Shredder, un démon vêtu de noir et maître en arts martiaux, fait régner la terreur. Seule une bande de quatre joyeuses tortues a le courage de l'affronter.

Le Shredder kidnappe Splinter dans le but d'attirer les Tortues à sa propre cause. Afin de sauver Splinter, les Tortues doivent pénétrer dans la forteresse mobile du Shredder, le Technodrome, et braver ses dangereuses armes. Même si elles y parviennent, elles doivent affronter le Shredder lui-même, qui est armé non seulement de la nature de leur origine, mais aussi de ses propres sbires mutants, Bebop et Rocksteady.

Le scientifique Baxter Stockman a créé un robot chasseur de rats: Mouser. Shredder développe alors une grande production de ces robots pour se débarasser de son ennemi Splinter.

Grâce à l'équipement de Baxter, les Tortues se construisent un véhicule armé pour affronter Shredder. De son côté, Shredder ouvre un portail dimensionel dans l'espoir de récupérer de puissantes armes.

Shredder attire Splinter dans le Technodrome, cette fois avec la promesse qu'une arme en sa possession peut redonner forme humaine au sensei. Les Tortues affrontent un Krang géant, désormais doté d'un nouveau corps, en plein cœur de New York. Ils combattent ensuite les troupes de la Dimension X à l'intérieur du Technodrome, ce qui a pour effet de bannir la forteresse et ses occupants insidieux dans la Dimension X elle-même.

Dans un supermarché, les tortues achètent les ingrédients pour leurs pizzas quand des voyous braquent la caissière et la pillent...

Shredder donne des armes laser ultra-modernes au gangster Tony Vivaldi, dit «le Boucher», et à ses acolytes. Shredder veut que le Boucher trouve la statue du Hamster maltais à son image, dans laquelle est cachée la formule du fuel ultime pour le Technodrome...

Le Polarisoid, un touriste extra-terrestre en visite sur Terre, sème la panique avec son appareil photo qui avale tout ce qu'il prend en photo...

Dans le but de voler l'énergie nucléaire d'un sous-marin, Krang crée un philtre d'amour qui engendre le mal d'amour chez toutes les tortues de la bande, sauf Donatello...

Les quatre tortues se rendent dans le sud des marais, afin de venir en aide à leurs amis les grenouilles et Napoléon Bonafrog, qui ont des ennuis...

C'est l'anniversaire de Michelangelo, mais ses amis font comme si de rien n'était. Vexé, ce dernier quitte la troupe...

Le téléporteur de Shredder crée de l'interférence et gêne la réception transdimensionnelle de Donatello. C'est ainsi que Usagi Yojimbo, un lapin samouraï du 14e siècle, apparaît dans l'écran des tortues...

Tête de Cuir, l'alligator cajun, descend dans les égouts à la poursuite des tortues, et tombe face au roi des rats. Ce dernier a récemment volé un camion citerne rempli de poison, qu'il a l'intention de changer en gaz hypnotique...

Shredder capture Irma et crée un robot à son effigie qu'il programme pour détruire les Tortues. Ce robot sème bientôt la panique en ville et les Tortues doivent parvenir à le neutraliser...

Le gangster Don Turtelli et son cousin magicien, le Magnifique Boldini, volent la célèbre émeraude Tortellini...

Les tortues montrent leur album à Zach, la «cinquième tortue», et à son frère Walt...

Michelangelo mange un cookie, piégé à l'anti-mutagen par Shredder. Il se transforme rapidement en un être humain qui ne pense qu'à faire la fête...

Afin de se venger d'avoir été transformé en mouche, Baxter livre un cristal de Borellium à Krang et Shredder pour leur Technodrome, qui peine à se propulser...

Le Technodrome risque de perdre toute sa puissante. Shredder tente par tous les moyens de remédier à cette situation dramatique pour son propre avenir...

Envoyée en reportage, April O'Neil est menacée par Rocksteady. Secourue par Donatello, Raphaël, Michelangelo et Leonardo, les jeunes tortues ninja, elles les suit dans leur demeure souterraine...

Le «Personal Energy Projector» est une machine qui permet les transferts d'énergie d'une source vers une autre. Un vendeur parvient à allécher Krang et à lui vendre son matériel. Ce dernier vide la Terre de son énergie...

Après avoir ramené le Technodrome à la surface, Shredder et Krang piègent les Tortues et les envoient dans la Dimension X où elles deviennent des esclaves. Pendant ce temps, Shredder et Krang sont de retour sur Terre et tentent de s'emparer du monde.

Shredder et Krang sont toujours en liberté sur Terre, mais sans les ressources du Technodrome, ils prévoient de voler des équipements dans le Hall des Sciences abandonné de l'Exposition Universelle. L'ancien ingénieur en armement de Krang, Drakus, sous l'apparence de Beserko, vient également semer le trouble.