巨大な白竜に襲われた回収車が爆発し、火の粉が舞った。人体発火の危険からなんとか逃れられたのは、灯子と火穂、そして照三だけだった。安全な場所を求めて森の中をさまよっていた灯子たちは、木々人と呼ばれる、森とともに生きる人々と出会う。首都では、煌四が雷火の不思議な反応の原因を突き止めるため、中央書庫を訪れていた。そこで再会した恩師・火十に勧められた第三階層へ足を運んだ彼は、不思議な本を見つける。

揺るる火がともす明かりに導かれ、地下道を進む灯子たち。途中、黒い森に出た彼らは、偶然にも炎魔と戦う明楽と炉六と再会し、無事合流することができた。煌四はクンに蜘蛛たちの火を恐れない体を作った虫を捜してほしいと依頼するが、灯子は緋名子や綺羅を助けに行こうとしない彼を責める。そんな中、明楽は、三通の願い文を懐から取り出し、炉六と煌四に一通ずつ預けると、灯子を連れ、クンの虫捜しについていくと告げる

灯子や明楽そして炉六とも別れて行動していた煌四は、妹・緋名子に続き、工場地帯で木々人・キリとの再会を果たす。一方の灯子たちも、火穂と再会。「明楽が新しい王になれ」という照三からの伝言を受け取り、再び神宮へと足を進める途中、灯子たちは、娘の綺羅を探す火華と出会う。そして、巨大な木々人・クヌギによって、神宮へたどり着いた煌四は、焚三から、緋名子を渡せと告げられる。