Los agentes del servicio secreto estadounidense Pete Lattimer y Myka Bering son premiados con un traslado a un almacén llamado Almacén 13. Ahora son los responsables de la recolección de diferentes objetos relacionados con lo sobrenatural. Después de los eventos pasados, los agentes del servicio secreto estadounidense Pete Lattimer y Myka Bering siguen buscando en Iowa el artefacto que canaliza a Lucrecia Borgia.

Pete y Myka van tras un equipo de ladrones de bancos que cuentan con un arma muy especial. Mientras, Artie investiga un problema de seguridad.

Pete y Myka son enviados a investigar un pueblo en el que las mentes de sus habitantes están siendo alteradas de manera que éstos actúan sin pensar.

Una mujer secuestra a Arti e insiste en que le ayude a recuperar a su hermano… quien desapareció tras un experimento fallido hace 12 años.

Mientras investigan el lugar de una supuesta explosión de gas, Pete y Myka se sorprenden al descubrir el cuerpo de otro agente del Almacén. Las cosas se complican aún más cuando el objeto que buscan se une a la columna vertebral de Pete. Esto hace que tenga que canalizar cantidades peligrosas de electricidad, lo que le enfada y lo hace muy peligroso.

Pete y Myka regresan a Washington para interceptar una espada de samurai que se va a presentar al presidente, y descubren a MacPherson, un competidor para los artículos que pertenecen al Almacén. Se revela que Artie tiene antecedentes penales.

Pete y Myka van a Las Vegas en busca de un artefacto que está ayudando a un par de jugadores, pero la misión se tuerce cuando Myka cambia de lugar con Alice Liddell quedando atrapada en el espejo de Lewis Carroll.

Artie envía Pete y Myka a una prisión en Florida con el fin de investigar las denuncias de un número inusualmente alto de suicidios inexplicables; Claudia descubre un uso práctico para uno de los artefactos del Almacén mientras realiza el inventario.

Artie recibe una invitación para merendar con la señora Frederic, quien no deja de hacerle preguntas. Pronto descubre que varios de sus superiores se encuentran en el mismo restaurante y que quieren saber cosas sobre Artie y su antiguo compañero, MacPherson. Los jefes pretenden que le dé caza. Mientras tanto, Pete, Myka y Claudia se quedan atrapados en el almacén por culpa de un error informático en el ordenador de esta última.

El padre de Myka es víctima de la libreta de notas de Edgar Allan Poe, mientras que un joven enamorado utiliza la pluma de este escritor para crear estragos en su instituto; siendo todo esto planeado por MacPherson para obtener ambos artefactos.

La señora Frederic descubre que Artie y MacPherson discutieron sobre si utilizar uno de los artefactos para salvar la vida de Carol. Artie no ha confiado en nadie desde entonces. Por otro lado, Claudia encuentra el bolígrafo de Edgar Allan Poe a la venta en Internet, pero cuando Artie pincha en el enlace, un virus se introduce en su ordenador. Mientras tanto, MacPherson trata de vender los artefactos que robó del almacén en una subasta privada. El equipo tratará de encontrar el lugar donde se está celebrando para dar así con su antiguo compañero.

MacPherson libera a H. G. Wells y escapa del Almacén con la ayuda de Leena (controlada mentalmente). Los agentes les siguen la pista para traerles de vuelta al Almacén.

Cuando Sheldon, un chico de Detroit, encuentra un artefacto que al parecer le otorga superpoderes, empieza una cruzada para detener al crimen que amenaza a la ciudad y a Loretta, la mujer a la que ama. Los agentes dudan si el poder está en los pantalones de Angelo Siciliano o el cinturón de Jack Kirby. Claudia debe reconciliarse con Leena cuando descubre que estaba controlada por MacPherson.

La Sra. Frederic llama a los Regentes para que le echen un vistazo a Leena. Pete, Myka y Claudia buscan un artefacto de Philo Farnsworth que está proyectando películas de clase B en el mundo real.

