt y Ted toman de rehén a la familia de Bennet en busca de respuestas. Más se revela sobre Sr. Bennet, la agencia para quien él trabaja, y cómo él adoptó a Claire. Ted pierde el control de sus habilidades y quema la casa de los Bennet. El haitiano se escapa con Claire. Revelan a una nueva persona con energías, Candice Wilmer. Historia lateral sobre el Sr. Bennet.

Con la elección asomandose, Nathan tiene una reunión que inquieta a Linderman y hace frente a una decisión difícil. Niki intenta parar a Jessica. Hiro encuentra la espada con ayuda de Nathan y de Ando, pero después descubre un futuro oscuro. Claire encuentra respuestas mientras que su padre sustituto consigue en apuro con Primatech. Sylar se encuentra cara a cara Mohinder y Peter.

Linderman revela su visión del futuro a Nathan. Thompson y Candice tienen al Sr. Bennet como prisionero, mientras que Sylar captura a Isaac. Claire se encuentra con Peter nuevamente y ve a su padre por primera vez. Hiro conoce a alguien inesperado.

Hiro y Ando se encuentran cinco años después de la destrucción masiva de Nueva York. Etiquetan como terroristas y se está colocando, buscado, y se está matando a la gente con capacidades extraordinarias. Hiro y Ando se reúnen con versiones más oscuras de los otros héroes con objeto de un arreglo de cuentas con el presidente. Esto incluye un lado más oscuro de Matt, de una Jessica/Niki con un ganador claro en su batalla, de una Claire con cabello marrón, versión futura Hiro, y de un Sylar cambiante.

Hiro y Ando están determinados a parar la explosión. Nathan toma medidas que sorprenden para ganar la elección. Jessica y D.L. descubren cómo su familia fue ajustada en los planes de Linderman. Sylar visita a su madre. Thompson trae a alguien nuevo en la compañía. Historia lateral sobre Sylar.

Nathan se hace un miembro del congreso, pero debe considerar ésos que él ama o el consejo de su madre y Linderman. Hiro aprende del linaje de su padre, y se prepara para hacer frente a Sylar a la muerte. Peter y Ted procuran salir de Nueva York antes de la explosión. Matt y Sr. Bennet aprenden la verdad detrás del sistema que sigue de la compañía.

Las horribles predicciones de Isaac comienzan a revelarse, y las personas normales con capacidades extraordinarias hacen frente a momentos del dolor y del peligro en la Plaza Kirby con fuerza y heroísmo mientras que el primer volumen de “Héroes” termina y el siguiente comienza.

Seis semanas después de que Matt y los otros borrasen la mente de Sylar, los Heroes intentan seguir llevando una vida normal. Se nos presenta a una "familia" de feriantes con habilidades. Angela Petrelli y H.R.G. están trabajando para restablecer La Compañía mientras Claire hace nuevos "amigos" en el colegio. Tracy sigue cazando a todos los del Edificio 26, mientras Hiro y Ando comienzan un negocio de "Heroes de alquiler"

Hiro se embarca en una nueva visión para corregir errores del pasado, y HRG encuentra un compás que guía hacia el Carnaval.

Peter encara circunstancias inesperadas por sus heróicos actos y conoce a un nuevo héroe poco dispuesto. Como Claire continúa ajustando su vida de estudiante, debe pensar cómo llevar que su habilidad haya sido revelada. Mientras tanto, Samuel mueve cielo y tierra para recuperar las memorias de su difunto hermano Joseph. En otro lugar, Matt lucha con sus demonios internos mientras Sylar resurge misteriosamente.

Debido a sus nuevos poderes, "Nathan" tiene visiones de un incidente de su pasado acerca de una chica y decide investigarlo. Hiro intenta salvar la vida de un compañero de trabajo y aprende una verdad sobre sí mismo. Tracy intenta volver a su vieja vida y trabajo.

Samuel se prepara para los nuevos miembros de su familia, mientra Lydia le advierte de las consecuencias. Claire descubre que su compañera de cuarto Gretchen puede tener un diario secreto. Mientras, Peter encuentra una inesperada forma de conectar con Emma, quien prefiere mantenerse a distancia. En otro lugar, un lado diferente de Sylar emerge e intenta recordar desesperadamente la clase de persona que era.

Con la ayuda de Samuel, Sylar comienza un camino para redescubrir su verdadera identidad. Hiro ayuda a Emma a aceptar y entender las grandes posibilidades que van unidas a su habilidad. Mientras tanto, Peter se apunta para ayudar a H.R.G. en la búsqueda de alguien que pueda salvar la vida de Hiro.

Cuando Hiro viaja tres años atrás, tiene una segunda oportunidad para salvar a Charlie de las manos de Sylar. De todos modos, la presencia de Samuel sirve para complicar la misión de Hiro todavía más. En otro lugar, el pasado de H.R.G. con su compañera en Primatech es revelado.

El viaje de Hiro tres años atrás en el tiempo le da la oportunidad de salvar a Charlie del destino que le aguardaba a manos de Sylar. Mientras tanto, el pasado del hombre de las gafas de pasta con su compañero de Primatech sale a la luz.

