Le corps d'une très belle jeune femme est retrouvé à un carrefour. Tout porte à croire qu'elle a été heurtée par une voiture dont le conducteur a pris la fuite. Mais, pour les détectives, la victime a été assassinée...

Horatio prend connaissance d'inquiétants détails sur le meurtrier de son frère, Ray, lorsqu'une femme lui présente l'enfant illégitime de celui-ci et le mari de cette dernière qui semble avoir un lien avec le crime. Pendant ce temps, un courtier en bourse trouve la mort, après avoir sollicité un rendez-vous avec une femme, via internet

En rentrant chez elle, la fille d'un couple fortuné de Miami trouve ses parents assassinés. L'enquête d'Horatio Caine le mène à New York. Dès son arrivée, il doit collaborer avec ses collègues New-yorkais, dirigés par Mac Taylor. En effet, le principal suspect du meurtre de Miami est un officier de police qui vient d'être assassiné.

Un couple se trouve dans une berline, sur un pont, lorsqu'un yacht heurte celui-ci de plein fouet. Tandis que les passagers sont secourus, Delko et Speedle ont été appelés à rejoindre Caine sur les lieux du drame. Un témoin a, en effet, vu le bateau se diriger à toute allure vers le pont comme si cet accident était plutôt prémédité. Sur l'embarcation, on découvre le corps d'un homme, victime d'une balle en pleine tête, tirée à bout portant...

Les détectives retrouvent le corps d'une femme qui a visiblement été dévorée par un énorme serpent. Mais au fur et à mesure de leur enquête, ceux-ci découvrent l'existence d'un trafic de drogue. Horatio et son équipe pensent que des serpents sont utilisés pour transporter des substances illicites dans le pays.

Un criminel, condamné à mort pour le meurtre d'un homme et d'une femme, obtient un sursis. La cour suprême a eu vent de l'erreur de Valera et a demandé le réexamen de tout le dossier. Horatio et son équipe sont convaincus de la culpabilité du détenu et s'attachent à prouver de nouveau sa culpabilité en ne s'appuyant que sur des preuves non biologiques puisque leurs analyses ADN de l'époque sont remises en question. Se faisant, ils découvrent l'existence d'un complice qui, au cours des cinq dernières années, aurait continué à sévir.

Alors qu'Horatio enquête sur l'explosion d'une bombe qui a fait plusieurs victimes dont celui qui l'a fabriquée, il découvre sur place les empreintes de son frère, Raymond, qu'il croyait mort. Celui-ci est donc impliqué dans l'affaire. Cependant, lorsque le fils de Raymond est enlevé, les deux frères se retrouvent et mettent tout en oeuvre pour sauver le petit garçon. Calleigh fait face à une dramatique situation...

Un nouveau gang sévit dans les rues de Miami. Il compte déjà à son actif l'assassinat d'un jeune homme et le viol d'une femme. Horatio et son équipe ne sont pas décidés à les laisser agir impunément.

Henry Darius, serial killer incarcéré à New York, profite de son transfert de prison en avion pour s'évader. En cavale à Miami, il tue 4 étudiants avant de prendre en otage une jeune fille. Mac rejoint Caine à Miami. Ensemble, ils traquent le psychopathe.

Note : Il s'agit de la première partie d'un cross-over avec « Les Experts : Manhattan », épisode « Le Flic de Miami » (saison 2, épisode 7).

Le procès d'un membre du gang de la Mala Noche a commencé. Malheureusement, l'accusé s'enfuit grâce à l'aide d'un témoin. Horatio et son équipe font tout pour retrouver l'accusé, ce qui met la vie de leurs proches en danger. Pendant ce temps, Delko a des problèmes avec une ancienne amante...

Lors de la fête organisée par monsieur Ice en l'honneur de ses riches clients qui portent ses bijoux, deux personnes sont tuées. L'une avait découvert que les diamants étaient faux, l'autre mène Horatio Caine et son équipe au Fortune Maker, luxueux bateau sur lequel les passagers parient de l'argent sur la vie des stars. Mais c'est également à bord que se fabriquent de faux billets de cent dollars.

Un tueur en série de Boston s'installe à Miami et recommence à semer la terreur. Durant sa détention, un autre meurtre, identique au sien, est commis. Ryan est revenu au bureau pour revoir tous ses anciens dossiers et espère être réintégré. Jake se décide enfin à faire le premier pas avec Calleigh.