Pete y Myka entran de incógnito en la industria de la moda para encontrar un artefacto que está causando que las modelos envejezcan muchos años en unos pocos segundos. Se nombra a Man Ray como un importante fotógrafo. Artie ayuda a Claudia con sus dudas acerca de tener una cita con Todd, un chico que trabaja en la ferretería local.

En este cross-over con Eureka, el Dr. Douglas Fargo es alistado para mejorar el sistema informático del Almacén. Sin embargo, Fargo resulta ser más una carga que una ayuda cuando su "mejora" causa que el Almacén se bloquee, dejándolos a todos atrapados dentro. Pete y Myka tendrán que localizar al hombre que diseñó el sistema de seguridad, Hugo Miller, y traerlo de vuelta al Almacén para salvar el día. Gracias al zoótropo de Max Wertheimer se logran fusionar los dos hemisferios cerebrales de Hugo, ya que el hemisferio izquierdo de éste trabaja con base a inteligencia artificial y el hemisferio derecho con inteligencia emocional.

A Pete le encomiendan una misión secreta, y se topa con Kate Logan, quien puede ser una traidora. Pete sufre alucinaciones a raíz del sonido de un artefacto.

A Claudia acaban de asignarle su primera misión, pero ésta implica a una Antorcha Humana real y a H.G. Wells. ¿Podría ser demasiado para ella? Por no hablar de la aparición de la Dra. Vanessa Calder, un antiguo amor de Artie.

Pete y Myka intentan tener un fin de semana normal, pero este es arruinado cuando se ven afectados por un artefacto que les cambia los cuerpos. En otro lugar, Claudia y Artie tienen su propia misión en busca de las medias de Mata Hari.

Cuando el perdido Almacén 2, en Egipto, es reactivado causando que la Sra. Frederic enferme, Pete Myka y H.G. se reunen con Valda en Egipto y viajan al Almacén 2 en un intento de apagarlo y salvarla.

El ataque de Wells en Egipto puso en marcha el plan que había urdido secretamente durante los últimos cien años. Cuando se hace evidente que tiene en sus manos el arma original de destrucción masiva, Artie, Claudia y la Sra. Frederic corren contra el reloj para detener su mortal juego final.

Mientras Pete y Myka están en Los Ángeles buscando un artefacto oportunamente relacionado con la Navidad, Claudia busca el regalo perfecto para Artie.

Con la llegada de un nuevo agente con un sexto sentido al almacén, una obra mortal de William Shakespeare y el hacer volver a Myka, Pete tendrá que soportar lo que le espera. Myka tiene la oportunidad de dialogar con H.G. Wells gracias a la proyección holográfica de conciencia facilitada por la Señora Irene.

Pete y Myka son enviados a investigar la enfermedad de dos personas que parecen caer rápidamente en una regresión a la infancia, a raíz del uso de un artefacto de Walter Winchell; mientras, Artie envía a Claudia y Jinks a una subasta para comprar el cuchillo de la fiebre tifoidea, un artefacto que puede pasar cualquier enfermedad de una persona a otra.

Artie, junto a Claudia y la doctora Vanessa investigan un caso en donde la unión de un artefacto (que se relaciona con el mito judio del golem) mas un virus informático pueden poner en peligro la vida biológica; y al ser digital el origen, es llamado Hugo Miller para crear un antivirus, pero al llegar, Artie se ve envuelto en un triangulo amoroso entre los agentes "seniors" del almacén. Mientras, Pete y una Myka rubia despiertan desnudos (y sin recordar lo que ocurrió antes) en la cama de Artie; pensando lo peor, comienzan a reconstruir lo que ocurrió antes de entrar juntos a la cama... para darse cuenta de que Jinks fue dejado encerrado en algún sitio del almacén a causa de ellos.

