櫻羽一時是一名非常普通的高中生，他厭倦了每天的學習和青梅竹馬紅雪的監視。那個時候，他被美少女後輩椿告白了。一時為這人生第一春感到十分興奮，但母親弓香反對他們交往。儘管如此，一時還是堅決約會。

突然，一時被迫成為忍者。經過被稱為修羅的恐怖忍者“時貞”的勸導，一時雖然不承認忍者的存在，但還是同意成為忍者。為了進入忍術學園，他還要參加入學考試。

一時進入了忍術學園。在那裡，他遇到了聰明善良的輝麗和美麗優雅的涼子，並開始憧憬校園生活。然而，學校裡有一個古賀頂尖忍者羣體，而一時引起了古賀的精英忍者朱雀的注意。

忍具考試迫在眉睫，一時為了考試拼命準備。另一邊，時貞為了尋找甲賀的情報，訪問了雜賀眾。雜賀眾苦於甲賀的承包欺凌。時貞為了調查，潛入甲賀的工廠。

實操考試臨近了。據説每年都會有死者，甲賀打算趁機殺死一時。一時對容忍殺與被殺的忍者世界抱有疑問。為了與朱雀的對決，一時與紅雪制定了一個作戰計劃。

暑假，一時回到伊賀的老家。輝麗和涼子也寄居在伊賀，度過了快樂的時光。一時感受到伊賀人民的温暖。這時，輝麗向朱雀泄露了伊賀的情報。

突然，聚集了全國忍者之長的忍者大會召開了。弓香、時貞、光藏出席。那裡也有甲賀代理頭領，鬼道的身影。然後從安忍長五所川原那裡聽到了忍者大會的目的。

弓香被判死刑，伊賀動搖了。被任命為代理頭領的一時接受了領導能力的考驗，但母親被捕讓他無暇顧及這些。在這樣的情況下，在甲賀，可怕的“東西”開始行動了。

甲賀進攻伊賀的村落。甲賀投入大量機械忍者“阿斯拉”，試圖以壓倒性的數量打敗伊賀。當伊賀處於劣勢時，一時靈光一閃，想出了起死回生的對策。另一邊，時貞和紅雪前往救助弓香……

一夜之間眾忍村遇襲，甲賀接連消滅數個忍村。伊賀代頭領櫻羽弓香遇刺身亡。紅雪成為最大嫌疑人。在加賀時貞處一時和紅雪得知三件事：紅雪是鬼道之女，被植入了控制芯片和弓香不是紅雪所殺。回村的輝麗被父親以生命為代價救了下來。成為首領的一時在被部下鼓動和與朱雀談心後決定讓時貞配合自己進行行動。

一時在伊賀集體會議上表示要與甲賀和解。安忍得到了伊賀和甲賀和解的通知。

只有一個人，朝着與鬼道的了斷的一時。這時時貞和紅雪趕到。鬼道為了殲滅伊賀之鄉，向伊賀派出了全部力量。忍者一時，最後的戰鬥開始了。