Vier maanden na de gebeurtenissen van de confrontatie tussen Sylar en Peter komen er nieuwe helden naar voren. Dit zijn onder meer broer en zus Alejandro en Maya. Hiro blijft in het verleden, maar wat zal hiervan komen? Er gaat iemand dood en iemand is niet dood. Claire en haar vader en de rest van hun familie krijgen een nieuw leven.

Peter komt terecht bij Ierse gangsters die op de hoogte zijn van zijn verleden. Hiro probeert de schade te beperken die is veroorzaakt door zijn reis naar het verleden. Kensei's macht zal onthuld worden. Suresh lokaliseert en geneest de Haïtiaan. Matt onderzoekt de moord op meneer Nakamura. West leert de krachten van Claire kennen. Maya en Alejandro komen Mexico binnen en merken dat hun krachten eerder een belemmering dan een hulp zijn.

Suresh vindt een onontdekt schilderij van Isaac Mendez dat iemands dood laat zien; Maya bevrijdt Alejandro uit een Mexicaanse gevangenis; in het verleden ontdekt Hiro iets nieuws over Kensei; en Niki en Micah verlaten Las Vegas om weg te komen van hun verleden. Claire en West maken een klein uitstapje.

Monica begint nieuwe vaardigheden te vertonen tijdens het werken met Micah, Nana en Damon. Nana is de grootmoeder van Micah, Monica en Damon. Ze wonen momenteel allemaal in New Orleans. Matt vraagt ​​Molly om de man in haar dromen te lokaliseren. Hij is misschien wel de nieuwste bedreiging voor de Helden. Maya en Alejandro vervolgen hun tocht naar de VS. Zowel Claire als haar vader wantrouwen elkaar. Angela onthult veel van haar geheimen.

Een vrouw genaamd Elle is op zoek naar Peter. Ando zoekt Hiro in het verleden. Matt zoekt naar de man in Molly's dromen. HRG zet nog een stap in de hoop zijn gezin en zichzelf te beschermen.

Peter gaat op zoek. West overtuigt Claire ervan om tegen iemand op te komen. Hiro worstelt met zijn gevoelens voor Yaeko. Suresh heeft meer problemen met het bedrijf. HRG probeert meer schilderijen van Isaac te lokaliseren. Alejandro vertrouwt Sylar niet.

Peter en Caitlin leren over de eindfase-effecten van het Heroes-virus. Veel van de helden werken samen om de Nightmare Man te bestrijden. West is geschokt door de identiteit van Claires vader. De reis van Hiro en Kensei komt ten einde.

De gebeurtenissen van de "ontbrekende vier maanden" worden onderzocht. Maya en Alejandro moeten op de vlucht, er wordt uitgelegd hoe Peter in Ierland terecht is gekomen en wat er met Nathan, Nikki en D.L. is gebeurd.

Meneer Bennet bereidt zich voor om zijn gezin te verhuizen als hij denkt dat het bedrijf ze heeft gevonden, maar Claire houdt niet van het idee. Hiro keert terug naar het heden en als hij de dood van zijn vader ontdekt, reist hij terug in de tijd om deze te stoppen. Ondertussen probeert Matt zijn nieuwe mentale vaardigheden onder de knie te krijgen.

Peter reist naar Primatech in Texas om het virus te vernietigen, maar niet alles is wat het lijkt. Hiro zet de achtervolging van de moordenaar van zijn vader voort, terwijl Matt het laatste bedrijfslid op de foto achtervolgt. Nikki wordt herenigd met Micah, maar heeft slecht nieuws, terwijl Maya moet kiezen om bij Alejandro te blijven, of om met Sylar mee te gaan.

In Texas neemt Peter het op tegen voormalige vrienden vanwege Adams misleidende verhaal over het Shanti-virus. Micah roept de hulp in van zijn moeder om Monica te redden. Maya is geschokt als ze de waarheid over haar nieuwe vriend Sylar ontdekt. Elle probeert haar vader trots te maken.