En su boda, la ex-esposa de Pete (Jeri Ryan) activa un peligroso artefacto que hace que quien la toque se convierta en su devoto esclavo. Mientras, Claudia y Jinks buscan la petaca de Ulysses S. Grant, la cual hace que que el portador crea que se encuentra en la guerra civil norteamericana.

Debido a la búsqueda de la "trompeta de Josué", un peligroso artefacto que ha sido cazado por los anteriores almacenes y que ha comenzado a hacer estragos, Pete y Myka deberán pedir ayuda a H. G. Wells para poder detener el caos de ese elusivo artefacto.

En un nuevo crossover con Eureka, Douglas Fargo junto con otro socio se encuentran encerrados dentro de un videojuego inspirado en el almacén 13, que junto con el juego de té de Beatrix Potter, producen que sus miedos se vuelvan muy reales para ellos; por lo que Pete, Myka y Claudia deban intervenir. Mientras, Artie y Steve investigan junto a Stukowski un cuadro de Vicent Van Gogh que ha estado asociado a la muerte.

Mientras están en busca de un objeto, Myka ve al asesino de su antiguo compañero, lo que hará que visite a sus antiguos compañeros de Denver; esto la llevará a descubrir que hay un artefacto del experimento Filadelfia involucrado. Mientras tanto, Steve junto a Claudia son dejados inconscientes cuando tomaban un artefacto, siendo el único testigo un perro que termina conectándose mentalmente con Artie. Es descubierto que Sally Stukowski es parte de un plan en contra del almacén 13.

Varios regentes están desapareciendo.Artie y Myka se dirigen al lugar donde se encuentran otros regentes y su equipo de seguridad para convencerlos de evacuar, pues el edificio se está derrumbando debido al símbolo de la anarquía que fue pintado con aerosol. Mientras, Jinks detiene a Stukowski, la Señora Frederick aparece y usa la medalla de Shirō Ishii para torturar a la agente y extraer información sobre cómo detener la energía corrosiva que tiene a su equipo atrapado en el edificio. Para revertir el daño hecho al edificio Pete pinta el símbolo de paz. Antes de morir un regente hace la transferencia a la regente Jane.

El equipo descubre a los nanoespías en el almacén. Claudia deduce que Sykes los ha implantado para hackear un archivo llamado Atlas 66. Pete y Myka encuentran a una mujer similar a H.G Wells dando clases en una escuela. Jane les revela cómo fue separada la conciencia del cuerpo de Wells, similar a la separación de los hemisferios cerebrales de Hugo, usando la moneda de Jano.

Pete y Myka viajan a Hong Kong siguiendo a Sykes y en busca del santuario. Dentro del santuario se genera un portal que comunica con el almacén 13. Claudia ocasiona la muerte definitiva de Marcus gracias a un Metrónomo que usará para dar vida a Jinks. El Almacén 13 es destruido y en consecuencia la señora Frederick. Artie se dispone a reconstruir el almacén con la ayuda de un reloj.

Cuando Pete activa accidentalmente un artefacto en la Sección de Navidad, es transportado a un mundo donde no existe. Una vez allí, debe encontrar una manera de convencer a sus ex compañeros de equipo del almacén para ayudarle a derrotar a un viejo enemigo de los suyos, y volver a la realidad. Se hace referencia directa a la historia corta escrita por Philip Van Doren Stern, que fue adaptada en la película Qué bello es vivir. A la vez muestra cómo sería la vida de todos de no haber conocido a Pete.

El equipo del Almacen lucha con la horrible realidad de la destrucción del almacén y la trágica pérdida de Steve Jinks, la señora Frederic y HG Wells; a parte la explosión ha destruido la Caja de Pandora desatando el caos en todo el mundo. En una hora tan desesperada, Pete, Maika, Artie, Leena y Claudia debe decidir si van a utilizar a sabiendas un artefacto peligroso para su propio beneficio personal - con el riesgo de tener consecuencias funestas.

Pete y Maika son enviados a Filadelfia para buscar un artefacto que es la causa de extrañas alucinaciones, mientras que Artie está buscando más información sobre lo mal que desencadenó. Claudia tienta suerte cuando ella trata de llevar a Steve espalda, con la ayuda de alguien inesperado.

