Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

Peter cae en manos de gansters irlandeses que saben acerca de su pasado. Hiro intenta contener el daño causado por su viaje en el pasado. Kensei su poder será revelado. Suresh localiza y cura al Haitiano. Matt investiga el asesinato del Sr Nakamura. West trata de saber de los poderes de Claire. Maya y Alejandro encuentran en Mexico que sus facultades son más un obstáculo que una ayuda.

Suresh encuentra una pintura sin descubrir de Isaac Mendez que muestra la muerte de una persona; Maya libera de una cárcel de México a Alejandro; en el pasado Hiro descubre algo nuevo acerca de Kensei, y Niki y Micah dejan Las Vegas para escapar de su pasado. Claire y West hacen una excursion.

Una mujer llamada Elle, esta buscando a Peter. Ando busca a Hiro en el pasado. Matt busca al hombre de los sueños de Molly. HRG da otro paso en su esperanza por proteger a su familia y a el mismo.

Peter comienza su busqueda. West convence a Claire de que se defienda. Hiro lucha contra sus sentimientos hacia Yaeko. Suresh tiene más problemas con la Compañía. GHR intenta localizar más pinturas de Isaac. Alejandro no confía Sylar.

Peter y Caitlin conocen la ultima fase de los efectos del virus de los Héroes. Muchos de los Héroes trabajan juntos para luchar contra el "Hombre Pesadilla". West está conmocionado al conocer la identidad del padre de Claire. Hiro y Kensei, El viaje llega a su fin.

Los acontecimientos de la "de los cuatro meses que faltan" se exploran. Maya y Alejandro deben darse prisa, se explica cómo Peter acabó en Irlanda y lo que sucedió a Nathan, Nikki, y D.L.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Peter viaja a Primatech en Texas para destruir el virus, pero no todo es lo que parece. Hiro continúa la búsqueda del asesino de su padre, mientras que Matt persigue el último miembro de la Compañía en la foto. Nikki se reune con Micah, pero tiene malas noticias, mientras que Maya tiene que optar por permanecer con Alejandro, o ir con Sylar.

En Texas, Peter se enfrenta a sus examigos debido a la engañosa historia de Adam sobre el virus de Shanti. Micah recluta a su madre para rescatar a Monica. Maya está atónita cuando conoce la verdad acerca de su nuevo amigo Sylar. Elle intenta hacer que su padre este orgulloso.

Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le ha cambiado. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.