インドで人間の潜在能力を研究するモヒンダーは、ニューヨークに住む父の死を知らされ、彼の死の原因を突き止め、父と自分の研究が無意味でなかったことを証明しようとニューヨークに渡る。一方ラスベガスで一人息子マイカを育てているニキは最近鏡を見ると別人格の自分がいるようで気になっている。テキサスに住む女子高生クレアは20〜25メートルの高さから飛び降りるがケガひとつしない。そして東京ではヒロが時計に念を送って1秒遅らせたと言って大喜びで同僚のアンドウに話す。世界各地で同時に特殊能力に目覚める者が現れ始めたのだ。

モヒンダーは父の残した「リスト」に名前のあったネイサンに警告に行くが、相手にされず追い払われる。モヒンダーをピーターの差し金だと思ったネイサンはピーターを訪ね、選挙までの間しばらく姿を消すようにと金を渡そうとする。だがピーターは兄を拒み、能力者の本の著者スレシュ教授のもとへ向かう。ニキはリンダーマンの部下サカモトから、借金を帳消しにするのと引き換えに、ある政治家を誘惑することを命じられる。一方マットは、自分の能力が効かない二人組に出会う。

マットは昨晩の記憶が全くない状態で家に戻る。ヒロとアンドウはラスベガスでケンカ別れし、途方に暮れるヒロの前に現れたのはなんと？！　一方クレアは父親に秘密を打ち明けようとする。ピーターは、あるメッセージを受け取る。それは彼の人生を変えてしまうものだった。自分の使命を確信した彼は、メッセージに従ってアイザックを訪ねる。そして、夫DLが刑務所を脱走したと警察に知らされたニキは・・・。

ピーターたちは、アイザックの連作の中の重要な1枚が消えていることに気づく。ヒロとアンドウは仲直りし、ニューヨークを目指そうとするが、またまたベガスで足止めに。クレアは自分の力の謎を知りたい一心で生みの親との再会に臨む。自分のこと、夫DLのことで不安にかられているニキを訪ねてきたのは意外な人物で・・・！？ 一方モヒンダーはインドへ戻ることを決心する。

選挙のためにイメージアップを図ろうと、ネイサンは母アンジェラのお膳立てで記者を家に招き、妻ハイディを紹介する。その取材中に、ピーターがアイザックの売られてしまった絵のことで相談しにやってきて・・・。マットのもとにFBI捜査官のオードリーが来てサイラーがまた人を殺したという。マットは捜査協力と言い、ケンカ中の妻ジャニスを残して出て行く。マイカを連れ出したDLは途中で事故に出くわし、車の中に取り残された女性を助けようとする。そこへ現れたのは…。一方、クレアはなくしたビデオテープを発見するが・・・。

モヒンダーは自分の夢に関与する少年の存在を知る。ネイサンはアイザックの絵のコレクターでもある“リンダーマン”から、ピーターが見たがっていた絵を入手する。しかし、そこに描かれているのはピーターに関わる悲劇だった・・・。一方FBIと同様“サイラー”を追っていたベネットだったが、その居所をつかめずにおり、危険を察知したベネットはクレアに外出禁止を言い渡す。しかし、この日のホームカミングをずっと楽しみにしていたクレアは･･･。

チャーリーを救うため、昨日にテレポートしようとしたヒロだったが着いたところは半年前のチャーリーの誕生日だった・・・。ちょうどその頃、現在から半年前、モヒンダーの父チャンドラ・スレシュはNYに拠点を移し、能力を持つ人間にコンタクトをとっていた。そして、「特別」になりたがる男に出会う・・・。看護学校を卒業したばかりのピーターは、検事である兄ネイサンがペトレリ家を揺るがす事件を扱うことを知る・・・。ニキは長い間連絡をとっていなかった父親の訪問をうける。念願のチアリーダーになったクレアは、自分の体の異変に気づいたばかりだった・・・。

ニューヨークの街角で透明人間のクロードを見かけたピーターは、力をコントロールする方法を教えてほしいと頼むが･･･。行方不明のピーターを探すネイサンは、モヒンダーを訪ねる。クレアは生みの母親の名前をつきとめる。ヒロとアンドウは謎の男たちに捕まりバンで運ばれ、連れて行かれた先で待っていたのは…。

クロードに力をコントロールする方法を教わろうとしているピーター。クロードはピーターがあるものすべてマネている状態であり、自分で意識して力を使わなくてはならず、それを邪魔しているのはまわりの人間への愛着でありそれを捨てるように言う。ヒロの父親、ヤマガト工業のＣＥＯであるカイトは、ヒロにバカらしいことはやめて会社に戻れば副社長にしてやろうと持ちかける。ヒロはさらに姉のキミコから自分のせいでカイトの立場がまずくなっていることを聞かされる。