Pete y Maika necesita la ayuda del resto del equipo, en su intento de dar caza al resto de los artefactos en el arsenal de Walter Sykes.

Pete y Claudia se reúnen con Hugo, para encontrar diferentes piezas de un artefacto que está afectando al sobrino de Hugo, mientras que Maika y Steve investigan un caso en donde un artefacto poco a poco va matando a un músico. Mientras tanto, Artie y el Hermano Adrián tienen un enfrentamiento sobre el astrolabio.

Pete y Maika son enviados a recuperar las placas de identificación de la Primera Guerra Mundial II que una mujer está usando para hacer desaparecer las lesiones de un jugador de hockey, por lo que podría tener una temporada exitosa, el inconveniente: mientras que cerca de ellos, Pete desea que Maika tenga nueve meses de embarazo, y así sucede. Mientras tanto, Artie y Jinks intentan impedir que la Hermandad robe artefactos del almacén. La Sra. Frederick tutorea a Claudia sobre el almacén y sus artefactos - la forma en que se crean y que no todos ellos pueden ser peligrosos. Por último, la Sra. Frederick visita a su nieto en un hogar de ancianos.

Pete y Maika son enviados a descubrir la causa del descenso de una mujer joven en la locura, sino que eventualmente descubrir espejo de Lewis Carroll se ha colocado en el mundo otra vez, y se estrelló sido - pero no antes de que Alicia se tiró al cuerpo de la mujer que encontraron en la hospital. Carreras para encontrarla, los agentes descubren que ella está sosteniendo un trozo de espejo para el cuerpo salta, y que podía ser cualquiera. Artie y Vanessa Dr. ir a una cita, pero la noche se corta al escuchar la noticia de la fuga de Alice, y su necesidad de venganza contra Artie. Claudia descubre el lado negativo de su participación en el uso del metrónomo Johann Maelzel para traer de vuelta Steve. Artie decide poner fin a su relación con la Dra. Vanessa, pero ella le dice que va a esperar por él. De vuelta en el Almacén, Artie diatribas enojado en la bóveda oscura de la Hermandad, a quien él cree está viendo. Desconocido para él, era Leena que lo escuchaban.

Steve, Artie, y Claudia tomar tratar de encontrar donde se ha estado escondiendo el hermano Adrián. Mientras tanto, una gran compañía farmacéutica se ve involucrada en el caso de un artefacto con la capacidad de aumentar la altura de las personas, Maika y Pete tratan de descubrirlo y neutralizarlo.

Pete y Maika investigan una rara enfermedad que sufre el empleado de una siderúrgica. Steve y Claudia regresan a la casa donde nació Steve para encontrar la manera de desconectarlo del metrónomo. Artie cuenta a H. G. Wells, Steve, Claudia y la señorita Frederick los sucesos del astrolabio de Magallanes y las razones que tiene el hermano Adrián para perseguirlo.

Claudia, Pete y Maika están en peligro de los artefactos que les envió el hermano Adrian. Mientras que rescatan a su familia, Steve y la Sra. Frederic van al Vaticano, ahí descubren que la hermandad tiene un oscuro secreto. También descubren que el hecho de que el hermano Adrian ataque el almacen fue producto de la imaginación de Artie y que está teniendo un brote psicótico, en realidad, ha sido Artie quien ha estado robando los artefactos y desatándolos. Leena es asesinada al tratar de ayudarlo.

