Le docteur Vanessa Calder arrive à Salt Lake City pour déterminer les raisons d'une vague de décès mystérieux. Une maladie semble transformer les personnes en statues. Artie, qui souhaite pouvoir travailler avec son ex petite amie, emmène Claudia avec lui pour enquêter. Mais l'enquête est complexe et l'équipe va devoir faire appel à un ancien agent...

Fortress 13 est un jeu reprenant les personnage de Warehouse, c’est le dernier projet du nouveau business de Fargo, Fargames. Le jeu utilise BRAID, une interface de réalité virtuelle qui ne marche pas. Mais Fargo repousse les limites…

Lorsque des régents de Warehouse disparaîssent les uns après les autres, les agents décident d'orienter leur enquête du côté de Sally Stukowski, une ancienne agent du FBI qui a volé plusieurs artefacts. Pendant ce temps, Sally torture Theodora avec la poignée de porte qu'elle avait volée avant de l'immoler. Il s'agit de sa cinquième victime...

Warehouse est attaqué et tous doivent se mobiliser pour se défendre, mais Pete est perturbé par un secret que lui a caché sa mère durant toute sa vie : elle est régente. De son côté, Claudia cherche des réponses à propos du licenciement de Jinks, tandis que Myka est effrayée par les assassinats de régents qui sont toujours d'actualité...

Des morts-vivants cannibales rôdent dans les rues de New-York. Myka et Pete enquêtent sur ce nouvel artefact sans grand succès et avec pour seule théorie que le mal se diffuserait par la morsure. Jusqu'au jour où Pete se fait mordre et ne développe aucun symptôme. Myka, au contraire, voit son métabolisme s'altérer...

En cherchant la provenance d'un signal parasite dans l'Entrepôt, Claudia découvre que Sykes essaie d'accéder à un mystérieux dossier intitulé «Atlas 66». Myka exige de Jane qu'elle en révèle le contenu, mais elle refuse. Alors que tous les agents ont pour consigne de rester dans l'Entrepôt, Myka, Pete et Claudia ne peuvent rester les bras croisés et suivent un indice qui les mènent dans une école voisine. Ils y rencontrent une femme qui est le sosie de H.G. Wells...

Avant de mourir, Steve a enregistré une vidéo sur une clé usb, dans laquelle il révèle que Walter Sykes doit se rendre à Hong Kong. Jane apprend à l'équipe que les Régents y possèderaient un sanctuaire scellé depuis une centaine d'années. Pete et Myka partent sur les traces de Sykes et du sanctuaire...

Pete, Myka et Artie partent à la recherche d'artefacts volés par des pirates il y a de cela des siècles. Ils doivent faire équipe avec Charlotte Dupres...