家ではニキを装い続けるジェシカだが、外ではリンダーマンの殺し屋として暗躍。ジェシカに新たな仕事の話が入る。ところが、そのジェシカの狙うターゲットのボディガードについたのはマットだった。やがてジェシカの心の声を聞いたマットは危機を察知、クライアントを守ろうと懸命になるが・・・。ラスベガスに戻ったヒロとアンドウは途方にくれているホープという女に出会う。彼女はある男の部屋に荷物を置いてきてしまって困っているという。それを聞いたアンドウは彼女のために、荷物を取ってくるのを引き受けるが、ヒロはホープの素性に気付き・・・。

ベネットはアイザックの知らせを受け、ピーターとクロードの居場所へ向かう。そして彼を狙撃しようとするが・・・。一方倉庫に閉じこめられたヒロはなんとか外に出ることはできたものの、ある決断を下すことに・・・。 マットはテッドと、そして”ワイヤレス”ハナと出会う。クレアは父ベネットへの疑惑を母サンドラにぶつけようとするが、サンドラが突然倒れてしまう。クレアは病院の医師に、記憶を消すハイチ人のことを話すのだが信じてもらえない・・・。

テッドとマットはベネット家の留守中にベネットのパソコンを持ち出そうとするが一家が病院から帰ってきてしまう。そこで、テッドは家族を人質にとって、ベネットから真実を聞きだそうとするが･･･。暴走するテッドをなんとか止めようとするマット。そのマットにベネットが思考で呼びかけてくる･･･。やがて、ベネットの過去が明らかになる。

追っ手から逃れるため、ハイチ人はクレアを国外へ避難させようとする。しかし空港でクレアはハイチ人を振りきり、ニューヨークへ向かう。ヒロはケンセイの刀を手に入れるため、リンダーマンのカジノへ。しかし以前のイカサマのせいでカジノに入れてもらえず、困っていたところに現れたのは、リンダーマンに会いに来たネイサンだった！ 一方サイラーと行動をともにするモヒンダーは・・・。

あのカービープラザでの死闘から4ヶ月後。ベネット家はバトラーと名を変え、カリフォルニアで新しい生活を始めていた。ベネットはコピー会社に勤め、クレアとライルも新しい学校に行き始めた。ニューヨーク市警の試験にパスし念願の警部になったマットは、モリーと一緒に生活している。過去の日本にタイムスリップしてしまったヒロは、あこがれの英雄ケンセイに出会っていた。アンドウとカイトはニューヨークでヒロの帰りを待っているが、この４ヵ月何の知らせもない。そんなある日、カイトのもとに24時間以内に死ぬというメッセージが送られてくる。

ヒロは憧れのケンセイがただの飲んだくれだと知ってガッカリする。何とかケンセイに伝説のヒーローらしく振る舞ってもらおうと説得するが効果なし。そこでヒロはケンセイになりすまし悪者をやっつけ、刀鍛冶の娘ヤエコの恋心も奪う。メキシコ国境にたどり着いたマヤとアレハンドロ。だが警察に追い詰められアレハンドロと離ればなれになったマヤはパニックを起こし、黒い涙を流す。すると周囲にいた者が次々に倒れていく。

クレアに彼氏ができたのかどうか直接問いつめるベネット。ウエストのことを内緒にしているクレアは仕方なく、あるウソをつく。病院に運ばれたアンジェラはカイト殺しの罪を認める。だが尋問するマットに「これ以上、捜査をするな」というメッセージを送ってきた。アンジェラが殺人犯ではないと確信したマットはネイサンと共に調べ始める。一方、マイカのいとこモニカは働いているハンバーガー店に入った強盗を見事に撃退する。彼女にも特別な能力があるようで…。

ヒロは白ヒゲの陣営に捕らえられてしまい…。ネイサンとマットは、マウリーの次のターゲットであるボブを尋ねる。そこで“組織”の過去、アダム・モンローについて聞きだす。その頃ニキもまた幻影に苦しんでいた…。ニューヨーク、一年後の未来。シャンティ・ウイルスの蔓延で世界人口の93%が犠牲となり、生き残った極わずかな人間たちは隔離施設に収容されている世界。ピーターはそこである人物と再会する…。

再び引越しの準備にとりかかっているベネット家。それでもクレアは自分は絶対ここに残るといって父親と徹底抗戦のかまえだ。だがそんなクレアに危険が迫っていた…。現代に戻ったヒロは、父カイトを守れなかったことを悔やみ、父を殺した犯人の正体をつきとめるため、再び過去へ飛ぶ。

