בעוד מייקה מנסה לקיים חיים רגילים הרחק מחפצים על-טבעיים, פיט צריך להסתגל לשותף חדש, סוכן שמסוגל לזהות מתי אנשים משקרים. ביחד, הם יוצאים לחקור מספר מיתות משונות בדנוור.

פיט ומייקה מחפשים אחר חפץ שגורם לאנשים לצאת מדעתם ולאבד את זכרונם, בזמן שסטיב וקלאודיה נוסעים לבוסטון על מנת למצוא סכין שמעבירה מחלות ופציעות מאדם אחד לשני.

ארטי וקלאודיה חוברים לד"ר ונסה קולדר והוגו מילר בהתמודדות עם חפץ שגרם לוירוס מחשבים שהופך אנשים לחימר. בינתיים פיט ומייקה מתעוררים במחסן עירומים, ללא זיכרון מהלילה שבילו ביחד, ומנסים לשחזר את עקבותיהם.

אשתו לשעבר של פיט מגיעה לביקור לספר לו כי היא מתחתנת בשנית. מבלי לשים לב, היא נושאת עמה חפץ שהופך את כל מי שהיא נוגעת בו לעבד שלה. בינתיים, קלאודיה וסטיב הולכים לשחזור של מלחמת האזרחים, על מנת להשיג בקבוקון עתיק.

מספר מיתות מוזרות מוביל את הצוות לחפץ האחראי להן, אשר מסתבר שחמק מידיהם של שלושה דורות של סוכני המחסן. פיט ומייקה פונים לעזרתה של הלנה, שהתנסתה עם החפץ בלונדון של המאה ה-19.

הסוכנים חוברים לקלאודיה על מנת להציל את דאגלס פארגו וגיימר נוסף מעולם של מציאות וירטואלית. סטיב וארטי מנסים לגנוב ציור מיוחד בניו יורק, אבל נתקלים בסוכנת האף-בי-איי סטוקובסקי.

פיט עוזר למייקה לתפוס רוצח מסוכן - האדם שרצח את שותפה הקודם. ארטי, קלאודיה וסטיב חוקרים עד יוצא דופן לגניבת חפץ - כלב.

ארגון מסתורי תוקף את חברי הנהלת המחסן, ולוכד אותם בגורד שחקים. מייקה וארטי מנסים להציל אותם, בזמן שפיט וקלאודיה יוצאים לחפש את החפץ שנעשה בו שימוש בביצוע הפעולה.

פיט ואמא שלו מנסים לעלות על שורשי האויבים המסתוריים שלהם, בעוד שמייקה וקלאודיה עובדות על מקרה של אישה שככל הנראה מסוגלת להעלים אנשים שהרגיזו אותה, באופן לא שגרתי.

מייקה ופיט מתמודדים עם מגפה של זומבים, שפרצה עקב חפץ בלתי נודע, וקלאודיה מנסה להגיע אל ג'ינקס.

סייקס חושף את תוכניתו להשיג נקמה בחברי הנהלת המחסן, בעוד הסוכנים מגלים כי הלנה חיה, ומלמדת ספרות בבית ספר תיכון. ג'יין מגלה את פרטי התוכנית שלה, אך היא עלולה לעלות בחיי אחד הסוכנים.

סייקס חושף את תוכניתו להשיג נקמה בחברי הנהלת המחסן, בעוד הסוכנים מגלים כי הלנה חיה, ומלמדת ספרות בבית ספר תיכון. ג'יין מגלה את פרטי התוכנית שלה, אך היא עלולה לעלות בחיי אחד הסוכנים.

בפרק מיוחד לחג המולד, פיט מפעיל בטעות חפץ שיוצר מציאות אלטרנטיבית בה הוא לא קיים. כדי לחזור אל העולם האמיתי, הוא צריך למצוא את חבריו, שכעת יש להם חיים אחרים ושום זיכרון ממנו.

בפרק הפותח את העונה, מייקה, פיט, קלאודיה וארטי מנסים להתאושש מההשמדה של מחסן סודי 13. התקווה היחידה שלהם תלויה בחפץ מסתורי מסוכן - שיכול להיות שאינו קיים בכלל.

סוכני המחסן מחפשים הפעם אחר חפץ הגורם להזיות ולהתפרעויות בקרב המון זועם...

פיט ומייקה נעזרים בשאר חברי הצוות כאשר הם צריכים לאתר את החפצים הנותרים מהאוסף של סייקס.

הצוות מגלה שחפץ מיוחד נמצא בבית הספר שבו לומד האחיין של הוגו מילר. פיט וקלאודיה בודקים את בית הספר, בעוד מייקה וסטיב מחפשים אחר חפץ נוסף בניו אורלינס המסכן את חייו של מוזיקאי.

ארטי וסטיב מנסים לגלות מי גנב חפצים מהמחסן, בעוד גברת פרדריק מזמינה את קלאודיה לארוחת צהריים, ופיט ומייקה חוקרים שחקן הוקי בעל יכולת החלמה ניסית...

חפץ מהתיק הקודם, המראה של לואיס קרול (מחבר "עליסה בארץ הפלאות") נעלם מהמחסן, והצוות יוצא לאתר אותו.

