Heroji počinju i sudbine se Petera (Milo Ventimiglia), Nathana (Adrian Pasdar) i Matta (Greg Grunberg) otkrivaju nakon groznog sukoba sa Sylarom (Zachary Quinto) i Peterove nekontrolirane nuklearne detonacije miljama iznad New Yorka. Dok svi pokušavaju nastaviti dalje sa svojim životima, nova zla sila počinje uhoditi i ubijati heroje. S obitelji koja se skriva u južnoj Kaliforniji, H. R. G. (Jack Coleman) i Claire (Hayden Panettiere) pokušavaju živjeti u tajnosti. Poslije, nakon slijetanja u feudalni Japan, Hiro (Masi Oka) upoznaje svoga heroja Takeza Kenseija (David Anders). Blizanci Maya (Dania Ramirez) i Alejandro Herrera (Shalim Ortiz) nadaju se da će uspjeti ući u SAD iz Meksika, s nadom da će im netko pomoći s njihovim smrtonosnim sposobnostima