Sam et Dean Winchester mènent leur propre enquête suite à l'épouvantable meurtre d'un avocat et de son épouse. Peu avant son décès, l'une des victimes affirmait avoir vu un fantôme. Les frères Winchester soupçonnent un crime d'origine surnaturelle. Avant d'avoir pu trouver la trace d'un quelconque spectre, Sam et Dean sont arrêtés par la police. Les inspecteurs Ballard et Sheridan les croient en effet coupables de ce double homicide. Bien sûr, les deux policiers demeurent totalement indifférents aux théories paranormales des Winchester. C'est seulement lorsqu'un fantôme rend visite à Ballard qu'elle commence à croire Sam et Dean. Surtout, elle en vient à se demander si elle ne risque pas d'être la prochaine victime...

C'est par hasard que les frères Winchester entendent parler d'un fantôme qui s'en prend à des détenus. Pour s'assurer de la véracité de ce qui n'est encore qu'une vague rumeur, Sam et Dean décident de se faire enfermer dans la prison concernée. Mais le règlement intérieur de l'établissement pénitentiaire ne facilite pas leur enquête. Cependant, ils ne sont pas les seuls à s'intéresser à cette mystérieuse affaire. Le FBI a en effet décidé de mettre fin à ces meurtres inexpliqués. L'agent spécial Henricksen s'empare du dossier. Pour les deux frères, sortir de prison s'avère maintenant bien plus compliqué que retrouver la trace du fantôme...

A Maple Springs, petite ville de l'Etat de New York, Sam et Dean enquêtent sur une série de meurtres présentant d'étranges similitudes avec des contes de fées. L'auteur de ces assassinats serait un loup-garou. Sam, qui pense avoir trouvé le moyen de sauver son frère, invoque le démon qui a maudit Dean, le menaçant de mort s'il ne lève pas sa malédiction...

Quelqu'un a trouvé l'épée de Lucifer et l'a utilisée pour tuer sept anges. Après avoir kidnappé Alastair, Castiel et Uriel demandent à Dean d'employer les techniques de torture qu'il a apprises en enfer pour obtenir les informations nécessaires à l'arrestation du tueur. Dean découvre alors que c'est lui qui a brisé le premier sceau lorsqu'il était en enfer...

Sam et Dean se rendent dans une librairie et posent des questions au propriétaire, se faisant passer pour des agents du FBI. Celui-ci croit qu'ils jouent un rôle et leur montre un livre. Il s'agit d'une série de bandes dessinées intitulées «Supernatural», reprenant en détail leur vie de chasseurs de démons. Ils réussissent à retrouver l'auteur, Chuck. Celui-ci leur explique qu'il ne fait que mettre sur papier ses visions : il voit en effet les deux frères en pleine action...

Le jour de la Saint-Valentin, les habitants d'une petite ville sont pris d'une envie subite de s'entretuer au nom de l'amour. Avec l'aide de Castiel, Sam et Dean mettent Cupidon hors d'état de nuire. En l'interrogeant, ils se rendent compte qu'il n'est pas le seul impliqué. Castiel évoque alors l'arrivée en ville de Famine, un des quatre Cavaliers de l'Apocalypse...

Désespéré, Dean cherche à rencontrer la Mort pour aider Sam à retrouver son âme et obtient l'aide d'un médecin. Lors d'un échange avec la Mort, cette dernière lui confie qu'elle accepte, mais seulement si Dean consent à jouer les Faucheurs à sa place durant 24 heures. Le marché est ainsi conclu. Dans le même temps, Sam décide quant à lui qu'il ne veut plus de son âme. Refusant qu'elle réintègre son corps, il demande à Balthazar un sort de protection. Dean, qui s'accommode plutôt bien de son nouveau rôle, se trouve rapidement confronté à un premier dilemme lorsqu'il doit prendre l'âme d'une petite fille...

Sam, Dean et Bobby partent ensemble à la recherche d'Eve, la «Mère de tous». Au cours de leur enquête, ils tombent sur Samuel et Gwen, qui chassent eux aussi la créature. Mais des tensions apparaissent entre Samuel et Bobby, qui se disputent violemment pour savoir comment gérer cette délicate opération. Chacun soupçonne l'autre d'être possédé...

Malgré leur différend, Sam et Dean enquêtent ensemble à Lily Dale, une ville qui a la réputation d'être la capitale divinatoire des Etats-Unis en raison du nombre de médiums qui y vivent. En quelques jours, deux voyants ont été sauvagement assassinés après avoir eu une vision de leur propre mort. Les deux frères pensent qu'un esprit en colère circule dans la ville par l'intermédiaire des boules de cristal. Ce que les deux frères ignorent, c'est qui, parmi les nombreux médiums de Lily Dale, contrôle cet esprit. La photo de deux soeurs, décédées depuis longtemps, les lance sur une piste prometteuse...

Sam doit affronter sa peur des clowns quand, avec Dean, il doit enquêter dans le Kansas, chez Plucky, une chaîne de pizzas qui organise des goûters d'anniversaire pour enfants. Ils découvrent que les enfants des victimes s'étaient récemment rendus chez Plucky, où on leur avait demandé de dessiner leurs plus grandes peurs...