סטיב, ארטי וקלאודיה מחפשים אחר מקום היחבואו של האח אדריאן. בינתיים, עולה החשד כי איש חברה מצליח יצר סם חדש המשפיע על הגובה של אנשים, ומייקה ופיט חייבים לעצור בעדו.

פיט ומייקה יוצאים לחפש אחר חפץ שגורם לאנשים להחליד למוות, בעוד סטיב מנסה להיפטר מהתלות שלו בחפץ אחר.

פיט, מייקה וקלאודיה יוצאים להציל את יקיריהם כאשר האח אדריאן שולח להם חפצים קטלניים. גברת פרדריק וסטיב טסים לרומא ומגלים את סודו האפל של אדריאן.

לאחר שהם מגלים את האמת על מצבם, הסוכנים מתאספים במחסן ומתכוננים למצוא את האדם האחראי לגניבות מהמחסן וההתקפות על יקיריהם.

כאשר גורל העולם מונח בידיהם, תקוותם היחידה של פיט ומייקה למצוא תרופה למחלת ההזעה היא פרופסור להיסטוריה שיכור. במקביל, סטיבן וקלאודיה מנסים לשחרר את ארטי מהתרדמת בה הוא מצוי.

לארטי יש כמה משוכות לעבור לפני שיוכל לחזור לעבודה. פיט וקלאודיה עובדים יחד על פרשת רצח ובה מעורבת קבוצה קיצונית הדואגת לסביבה.

פרק מיוחד המוקדש לסגנון הפילם נואר האפל. פיט ומייקה מוצאים את עצמם במותחן פשע משנות ה-40, שם עליהם לפתור תעלומת רצח. בינתיים, קלאודיה, סטיב וארטי רודפים אחר גנב מכוניות.

פיט ומייקה נוסעים ללאס וגאס כדי לפתור סדרה של רציחות שקרו סביב עולם הקסם. קלאודיה וג'ינקס מחפשים אחר פריט המשמש לרמאות במרוצי סוסים.

וולס חוזרת כדי לעזור לפיט ולמייקה לאתר פריט שסוחט וידויים מפושעים. אביגייל מצטרפת לאחרים במחסן בניסיון למצוא את מקור הרעידות המסתוריות המאיימות למוטט את הבניין.

פיט, מייקה וסטיבן מתחברים למרשל אמריקני כדי לאתר שני אסירים שהשתמשו בחפץ הפולט לבה כדי לברוח מהכלא. עם זאת, הם מגלים שהמרשל הוא האקס של ליאם. בינתיים, ארטי וקלאודיה מנסים לאתר חלק מחפץ שהפך את ארטי לחירש.

מישהו שגר באיזור יוקרתי ומוגן משתמש בחפץ מסתורי המביא לפעולות נקמה, ומייקה ופיט חוקרים את המקרה. בינתיים, ארטי וקלאודיה עוזרים לנער הסובל מחזיונות מסוכנים, וסטיבן ואביגייל מנקים את המחסן.

הצוות יוצא להשיב חפצים שנגנבו ממחסן 12 על-ידי פיראט ידוע לשמצה.

השעון מתקתק במירוץ נגד הזמן כדי לאתר אלכימאי רשע שהפך את קלאודיה לפסל ברונזה וגנב את החפץ היחיד שיכול להשיב את המצב לקדמותו.

צוות המחסן חייב ללכוד את פרסלסוס חי ולהכניס אותו למכונת הברונזה, כדי להציל את גברת פרדריק ולמנוע את השתלטותו על המחסן. פרסלסוס מספר לפיט שמייקה גוססת ופיט ניצב בפני החלטה קשה.

לאחר שהאלכימאי פרסלסוס השתלט על מחסן 13 בסיום העונה הקודמת, פיט ומייקה מגלים שזה היה רק החלק הראשון של מזימתו. הם עוקבים אחריו בחזרה לשנת 1541 כדי למנוע את השתלטותו על כל המחסנים.

פיט ומייקה חוברים אל שני סוכנים לשעבר בשירות החשאי כדי לחקור סדרת רציחות ביזאריות בוושינגטון הבירה. ארטי מסכים להראות לקלאודיה איך ולמה אחותה הייתה חייבת להיעלם.

פיט וסטיב מחפשים פריט מסוכן ביריד רנסנס, בזמן שקלאודיה לוקחת סיכון בניסיון להחיות את אחותה מתרדמת.

פיט, מייקה וארטי מנסים לעזור לאקסית של פיט כאשר סבתא שלה נלכדת בתוך טלנובלה. תאונה מוזרה מובילה את קלאודיה ואת סטיב לחפץ המשכפל את מי שמשתמש בו.

ואלדה בורח מהעולם האלטרנטיבי של פרסלסוס. הוא זומם להעביר את המחסן לסין, ומשתמש בקלייר חסרת ההכרה כעבד שלו.

בפרק האחרון, הצוות מתמודד עם הידיעה שמחסן 13 עובר למיקום אחר. למען הדורות הבאים, גברת פרדריק מבקשת מחברי הצוות לטעון את הזכרונות הכי גדולים שלהם מהמשימות במחסן אל תוך פריט מיוחד.