ピーターはアダムと一緒に、組織の創立メンバーであるビクトリアという女性を訪ねる。彼女は30年前、“組織”でウイルスを研究していた･･･。一方、父 DLの形見が入ったリュックがギャングにとられてしまい落ち込むマイカをみかねて、モニカはリュックを取り戻すことを約束、ギャングのアジトにもぐりこむ。マヤは“ガブリエル”を信じているが、ついに弟アレハンドロとの間に亀裂が…。ヒロは父の荷物の中から１枚の写真を見つける。それは30年前に撮影されたもので、そこには父カイトと共にある人物が写っていた…。一方悲しみに暮れるベネット家だったが…。

サイラーとマヤはモヒンダーの家にたどり着く。マヤは念願の博士に会えて大喜びで、「特殊能力を消してほしい」と頼むのだが…。釈放されたアンジェラから、アダム・モンローのことを聞きだすネイサンとマット。二人は彼の計画を阻止すべくプリマテック製紙へ向かう。一方、ピーターは…。

ネイサンが何者かに銃撃され、すぐに狙撃犯を追ったマットとピーター。マットはその正体に驚がくするが、厳しい現実に目を向けざるを得ない事態に。

さらに多くの特殊能力を自分のものにしようとするサイラーは、プリマテック社に侵入し、凶悪犯を閉じ込めた"レベル5"と呼ばれる監獄を襲う。

レベル5を脱走した犯罪者たちが、銀行で人質を取り、立てこもる。アンジェラは、強力な新しいパートナーとベネットを組ませ、事態の収拾を任せる。

レベル5から脱走した凶悪犯、スティーブン・キャンフィールドを、一人で追いかけるクレア。彼はブラックホールを発生させる能力を持っていた。

ノックスとダフニは、ヒロやほかの能力者たちをパインハーストに来るよう誘う。渦中の組織に一人、乗り込んで行ったピーターには危険なサプライズが。

マヤを助けたい一心で、研究に異常な執着を見せるモヒンダー。ネイサンとトレイシーに人体実験をしようと捕まえるが、激しい抵抗に遭い...。

アーサーがたくらむ悪夢のような計画を止められる可能性のある唯一の能力者、ハイチ人。彼を捜しにハイチへ向かうネイサンに、ピーターも同行する。

日食が始まるとともに、能力者たちそれぞれに影響が出始める。ベネットは、力を失ったエルとサイラーを追い詰め、ついに決着をつけようとするが...。

アーサーの力を抑えるためにハイチ人を伴ったピーターは、今度こそ自分の父を殺し、未来を変えようと決意する。ところがそこに、思わぬ能力者が現れて!?

ネイサンと軍隊が能力者を国家の脅威とみなし、組織的に捜し出し、収容していく。能力者たちは、再び自由を手にするため、なんとか逃げ延びようとする。

サイラーは、自分の父親について知っているらしいルークを連れて、父を捜す旅に出る。ところが、ネイサンの軍隊が2人を捕らえようと迫っていた。

妻と言い争いになったベネットは、ホテルのバーへ。飲み物に入れられた薬で意識をなくしたところに能力者たちが現れ、彼を連れ去り、監禁する。

マットとピーターのもとに、"反逆者"からダフニが収容されている場所の住所が送られてくる。2人はそこで、政府の計画が書かれた書類を見つける。

サイラーの父親捜しの旅は、ついに終わりを迎える。ダンコはネイサンに疑念を抱き、その正体を暴こうと、アンジェラやほかの能力者たちに探りを入れる。

ダンコは能力者たちを一人残らず捕まえようと、さらなる謀略をめぐらせる。その冷徹さに憎しみを覚えたある能力者が、ダンコの大切な人に接近する。

大きな爪痕を残した一連の出来事が収束し、能力者たちは新しい生活の中でそれぞれの答えを探していた。大学生になったクレアに新たな問題が浮上する。

ヒロは新しい使命を見つけ、過去の間違いをすべて正しにいこうとする。同じ頃、ベネットは壊れているようにしか見えない古いコンパスを手にする。

ベネットは感謝祭にディナーをふるまうが、バラバラの家族は気まずい雰囲気に。一方、別の場所でも、ある家族が危険な新事実に対処しようとしていた。

夢の中に閉じ込められたサイラーを連れ戻そうと、ピーターはその悪夢の中に入っていく。無事にサイラーを見つけるものの、そこから抜け出す方法が見つからず･･・。一方ベネットはカーニバルを襲ったという濡れ衣を着せられ拘束されていた。解放するよう頼むクレアに、サミュエルはベネットの過去の記憶を見せる。それは･･･。