平凡的大學生雨宮夕日某天一早醒來與自稱是騎士的蜥蜴諾伊．克雷賽多相遇了。諾伊拜託夕日從企圖毀滅地球的邪惡魔法使手中守護公主並拯救世界。面對這荒唐無稽的請求，夕日一時間實在難以相信。但是，邪惡的魔法使製作的「泥娃娃」隨後就在夕日眼前出現了。正當夕日陷入走投無路的危機時，出現在他面前的竟然是――。

夕日在得知五月雨想親手毀滅地球的原因後，為了提升自己的能力每天勤於鍛鍊。然而，祖父有如詛咒般的「教育」卻像鎖鏈般束縛著夕日。某一天，夕日從老家那裡聽說了祖父住院的消息――。

夕日回到老家與祖父展開對峙。臥病在床的祖父表示自己的想法已經與過去不同了，並為過去的所作所為向夕日道歉。他的這些舉動使夕日內心動搖並變得激動。過程中，新出現的泥娃娃對夕日展開襲擊。在無法指望五月雨救援的狀況下，夕日必須獨自面對戰鬥。

夕日和五月雨遇見了犬之騎士及東雲半月，雙方開始加深彼此情誼。夕日對半月輕而易舉就擊退新出現的泥娃娃的力量抱持著強烈的戒心。另一方面，在半月及冰雨的關係開始漸漸拉近的過程中，五月雨的父親回來了。在與形形色色的「大人」接觸的過程中，夕日開始回想起過世的父親――。

夕日知道五月雨其實體弱多病，多虧有精靈阿尼瑪才恢復健康，而且等到戰鬥結束後又會變回來日無多的狀態的秘密。他向東雲半月表示希望自己能變強，而半月也回應了他的希望。然後，半月開始講起自己的過往――。

還來不及對半月的死感到釋懷，獸之騎士們已經開始陸續出現在夕日等人面前。烏鴉騎士．東雲三日月與姆、馬之騎士南雲宗一朗與丹斯、蛇之騎士白雲八宵與希亞。南雲想集結騎士們一起對抗泥娃娃。然而戰鬥狂三日月卻向本應是同伴的南雲提出挑戰。另一方面，目睹半月之死的夕日因為心靈創傷而變得無法戰鬥――。

「將東雲半月的武藝讓渡給雨宮夕日」。因為半月許下的願望，使夕日變得能夠能施展半月的武藝。在聽說這件事之後，三日月向夕日提出了決鬥的挑戰。現在獸之騎士團有新加入的黑貓騎士・風卷豹和酷、雞之騎士・星川昴和里、龜之騎士月代雪待和隆、老鼠騎士・日下部太朗和藍思、螳螂騎士・宙野花子和基爾，以及貓頭鷹騎士茜太陽和洛基。然後，邪惡的魔法使「阿尼姆斯」也終於現身。

獸之騎士團的十名生存者集結於阿尼瑪之下。統整騎士團秩序的南雲原本是刑警，因為某個原因而辭職。風卷在夢中世界與阿尼姆斯進行過數次交談。阿尼姆斯雖然想讓風卷成為自己的同伴，但風卷卻拒絕了邀請並與阿尼姆斯對峙。這個時候，一名意外的人物現身――。

為了將至的戰鬥在山上挖掘落穴的夕日挖到了一個盒子。裡面放的是擁有未來預測能力的旗魚鮪魚的騎士・秋谷稻近寄給夕日的信。夕日開始閱讀稻近留下的疏誤。裡頭記載的是稻近令人驚嘆的上半生。

獸之騎士團的成員們在三日月的提案下決定前往海邊舉行合宿活動。正當一行人享受著大海的樂趣時，泥娃娃突然現身。獸之騎士的成員原本準備前往殲滅泥娃娃，但阿尼姆斯卻在這時出現，並將夕日及五月雨從同伴們身邊帶走。現在獸之騎士團必須在缺少攻擊力最強大的五月雨的狀態下與泥娃娃交戰。然後，夕日和五月雨則和阿尼姆斯展開了對峙——。

獸之騎士團開始利用風卷的泥娃娃進行訓練。而夕日也漸漸開始能熟練運用半月的武技。某一天，五月雨離家出走並來到夕日家中。 代替不想和回到家中的母親見面的五月雨，夕日被冰雨帶走，就這麼順理成章地開始住在五月雨家中——。

精靈阿尼瑪突然現身。她召集了獸之騎士團的成員，並冷不防讓丹斯．達克的力量提升，使他成為了幻獸騎士。而此時新的泥娃娃也現身了，但五月雨卻因為阿尼瑪使用力量所造成的影響而無法動彈。於是獸之騎士團必須在少了五月雨的狀態下雨泥娃娃進行戰鬥——。

