Matt et Ted s'introduisent dans la maison des Bennet prenant la famille en otage. A la suite d'une terrible explosion, le passé de M. Bennet est dévoilé…

Peter et Isaac sont désemparés après la mort de Simone. Peter demande l'aide de son frère. Nathan, de son côté, a d'autres soucis à gérer. Le FBI compte sur lui pour coincer Linderman... Le Haïtien a promis de veiller sur Claire. Mais l'adolescente n'est pas prête à disparaître laissant tous ceux qu'elle aime derrière elle... A Las Vegas, Hiro ne parvient pas à passer le barrage de sécurité... Quant à Sylar, il utilise toujours Suresh pour établir une liste des personnes qui, comme lui, sont dotées de ce gène spécial...

Sylar et Peter s'affrontent. Claire rencontre enfin son père. Linderman révèle ses plans à Nathan. M. Bennet, Matt et Ted tentent de s'échapper…

Jessica découvre les projets de Linderman. Peter tente de prouver à Claire qu'ils doivent sauver New-York. La détermination de Hiro pour sauver le monde est mise à rude épreuve…

Angela Petrelli intervient dans la vie de Nathan, Peter et Claire. La vérité sur le père des frères Petrelli est enfin révélée. Claire et Peter tentent de quitter New-York, Sylar va de nouveau sévir…

Pour mieux se préparer au combat qui l’attend, Hiro revient dans le passé pour suivre Arthur Petrelli, les jours précédant sa « mort » afin de découvrir ce qui l’a conduit à créer la compagnie rivale Pinehearst et à s’attaquer à Angela.

Au cirque, Samuel utilise la mémoire de Noah pour atteindre Claire. Coincé dans le cauchemar de son pire ennemi, Peter devra apprendre à cohabiter avec Sylar pour pouvoir s’en sortir. Au même moment, Emma et Lauren se rencontrent…