Armado de un nuevo poder curativo Peter comienza una nueva forma de ayudar a sus pacientes, ignorando que puede haber consecuencias ocultas. Gretchen, a pesar de los esfuerzos de Claire y el Haitiano René se va de la universidad y de la vida de Claire sin titubear, mientras Claire, tras descubrir la identidad de su atacante esta pronto (la malvada Rebecca) descubre que el pasado de Noah es esta vez el causante de todos los males, puesto que Noah destruyó la vida de Rebecca al asesinar a su padre, y que por esconderse de él Rebecca descubrió su poder, además de que Rebecca está ligada a Samuel. En algún otro lugar la conciencia de Sylar comienza a manipular el cuerpo de Matt a su propia voluntad.

Dispuesto a salvar a Charlie, Hiro relativamente se ve involucrado en una peligrosa misión de regresar al pasado ligado a los últimos días de vida del Dr. Mohinder Suresh, mientras Tracy comienza a perder el control de sus mortales habilidades, dejando a Claire como su única esperanza. Por otro lado Peter guiado por el haitiano René comienza a descubrir toda la verdad oculta tras la muerte de Nathan, hecho que Sylar no dudará en utilizar para recuperar su cuerpo. Así Sylar recupera su cuerpo otra vez, y parece no haber esperanza con respecto a Nathan.

Peter y Nathan obligan a Angela a decirles la verdad sobre la muerte de Nathan. La chica confiesa que obligó a Matt a introducir la personalidad de Nathan en el cuerpo de Sylar. Sylar toma control del cuerpo de Nathan y está a punto de matarla, pero Nathan logra evitarlo.

Por otro lado, Claire da a su familia una noticia bomba: está a punto de dejar la escuela. El hombre de las gafas de pasta trata de persuadirla para que reconsidere su decisión, pero ella no quiere oír hablar del tema. Gretchen llega a su casa y hacen las paces.

Noah descubre que la brújula ha desaparecido y que Claire tiene muchas posibilidades de habérsela llevado. Lauren se ofrece para utilizar la tecnología de la CIA con el objetivo de localizar el teléfono móvil y averiguar así hacia dónde se dirige la joven.

Peter se despide definitivamente de Nathan, quien no pudo controlar el cuerpo de Sylar. Claire por su lado comienza a darse cuenta de que es una especie de prisionera en el "Carnaval", la vigilan constantemente y Samuel no está dispuesto a dejarla ir. Hiro a causa de su tumor, vive en un mundo de fantasía en el cual Ando deberá entender el mensaje que su amigo le intenta decir mediante códigos de historietas.

Claire asiste al funeral de Nathan mientras Peter trata de calmar su dolor a su manera: buscando venganza. Mientras tanto, Noah y Lauren interrogan a Edgar, al que han capturado, para obtener información sobre la situación exacta de la feria de Samuel.

Por otro lado, Sylar regresa a la feria, donde tratará de introducirse en la mente del asesino con la ayuda de Lydia y descubrir así qué es lo que le atormenta.

El hombre de las gafas de pasta pide ayuda a Matt para cazar a Samuel. El hombre pretende utilizar a su amor perdido, Vanessa, para que les ayude a encontrarle. Samuel, sin embargo, tiene otros planes para la joven.

Mientras tanto, Hiro y Ando se ponen en marcha para sacar al doctor Suresh del psiquiátrico. Además, Peter presenta a Emma a su madre, lo que le provoca visiones de un futuro desalentador.

La vida de Hiro está en juego mientras que su tumor cerebral se agrava, incitándole inconscientemente a rememorar algunas de sus decisiones tomadas en el pasado, en el que vuelven a aparecer personajes como Takezo Kensei o Kaito Nakamura. Hiro tiene una batalla campal contra la muerte. Entre tanto, Sylar le devuelve una inesperada visita a Claire para tener respuestas sobre el motivo de no ser él mismo de nuevo. En otra parte, el plan de Samuel toma una vuelta de tuerca terrorífica, puesto que le pide a Vanessa volver a unirse y vivir en el carnaval pero ella lo rechaza, y entonces él comienza a ser alguien totalmente distinto.

Preocupado por su sueño sobre Emma, Peter convence a Angela para que le diga dónde encontrar a Sylar. Éste se encuentra con Matt y quiere que acabe con sus poderes para poder llevar una vida totalmente diferente. Matt cree que no podrá lograrlo, pero le promete intentarlo cuando Sylar amenaza la vida de su familia.

Tras el tiroteo de la feria, Eli se encuentra con Claire en la caravana de Samuel. Éste tiene un plan para poner a la joven de su parte: mostrarle los recuerdos del hombre de las gafas de pasta. Al parecer, su primera esposa estaba embarazada cuando fue asesinada por un 'especial'. El hombre, como venganza, cazó a otro personaje con poderes y lo mató. La Compañía, entonces, lo reclutó y le obligó a casarse con Sandra.

La serie se despide de sus seguidores con un episodio en el que Eli aparece en casa de Matt tratando de prevenir a Peter y Sylar de encontrar a Samuel. Éstos no le hacen caso y siguen con su búsqueda. Mientras tanto, el oxígeno se acaba en la caravana de Samuel.