Le conflit fait rage sur Terre, entre les formes de vie mécaniques, qui évoluent, et les humains, aidés des androïdes. La Résistance, toujours sur le front, commence à se demander si la guerre prendra un jour fin.

De retour au camp, 2B et 9S font leur rapport concernant leur précédent combat face à des robots bien avancés. Une nouvelle mission les attend : retrouver une unité YoRHa qui a disparu en laissant un message énigmatique.