ベリィは情報都市トムソーヤ島に住む普通の女の子。ベリィのもっぱらの興味は、"らぶ"の消失を起こすという「0現象」の犯人と噂される、怪人0を友達と捕まえること。 ある日、壊れてしまった片目のデコを治すために街へ出たベリィは、デコでは見ることができない、ユーレイのような子供の存在に気がつく。それこそが怪人0だと踏んだベリィは、その子供を追いかけることにする。

怪人0の超再現空間からなんとか脱出しようとするベリィたち。なんとか無事脱出できたものの、謎の子供は0現象を追ってきたカスタマーセンターにそのまま追われてしまう。翌朝、自宅のベランダで目覚めたベリィは、友達に0現象が起きたことを報告するが、そんな形跡はデコのデータには一切残されていなかった。そしてあの子供の存在も。納得できないベリィは0現象の起きた証拠を探そうとする。

カスタマーセンターに拘束され尋問されているハック。怪人0だと疑われているハックは、"らぶ"を強奪した容疑をかけられていた。一方、ベリィはフィンと名乗る謎の男から、自分たちがユーレイといわれる市民登録のない住人だと教えられる。そんなユーレイがベリィを助けるわけがないと思ったフィンは、ベリィの持っていた折り紙型デバイスのなかに、ハックが怪人0から手に入れたデータが格納されていることを発見する。

裁判から4ヶ月。ベリィはユーレイとなり、ハックたちが結成したユーレイ探偵団に参加。怪人0を捕まえ、0現象の謎を解こうとしていた。そこにある男からの依頼が探偵団に舞い込む。男は、自分の娘を探して欲しいという。しかしよく調べるとそれは娘ではなく、自分の使っている女の子型のアバターだったことがわかる。しかもアバターが消えた日は、ベリィとハックが巻き込まれた0現象が起きたタイムラインに関係がありそうだった。

ユーレイ探偵団に新たな依頼が舞い込む。依頼主は、デコで作った人工動物が集まるネオ動物博物館の博士。博士は自分が作り出した最高傑作である「ヌエ」という動物のデコペディア情報が間違っていることが許せず、その情報修正を探偵団にやって欲しいという。実際に博士が作り出したヌエを見ると、それはデコペディアに載っているカワイイ見た目とは違う姿。しかし博士は自分の作ったヌエこそが、本物のヌエの再現だと言っている。

新しい依頼人がやってくる。依頼主はスマイリーが粗大ゴミの山から拾ってきた、記憶を失った汎用型ドローンの「どろん」。自分がいないせいで、困っている持ち主を探して欲しいという依頼。どろんの中身を調べてみると、どろんがカスタマーセンターにも登録されていない非合法のドローンであることがわかる。また唯一残されたカメラデータには、なんと怪人0と戦う持ち主らしき姿が映っていた。

どこにあるのか誰も知らないという幻のラーメン屋台の噂を聞いたベリィ。その屋台の場所を探るため、ワトソンは島中に広がる噂を集めていた。探偵団でその屋台を探そうと提案するベリィだったが、他のメンバーは協力してくれない。噂を探るベリィとワトソン。ワトソンはある人物から、噂の屋台の地図を手に入れることに成功。ラーメンが食べたいハックと、ベリィ、ワトソンはその場所へと向かう。

ベリィは港で、ハンクが船で集めたガラクタの選別を手伝っていた。そこでハンクの昔なじみのウィルから、近くの海域に旧式の人工衛星が落ちてくるという情報を聞く。事務所では、アナリティカからワトソンが手に入れた、孔雀の羽のような基盤を調べていた。そこに現れたハンク。ウィルから手に入れた海図を今すぐ調べて欲しいという。

ゴミの集まる不良住宅地区に住む幼いフィンと家族たち。ある日、デコアレルギーのフィンは、アニキからアレルギー持ちでも使える旧型のデコをプレゼントされる。そんなフィンは、偶然、地区の浄化システムが壊れていることを知る。街が汚れた原因だと考えたフィンは、アニキからプレゼントされたデコを使い、カスタマーセンターに浄化システムの修理を頼むが、住民登録がない違法ログインを理由に修理は受け付けられなかった。

怪人0だと住人に疑われたベリィたちは、偽装デコを使いその場から逃げ出していた。そのころカスタマーセンターでは、いたるところから怪人0の目撃情報が集まってしまいパニックに。カスタマーセンターは、不良住宅地区に捜索班を向かわせる。ひとまずフィンの秘密基地へと避難した探偵団たち。フィンは自分たちの容疑を晴らすには、マークトゥエインと呼ばれる場所に向かい、そこにいる本物の怪人0を捕まえるしかないという。

どろんたちのおかげで、空に浮かぶマークトゥエインにたどり着いたベリィ、ハック、フィンの三人。以前手に入れた、エンジェルフィッシュクラブのカードを使うと中に入ることができた。そしてベリィとハックはマークトゥエインの超再現空間に入る。そこはまるで迷路のような場所。トムソーヤ島の全ての情報があるというそのなかから、怪人0の姿を探しはじめる。

不思議な空間で目覚める少女。両親とともに幸せな生活を送っている。楽しそうな日々を送る少女。そんな彼女の姿を静かに見つめているペットの孔雀。しかし、そこに突然現れるベリィ。驚いた少女はベリィから逃げ出してしまう。