Douglas Fargo of Eureka's Global Dynamics is sent to Warehouse 13 to help update its aging computer system. This triggers a seemingly sentient computer virus that sends the Warehouse into lockdown and traps the team inside.

מספר מיתות מוזרות מוביל את הצוות לחפץ האחראי להן, אשר מסתבר שחמק מידיהם של שלושה דורות של סוכני המחסן. פיט ומייקה פונים לעזרתה של הלנה, שהתנסתה עם החפץ בלונדון של המאה ה-19.

הסוכנים חוברים לקלאודיה על מנת להציל את דאגלס פארגו וגיימר נוסף מעולם של מציאות וירטואלית. סטיב וארטי מנסים לגנוב ציור מיוחד בניו יורק, אבל נתקלים בסוכנת האף-בי-איי סטוקובסקי.

ארגון מסתורי תוקף את חברי הנהלת המחסן, ולוכד אותם בגורד שחקים. מייקה וארטי מנסים להציל אותם, בזמן שפיט וקלאודיה יוצאים לחפש את החפץ שנעשה בו שימוש בביצוע הפעולה.

בפרק הפותח את העונה, מייקה, פיט, קלאודיה וארטי מנסים להתאושש מההשמדה של מחסן סודי 13. התקווה היחידה שלהם תלויה בחפץ מסתורי מסוכן - שיכול להיות שאינו קיים בכלל.

חפץ מהתיק הקודם, המראה של לואיס קרול (מחבר "עליסה בארץ הפלאות") נעלם מהמחסן, והצוות יוצא לאתר אותו.

לאחר שהם מגלים את האמת על מצבם, הסוכנים מתאספים במחסן ומתכוננים למצוא את האדם האחראי לגניבות מהמחסן וההתקפות על יקיריהם.

פרק מיוחד המוקדש לסגנון הפילם נואר האפל. פיט ומייקה מוצאים את עצמם במותחן פשע משנות ה-40, שם עליהם לפתור תעלומת רצח. בינתיים, קלאודיה, סטיב וארטי רודפים אחר גנב מכוניות.

מישהו שגר באיזור יוקרתי ומוגן משתמש בחפץ מסתורי המביא לפעולות נקמה, ומייקה ופיט חוקרים את המקרה. בינתיים, ארטי וקלאודיה עוזרים לנער הסובל מחזיונות מסוכנים, וסטיבן ואביגייל מנקים את המחסן.

השעון מתקתק במירוץ נגד הזמן כדי לאתר אלכימאי רשע שהפך את קלאודיה לפסל ברונזה וגנב את החפץ היחיד שיכול להשיב את המצב לקדמותו.