某一天，極其普通的平凡大學生雨宮夕日眼前出現了一隻會說話的蜥蜴，並被牠請託協助解決「地球的危機」。還來不及拒絕就成為「獸之騎士團」一員的夕日在因為戒指的力量而獲得了名為「掌握領域」的超能力後不久就遭遇到敵人的襲擊。在夕日陷入走投無路的危機時出手拯救他的，竟然是住在夕日家隔壁的少女・五月雨。原以為救世主終於降臨，但沒想到五月雨其實是企圖征服地球的魔王……。受到她不可理喻的強大力量以及魔王魅力所吸引的夕日成為了她的下僕，並為她所期望實現的另一個目的提供協助。

少年夏羅經常做一個夢。那是女神現身，告訴他自己有個使命的夢，然而夏羅還並不知道那個夢所代表的意思。醒來後的夏羅，讓在鎮上大鬧的雙胞胎姊弟可洛娜和巴德幫忙採收果物以及餵飼料給寵物，之後便前往多米納小鎮。在那裡，他遇見了一臉被逼急了的樣子、四處在找人的瑠璃。助。

失去太朗的獸之騎士團陷入了悲傷之中，但唯獨花子流不出眼淚。這個時候化身成太郎模樣的「麥馬克泰利翁」出現在花子面前。花子雖然內心感到動搖，但她回想起和太朗之間的過去，並注意到眼前的冒牌貨與本尊之間笑容的差異而重新找回了冷靜。然後，獸之騎士團為了弔唁太朗，即將與泥娃娃「波耶多羅米翁」展開合戰。

三日月邀夕日一起去從半月那裡接替過來的危險場所打工。打工結束後，在阿尼瑪也有一起參加的飲酒會上，三日月開始談起和半月之間的過往。沉浸在半月的回憶中的夕日向三日月提出了決鬥的請求。

雪待與昴回想起自己和獸之從者里與隆相遇的往事。當時和身為師父的稻近相處在一起的兩人，在許下騎士契約的願望時許下了相同的願望。另一方面，太陽與身為敵人的泥娃娃「麥馬克泰利翁」之間的關係也變得越來越密切。

不論擊敗多少次都還是會一再現身的第十隻泥娃娃「毗亞諾普希翁」與擬態為魔法瑪莉的麥馬克泰利翁一起將獸之騎士團逼入了絕境。在戰鬥中看見大人們活躍的表現後，太陽也開始漸漸對他們敞開心房。

某一天，夕日收到了祖父的訃聞。夕日反覆思考著與祖父之間的回憶，然後有如要斬斷祖父的咒縛般放聲大叫。之後，夕日在夢中世界接受來自阿尼瑪的試煉。而夕日在試煉過程中遇見的，是夕日熟識的某號人物——。

麥馬克泰利翁出現在少了夕日和五月雨的獸之騎士團面前。面對有著壓倒性力量的麥馬克泰利翁，毫無招架之力的獸之騎士團就這麼被擊敗。麥馬克泰利翁宣言給他們十天的時間並就此離去。於是獸之騎士團的成員們開始用各自的方法分別進行戰鬥的準備。

阿尼瑪與阿尼姆斯是來自遙遠未來的超能力者。這對在太空梭意外中倖存的兄妹有一個秘密。破壞地球的魔法使與戒指騎士團之間的戰鬥就是從那個時候開始的。然後隨著時光飛逝，阿尼瑪與幼少時期的夕日和五月雨相遇了。

獸之騎士團終於要與阿尼姆斯展開最終決戰。獸之騎士團即將迎戰阿尼姆斯的第十二隻泥娃娃「波吉迪翁」，而「餅乾槌子」也終於要發動了。

五月雨成功粉碎了阿尼姆斯的「餅乾槌子」。現在，阿尼姆斯與獸之騎士團間的戰鬥終於要開始了。

獸之騎士團終於擊敗了阿尼姆斯。然後，五月雨將自己要破壞地球的計畫告訴了騎士們。獸之騎士團為了阻止五月雨破壞地球，與守護五月雨的夕日展開了戰鬥。――賭上地球存亡的真正的戰鬥現在開始了。

隨著戰鬥全部結束，騎士團與從者們也終於要道別了。在從者們漸漸消失的同時，夕日與三日月賭上自身尊嚴的戰鬥也開始了。――很快的，隨著時間的流逝，過去共享甘苦、挺過了賭上生死存亡的戰鬥的騎士們又再度齊聚一堂。