Gli agenti dei servizi segreti Lattimer e Bering salvano la vita del Presidente degli Stati Uniti e vengono ricompensati con un trasferimento nel segretissimo Warehouse 13. Qui incontrano Artie Nielsen, curatore del misterioso magazzino, che gli spiega il loro nuovo lavoro, che consiste nell'essere responsabili della raccolta di ogni oggetto sovrannaturale o inspiegabile che il Governo degli Stati Uniti ha mai raccolto. Devono preservare il magazzino, tenere sotto controllo gli oggetti al suo interno ed essere sempre alla ricerca di strani eventi che possano indicare la presenza di un nuovo oggetto da recuperare e catalogare.

Una donna rapisce Artie, perchè lo ritiene responsabile della morte di suo fratello.

Il team del Magazzino 13 prova a rintracciare il traditore scoprendo sulla loro pelle quanto sia potente l’artefatto con cui si troveranno a confrontarsi. Nel frattempo Claudia riflette sul suo futuro nella squadra e Peter si troverà a dover scegliere tra Kelly e la missione.

Pete cerca di abituarsi ad un nuovo partner mentre indaga una serie di bizzarre morti a Denver. Le ultime parole delle vittime conducono gli agenti ad un vecchio amico. Intanto Artie e Claudia cercano di fermare una tempesta di fulmini nel Magazzino.