La señora Frederic y Steve están en el Vaticano con el hermano Adrián, en busca de una posibilidad de liberar Artie de los efectos del astrolabio. Al hacerlo, encuentran una descripción precisa lo que el astrolabio está haciendo con él: Se ha dividido la personalidad de Artie y el lado oscuro de esta personalidad lentamente borra el lado bueno. Mientras tanto, en el almacén, el equipo de investigación de los hallazgos de H.G. Wells es la daga en la visión de Artie. Se enteran de que Artie quiere usar la daga para romper el recipiente de la orquídea china, lo que liberaría una enfermedad mortal-en la enfermedad del sudor Inglés del mundo. Mientras Pete y Myka van a Praga para recuperar la daga, Steve y Claudia van a Berlín en busca de la orquídea. Artie se anticipa a Pete y Myka utilizando soga de Isaac Parker y va tras el mismo orquídea, que no estaba en Berlín. El equipo se precipita después de Artie para frustrar sus planes y llevarlo a sus sentidos, pero fracasan.

Con el destino del mundo en sus manos, la única esperanza de Pete y Myka es encontrar una cura para la enfermedad es un profesor de historia en borracho. Mientras tanto, Steve y Claudia entran en el subconsciente de Artie en un intento de sacarlo de su coma antes de que se desvanezca para siempre.

Mientras Pete y Claudia viajan a Oregon para investigar una serie de accidentes relacionados con terremotos que se producen en un Parque Nacional, Artie se ocupa de las repercusiones de la muerte de Leena.

Pete y Myka se quedan atrapados en una novela negra detectivesca de 1940 en busca de un artefacto. Mientras tanto, Artie, Steve y Claudia persiguen a un ladrón de coches fantasma.

Pete y Myka se dirigen a Las Vegas para investigar unos asesinatos vinculados al mundo de la alta magia. Mientras tanto, Claudia y Jinks búscan un artefacto utilizado en carreras de caballos, mientras que Artie se encuentra con el nuevo propietario del B & B, Abigail Cho.

H.G. ha creado una nueva vida para ella en Wisconsin, pero llama a los agentes cuando se topa con un artefacto no identificado. Mientras tanto, Abigail se une a los otros en el suelo del almacén para rastrear el origen de los temblores misteriosos que amenazan con destruir el edificio.

Cuando un evento volcánico en una prisión del estado de Arkansas permite que dos reclusos se escapen, Pete, Myka y Steve deben asociarse con un U.S. Marshal para localizar a los fugitivos.

Alguien en una comunidad cerrada está usando un artefacto para extraer la venganza y Myka y Pete van a investigar. Mientras tanto, Artie y Claudia ayudan a un adolescente que sufre de visiones peligrosas, y Steve y Abigail limpian el almacén.

Los agentes localizan un alijo de artefactos robados de Almacén 12 por el infame Dan Seavey el rugiente... y custodiados por su fantasma. Mientras tanto, Charlotte Dupres hace su movimiento con la ayuda de su persona interior.

Pete, Myka, y Charlotte deben localizar a Sutton, el único hombre que sabe donde pueden encontrar Paracelso e intercambiar la piedra filosofal por la estela que liberará a Claudia de su encarcelamiento bronce ... antes de que ella se desintegre.

Pete y Myka capturan Paracelso, pero no antes de que se haga inmortal. Cuando el cáncer de Myka empeora, Pete debe llegar a un acuerdo con Paracelso para curar a su compañera. Mientras tanto, Claudia recibe una noticia sorprendente de Artie.

Cuando Paracelso toma el control del Almacén 13, se demuestra que sólo es el primer paso en su plan para crear el mundo a su imagen. Para detenerle, Pete y Myka deben seguirlo a través del tiempo a 1541 e impedirle matar a los regentes y convertirse en el cuidador permanente de los Almacenes.

Myka y Pete se encuentran con dos agentes del servicio secreto que los obligan a cuestionar su propia relación, mientras que Artie intenta mostrar Claudia la verdad sobre su hermana.

Pete, Myka y Artie ayudan a la ex-novia de Pete a encontrar un objeto que les absorbe a todos en una telenovela.

Valda trata de mover el Almacén a China y utilizar a la hermana en estado de coma de Claudia como cuidadora.

El equipo de lucha con la noticia de que el Almacén 13 se trasladará a un nuevo país de acogida.